《PLoS Pathog:抗碳水化合物抗体2G12交叉中和HIV-1和H3N2病毒,有望作为对抗有包膜RNA病毒的通用抗体》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-04-12
  • 从HIV-1感染者身上发现的广泛中和抗体(bnAb)有助于设计和开发HIV-1候选疫苗和药物。其中的许多抗体已经显示出对抗不同HIV-1毒株和亚型的显著效力和广度。其中的一类不寻常的bnAb是专门靶向HIV-1包膜糖蛋白(Env)上的聚糖屏障(glycan shield)的抗碳水化合物抗体。虽然HIV-1 Env上的聚糖屏障起到了保护性屏障的作用,防止或阻碍了体液免疫系统对HIV-1 Env的免疫原性蛋白表面的识别,但与宿主蛋白相比,HIV-1上过于密集的聚糖屏障导致聚糖本身如今也被抗体靶向。这类抗碳水化合物抗体在对抗其他病毒病原体时很少见。

    HIV-1不是唯一发生高度糖基化的病毒性病原体。自1968年引起流感大流行以来,人类季节性H3N2流感病毒由于其主要表面抗原血凝素(HA)上N-糖基化位点的积累,逐渐变得更加高度糖基化。这些新获得的N-糖基化位点主要位于HA球状头部的受体结合结构域(RBD)上,其中HA球状头部包含主要的抗原位点。N-连接聚糖可以帮助掩盖或重新定义表位,导致抗原漂移。HA中的聚糖和蛋白成分的不间断的抗原漂移使得每年都要更新季节性流感疫苗。然而以往的研究表明,HA表面上积累的加工程度较低的寡聚甘露糖聚糖(oligomannose glycan)可能是甘露糖结合凝集素的靶点,从而促进体外和体内的病毒抑制。

    因此,这些聚糖修饰提出了一个问题,即抗碳水化合物抗体如今是否可以中和人类季节性H3N2流感病毒。抗碳水化合物抗体2G12是最早被发现的少数针对HIV-1的中和抗体之一,是从HIV-1患者的混合血清中分离出来的。2G12通过与Env的gp120表面上的高甘露糖聚糖簇(mannose patch, 甘露糖斑)结合,在一个如今称为N332/ V3表位的位点附近中和HIV-1。2G12是极其不寻常的,它在它的两个Fab臂的重链可变区之间形成了一个结构域交换的二聚体,因此,它可以与gp120表面上多达4个不同的位于高甘露糖苷末端的Manα1-2Man二糖结合,而不会与氨基酸发生任何可观察到的接触。

    在一项新的研究中,来自美国、英国和中国台湾的研究人员证实2G12在过去三十年中具有中和人类季节性H3N2病毒的能力,并通过对病毒天然HA蛋白和重组HA蛋白上的N-连接聚糖的结构生物学分析、质谱分析和进化分析来研究中和机制。在HA受体结合位点(RBS)附近的一个保守性的高甘露糖N-连接糖基化位点和一个新获得的高甘露糖N-连接糖基化位点都有助于2G12对流感病毒的这种广泛中和活性。相关研究结果近期发表在PLoS Pathogens期刊上,论文标题为“A cross-neutralizing antibody between HIV-1 and influenza virus”。

    添加、去除或替换聚糖屏障的N-糖基化位点是RNA病毒逃避抗体识别的常用策略之一。在这项新的研究中,这些作者证明了2G12尽管作为抗HIV抗体被发现,但也具有广泛中和过去50年发生进化的人H3N2流感病毒的能力。通过全面的和基于进化轨迹的位点特异性糖蛋白组学、突变和负染色电子显微镜(nsEM)成像,他们发现2G12中和H3N2流感病毒是通过与存在于N-糖基化位点N165和N246上的两个高甘露糖聚糖结合实现的,其中这两个位点位于HA受体结合位点的近端。由此看来,2G12很可能代表了一种针对人类流感病毒的中和抗体,它只识别HA表面上的聚糖表位。1980年前后N246的出现使得H3N2流感病毒在N246和N165处赋予了可以被2G12识别的寡甘露糖聚糖簇。那么,这些位点的逃逸突变体很可能具有较高的适应成本,这是因为,保守性N165的破坏会降低病毒的适应能力,而N246位点的破坏在近期的病毒中无法得到拯救。

    病毒的天然抗原与可溶性重组蛋白的糖基化谱相似度如何,是疫苗设计的重要问题之一。比如,已经发现可溶性重组HIV-1 Env和病毒天然HIV-1 Env的糖型(glycoform)存在一些差异,可能会影响bnAb的中和和诱导。从这些作者对H3N2流感病毒的数据来看,来自293F细胞的重组HA和来自MDCK-SIAT1细胞(过度表达α-2,6-连接的唾液酸受体的Madin-Darby犬肾细胞)的病毒HA之间的位点特异性高甘露糖聚糖是保守的。这一发现也提示着可溶性重组HA可以作为免疫原,以试图促进抗碳水化合物抗体产生。

    虽然自身聚糖的免疫原性较差,但如果在病毒糖蛋白上的密度足够高,它们可以通过抗体与糖链和蛋白相互作用而成为免疫反应的焦点。与高甘露糖聚糖的多价结合有助于2G12强效中和HIV-1。值得注意的是,2G12通过结合构成高甘露糖聚糖斑的4个主要N-糖基化位点,表现出对敏感HIV-1病毒株的中和作用。在这项新的研究中,2G12通过靶向仅由两个N-糖基化位点形成的甘露糖聚糖簇,仅在亚微摩尔IC50下中和敏感的H3N2流感病毒毒株,与bnAb CR9114相比,效力低了5~10倍。与HIV-1 Env相比,HA三聚体内的高甘露糖N-糖基化位点较少,似乎造成了这种效力差异。

    2G12的不完全中和可能是其他附近的N-糖基化位点(N133,N285)分散了它的中和能力。这种聚糖组成的异质性也会导致不完全中和,特别是对于2G12来说,除了高甘露糖聚糖存在异质性之外,还存在复合聚糖。在以前的一项研究中,在低浓度(0.5 mM)的Man7、Man8和Man9的情况下,2G12与gp120的结合对Man9和Man8来说几乎相同,对Man7来说较少(约20%)。在几种抗HIV-1的抗体中也发现了不完全中和的现象,可能是由于聚糖异质性造成的。

    由于通常没有发现流感病毒HA诱导的2G12样抗体(即类似于2G12的抗体),这似乎表明HA上的甘露糖聚糖簇还没有成为免疫选择压力的焦点。许多有包膜病毒病原体,如埃博拉病毒、丙型肝炎病毒、拉沙热病毒和冠状病毒(包括SARS CoV-2)都是高度糖基化的,在其表面抗原上呈现寡聚甘露糖。

    事实上,除了H3N2 HA和HIV-1 Env之外,2G12被认为可以通过识别S2亚基上的高甘露糖聚糖来结合SARS-CoV-2的刺突蛋白(S蛋白)。表面抗原上的甘露糖聚糖簇也可以被各种凝集素识别或捕获,如人甘露糖结合凝集素(MBL)或DC-SIGN。与这些作者在H3 HA受体结合位点附近发现高甘露糖聚糖相似,在拉沙病毒的糖蛋白受体结合位点附近也发现一些高甘露糖聚糖。根据这些作者的发现,存在于高糖基化病毒的关键功能位点附近的其他高甘露糖聚糖簇有可能是2G12的靶点。此外,最近从未感染HIV-1的人群中分离出2G12样的Fab二聚化聚糖反应性抗体。在感染了猿-人类免疫缺陷病毒(simian-human immunodeficiency virus, SHIV)的恒河猴中也发现了这类聚糖反应性抗体,而且Fab二聚化聚糖反应性抗体前体分子也可通过疫苗接种来增强。因此,没有结构域交换的2G12样抗碳水化合物抗体确实可以通过接种疫苗引起。

    在这项新的研究中,这些作者揭示了2G12可以中和人类H3N2病毒,这是因为自从1968年大流行以来的H3N2进化过程中,大约30-35年前出现了N246糖基化位点。由于2G12也与HIV-1 Env上的高甘露糖表位结合,这就提出了这样的碳水化合物是否可以作为有包膜RNA病毒表面上的通用表位的问题。迄今为止,大多数针对表位有碳水化合物的病毒的抗体都是在HIV-1慢性感染的患者中发现的。虽然在HIV-1未感染的人类受试者中发现了2G12样Fab二聚化聚糖抗体和前体分子,但进一步的疫苗接种研究将阐明如何诱发2G12样抗碳水化合物抗体来对抗高糖基化的病毒。

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/6786172.html;https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1009407
相关报告
  • 《抗SARS-CoV-2和其他冠状病毒的中和抗体研究进展》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-04-20
    • 4月2日,Trends in immunology期刊发表了题为“Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 and Other Human Coronaviruses”的文章,综述了SARS-CoV-2和其他人冠状病毒感染的中和抗体(nAbs)的研究进展。 文章首先介绍了SARS-CoV-2和其他人冠状病毒的现状,介绍了2003年SARS和2012年MERS的流行历史,对比介绍了SARS-CoV-2的传播特征和临床表现,阐述了三种病毒关键蛋白的相似性,及S蛋白受体结合域和ACE2等在病毒入侵方面的作用。随后,分别介绍了三种病毒中和抗体的研究现状。由疫苗或病毒感染诱导的病毒nAbs在控制病毒感染中起着至关重要的作用。目前开发的SARS-CoV和MERS-CoV特异性nAb包括单克隆抗体(mAbs)、功能性抗原结合片段(Fab)、单链可变区片段(scFv)或单域抗体/纳米抗体(Nbs)等。 目前,SARS-CoV-2感染者的多克隆抗体已被用于治疗SARS-CoV-2感染,但尚无SARS-CoV-2特异性中和抗体的报道。研究人员正在努力开发这种单克隆抗体和/或功能片段作为预防或治疗COVID-19的潜在预防或治疗药物。一旦得到这种抗体,下一步将涉及中和和/或交叉中和活性的体外试验、保护效果的动物模型体内评价、临床前研究和临床试验,在批准用于临床之前测试其安全性和有效性。因此,这种SARS-CoV-2中和单克隆抗体或其功能片段可能需要一到几年的时间才能研发完善并供人类使用。 由于SARS-CoV-2与SARS-CoV密切相关,且其S蛋白具有较高的序列同源性,研究人员试图发现SARS-CoV-nAbs对SARS-CoV-2感染具有的潜在交叉反应和/或交叉中和活性。有研究发现,SARS-CoV-RBD特异性人中和单抗(CR3022)可以与SARS-CoV-2 RBD高亲和结合,并识别RBD上与ACE2结合位点不重叠的表位。在目前缺乏SARS-CoV-2特异性疫苗和抗体的情况下,以nAbs为靶点的SARS-CoV-RBD也有可能用于SARS-CoV-2感染的预防和治疗。然而,一系列的测试实验还在后头。 最后文章指出,鉴于SARS-CoV-2继续在全球范围内感染人类,迫切需要开发有效的nAbs作为预防和治疗药物。SARS-CoV和MERS-CoV的研究表明,S蛋白中的许多片段可以作为nAbs的靶点。因此,对SARS-CoV和MERS-CoV特异性nAbs的研究,对于SARS-CoV-2特异性nAbs的快速设计和开发具有重要的指导意义。
  • 《Science:美洲驼纳米抗体有望成为对抗新冠病毒的强大武器》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-11-11
    • 在一项新的研究中,来自美国匹兹堡大学的研究人员描述了一种从美洲驼(llama)身上提取小型的但极其强大的SARS-CoV-2抗体片段的新方法,这种抗体片段可以被制成可吸入的治疗剂,具有预防和治疗COVID-19的潜力。相关研究结果于2020年11月5日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Versatile and multivalent nanobodies efficiently neutralize SARS-CoV-2”。 这些特殊的称为“纳米抗体(nanobody)”的美洲驼抗体比人类抗体小得多,在中和SARS-CoV-2病毒方面的效果要好很多倍。它们也更稳定。 论文共同通讯作者、匹兹堡大学细胞生物学助理教授Yi Shi博士说,“大自然是我们最好的发明家。我们开发的技术以前所未有的规模调查中和SARS-CoV-2的纳米抗体,这使得我们能够迅速发现数千种具有无与伦比的亲和力和特异性的纳米抗体。” 为了产生这些纳米抗体,Shi求助于一只名叫Wally的黑色美洲驼---它与Shi的黑色拉布拉多犬很相似,因此也与后者的绰号相同。 Shi和同事们利用SARS-CoV-2刺突蛋白的一种片段对美洲驼进行免疫,大约两个月后,这种动物的免疫系统产生了针对这种病毒的成熟纳米抗体。 利用过去三年来Shi一直在完善的一种基于质谱的技术,论文第一作者、Shi实验室研究助理Yufei Xiang鉴定出Wally血液中与SARS-CoV-2结合最强的纳米抗体。 随后,在匹兹堡大学疫苗研究中心(CVR)的帮助下,这些研究人员将他们的纳米抗体暴露在活的SARS-CoV-2病毒中,发现仅一纳克的一小部分的纳米抗体就能够中和足够多的病毒,从而让100万个细胞免受感染。 这些纳米抗体代表了抵抗SARS-CoV-2感染的最有效的治疗性候选抗体,比通过同样的几十年来用于筛选人类单克隆抗体的噬菌体展示方法发现的其他美洲驼纳米抗体要有效数百到数千倍。 Shi及其同事们发现的纳米抗体可以在室温下放置六周,并可以被制成可吸入的雾状物质,从而将这些抗病毒药物直接地送到最需要它们的肺部中。鉴于SARS-CoV-2是一种呼吸道病毒,这些纳米抗体可以在呼吸系统中找到并结合它,甚至在它有机会造成损害之前。 相比之下,传统的SARS-CoV-2抗体需要进行静脉注射,这将使得所注射的抗体稀释到全身,因此需要更大的剂量,并且每个治疗过程中患者和保险公司需要花费约10万美元。 Shi说,“纳米抗体的成本可能会低得多。它们是解决当前危机的紧迫性和严重性的理想选择。” 通过与匹兹堡大学的Cheng Zhang博士和以色列耶路撒冷希伯来大学的Dina Schneidman-Duhovny博士合作,Shi团队发现发现他们的纳米抗体使用多种机制来阻止SARS-CoV-2感染。这使得纳米抗体适合于生物工程。比如,结合到SARS-CoV-2病毒不同区域的纳米抗体可以连接在一起,就像一把瑞士军刀那样,即便这种病毒的一部分发生突变并变得耐药,也无法逃脱它们的杀戮。 论文共同作者、匹兹堡大学疫苗研究中心主任Paul Duprex博士说,“作为一名病毒学家,看到如何利用美洲驼抗体产生的奇特性,构建出一种抵抗SARS-CoV-2临床分离株的有效纳米武器,真是不可思议。”