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《上科大利用基于配体的D3相似性方法预测针对COVID-19的活性化合物》

  • 来源专题：生物科技领域知识集成服务
  • 编译者： 陈方
  • 发布时间：2020-04-08

  • 发现有效的药物和识别靶蛋白是治疗COVID-19的迫切需要。基于蛋白质结构的分子对接是一种广泛应用的发现药物靶标活性化合物和预测活性化合物潜在靶标的方法。然而，该方法的固有缺陷可能导致假阴性结果，例如蛋白质结合囊的不同构象差异很大，或者数据库缺少靶蛋白信息。作为对现有COVID-19蛋白结构平台(D3 Docking)的补充，研究者开发了基于配体的方法——D3相似性（D3 Similarity），该方法基于提交的分子与活性化合物数据库中的分子相似性评估，囊括SARS、MERS和SARS-COV-2生物活性分子组成的现有报道。研究者在分子结构二维和三维相似度评价的基础上，根据相似度排序结果进行虚拟筛选和目标预测。通过两个例子，研究者证明了D3相似度在COVID-19上用于药物发现和靶标预测的可靠性和有效性。D3相似度可在https://www.d3pharma.com/d3target-2019-ncov/d3similarity/index.php免费获得。

  • 原文来源：https://chemrxiv.org/articles/D3Similarity_A_Ligand-Based_Approach_for_Predicting_Drug_Targets_and_for_Virtual_Screening_of_Active_Compounds_Against_COVID-19/11959323
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  • 《一种基于配体的方法用于预测药物靶标和针对COVID-19的活性化合物的虚拟筛选》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-03-18
    • 2020年3月10日，ChemRxiv预印平台发布了中国科学院上海药物研究所等机构的题目为“D3Similarity: A Ligand-Based Approach for Predicting Drug Targets and for Virtual Screening of Active Compounds Against COVID-19”的文章。 文章指出，寻找有效的药物和识别靶蛋白仍然是治疗COVID-19的迫切需求，但尚未实现。基于蛋白质结构的分子对接是一种广泛应用于针对发现药物靶标的活性化合物，并预测活性化合物的潜在靶标的方法。但是，这种方法有其固有的缺陷，例如，蛋白质所采用结合口袋的不同会导致各种不同构象，或数据库中缺乏真正的靶蛋白，这种缺陷可能导致假阴性结果。作为在最近的工作中称为D3对接的一种对COVID-19蛋白结构平台的补充方法，研究人员开发了基于配体的方法，称为D3相似性，该方法基于提交的分子与活性化合物数据库中的分子之间的分子相似性评估。该数据库由所有报道的抗冠状病毒SARS、MERS和SARS-CoV-2的生物活性分子组成，其中一些具有靶标或机制信息，而有些则没有。基于分子结构的二维和三维相似性评估，可以根据相似性排序结果进行虚拟筛选和目标预测。通过两个示例，研究人员证明了D3相似性在针对COVID-19的药物发现和目标预测中的可靠性和效率。可在https://www.d3pharma.com/D3Targets-2019-nCoV/D3Similarity/index.php 免费获得D3相似性的介绍。
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  • 《Blood Adv：利用血型或有望帮助预测个体感染重症COVID-19的风险》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-10-21
    • 日前，两篇发表在国际杂志Blood Advances上的研究报告中，来自英属哥伦比亚大学等机构的科学家们通过研究发现，血型可能会影响一个人患COVID-19的风险及由此所引发严重疾病的风险。 在第一项研究中，研究人员对比了丹麦超过47.3万名COVID-19患者与220多万一般人群，研究者发现，在COVID-19患者群体中，O型血患者的比例较低，而A型、B型和AB型患者的比例则较高，也就是说，相比O型血个体而言，A型、B型和AB型血个体更有可能发生COVID-19感染，而感染率在这三种血型的人群中中相似。 在第二项研究中，研究人员纳入了在加拿大住院治疗的95名重症COVID-19患者进行研究，他们发现，A型和AB型血患者或许更需要利用机械通气方式来呼吸，这就表明，其因COVID-19感染发生肺部损伤的风险会更高。此外，很多A型和AB型血患者还需要进行透析方法来治疗肾脏衰竭。研究结果表明，相比O型和B型血患者而言，A型和AB型血患者发生器官功能异常或器官衰竭的风险会更高。 基于第二项研究，研究人员还发现，A型和AB型血患者的总体住院时间并不比O型和B型血患者要长，但平均而言，其在重症监护病房治疗的时间更长，这就意味着其感染COVID-19的病情可能要更重一些。研究者Mypinder Sekhon说道，我们进行研究的独特之处在于关注不同血型对个体患COVID-19及感染后疾病严重程度的影响，在当前研究中我们观察到了患者出现的肺部和肾脏损伤，未来我们还会继续深入研究梳理出血清和COVID-19对其它重要器官的影响。 最后研究者表示，尤其重要的是，目前在我们继续遭受新冠疫情肆虐的同时，有很多幸存者正在摆脱COVID-19感染的急性期，但我们仍然需要继续探索COVID-19感染的深入机制，以便后期能对存在长期影响的患者进行分层研究，从而改善COVID-19患者的治疗和预后状况。
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