2020年3月10日，ChemRxiv预印平台发布了中国科学院上海药物研究所等机构的题目为“D3Similarity: A Ligand-Based Approach for Predicting Drug Targets and for Virtual Screening of Active Compounds Against COVID-19”的文章。
文章指出，寻找有效的药物和识别靶蛋白仍然是治疗COVID-19的迫切需求，但尚未实现。基于蛋白质结构的分子对接是一种广泛应用于针对发现药物靶标的活性化合物，并预测活性化合物的潜在靶标的方法。但是，这种方法有其固有的缺陷，例如，蛋白质所采用结合口袋的不同会导致各种不同构象，或数据库中缺乏真正的靶蛋白，这种缺陷可能导致假阴性结果。作为在最近的工作中称为D3对接的一种对COVID-19蛋白结构平台的补充方法，研究人员开发了基于配体的方法，称为D3相似性，该方法基于提交的分子与活性化合物数据库中的分子之间的分子相似性评估。该数据库由所有报道的抗冠状病毒SARS、MERS和SARS-CoV-2的生物活性分子组成，其中一些具有靶标或机制信息，而有些则没有。基于分子结构的二维和三维相似性评估，可以根据相似性排序结果进行虚拟筛选和目标预测。通过两个示例，研究人员证明了D3相似性在针对COVID-19的药物发现和目标预测中的可靠性和效率。可在https://www.d3pharma.com/D3Targets-2019-nCoV/D3Similarity/index.php 免费获得D3相似性的介绍。
