《Science:美洲驼纳米抗体有望成为对抗新冠病毒的强大武器》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-11-11
  • 在一项新的研究中,来自美国匹兹堡大学的研究人员描述了一种从美洲驼(llama)身上提取小型的但极其强大的SARS-CoV-2抗体片段的新方法,这种抗体片段可以被制成可吸入的治疗剂,具有预防和治疗COVID-19的潜力。相关研究结果于2020年11月5日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Versatile and multivalent nanobodies efficiently neutralize SARS-CoV-2”。

    这些特殊的称为“纳米抗体(nanobody)”的美洲驼抗体比人类抗体小得多,在中和SARS-CoV-2病毒方面的效果要好很多倍。它们也更稳定。

    论文共同通讯作者、匹兹堡大学细胞生物学助理教授Yi Shi博士说,“大自然是我们最好的发明家。我们开发的技术以前所未有的规模调查中和SARS-CoV-2的纳米抗体,这使得我们能够迅速发现数千种具有无与伦比的亲和力和特异性的纳米抗体。”

    为了产生这些纳米抗体,Shi求助于一只名叫Wally的黑色美洲驼---它与Shi的黑色拉布拉多犬很相似,因此也与后者的绰号相同。

    Shi和同事们利用SARS-CoV-2刺突蛋白的一种片段对美洲驼进行免疫,大约两个月后,这种动物的免疫系统产生了针对这种病毒的成熟纳米抗体。

    利用过去三年来Shi一直在完善的一种基于质谱的技术,论文第一作者、Shi实验室研究助理Yufei Xiang鉴定出Wally血液中与SARS-CoV-2结合最强的纳米抗体。

    随后,在匹兹堡大学疫苗研究中心(CVR)的帮助下,这些研究人员将他们的纳米抗体暴露在活的SARS-CoV-2病毒中,发现仅一纳克的一小部分的纳米抗体就能够中和足够多的病毒,从而让100万个细胞免受感染。

    这些纳米抗体代表了抵抗SARS-CoV-2感染的最有效的治疗性候选抗体,比通过同样的几十年来用于筛选人类单克隆抗体的噬菌体展示方法发现的其他美洲驼纳米抗体要有效数百到数千倍。

    Shi及其同事们发现的纳米抗体可以在室温下放置六周,并可以被制成可吸入的雾状物质,从而将这些抗病毒药物直接地送到最需要它们的肺部中。鉴于SARS-CoV-2是一种呼吸道病毒,这些纳米抗体可以在呼吸系统中找到并结合它,甚至在它有机会造成损害之前。

    相比之下,传统的SARS-CoV-2抗体需要进行静脉注射,这将使得所注射的抗体稀释到全身,因此需要更大的剂量,并且每个治疗过程中患者和保险公司需要花费约10万美元。

    Shi说,“纳米抗体的成本可能会低得多。它们是解决当前危机的紧迫性和严重性的理想选择。”

    通过与匹兹堡大学的Cheng Zhang博士和以色列耶路撒冷希伯来大学的Dina Schneidman-Duhovny博士合作,Shi团队发现发现他们的纳米抗体使用多种机制来阻止SARS-CoV-2感染。这使得纳米抗体适合于生物工程。比如,结合到SARS-CoV-2病毒不同区域的纳米抗体可以连接在一起,就像一把瑞士军刀那样,即便这种病毒的一部分发生突变并变得耐药,也无法逃脱它们的杀戮。

    论文共同作者、匹兹堡大学疫苗研究中心主任Paul Duprex博士说,“作为一名病毒学家,看到如何利用美洲驼抗体产生的奇特性,构建出一种抵抗SARS-CoV-2临床分离株的有效纳米武器,真是不可思议。”

  • 原文来源:https://science.sciencemag.org/content/early/2020/11/04/science.abe4747;https://medicalxpress.com/news/2020-11-llama-nanobodies-powerful-weapon-covid-.html;https://news.bioon.com/article/6780587.html
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    • 在过去的20年里,有三种人畜共患的β冠状病毒进入人类群体,引起严重的呼吸道症状,死亡率很高。COVID-19大流行是由SARS-CoV-2引起的,SARS-CoV-2是这三种冠状病毒中最容易传播的一种。到目前为止,还没有针对任何冠状病毒的预防治疗方法获得批准,而且针对SARS-CoV-2的有效和广泛可用的疫苗的上市时间表仍然不确定。因此,开发新的治疗和预防方法仍然是至关重要的。 冠状病毒的病毒颗粒被含有负责病毒进入宿主细胞的同源三聚体跨膜糖蛋白---刺突蛋白(S蛋白)---的膜包围。S蛋白的表面暴露部分由两个结构域---S1和S2---组成。S1结合宿主细胞受体血管紧张素转化酶2(ACE2),而S2催化病毒和宿主细胞膜的融合。 包含在S1内的是受体结合结构域(RBD)和N末端结构域(NTD),其中RBD直接与ACE2结合。RBD通过一个柔远的区域连接到S蛋白的主体,并且可以以一种不可访问的向下构象(down-state)或一种可访问的向上构象(up-state)。与ACE2结合需要RBD处于向上构象,并使得它可被宿主蛋白酶裂解,从而触发病毒进入宿主细胞所需的S2构象变化。在SARS-CoV-2病毒颗粒中,S蛋白在一种活跃的开放构象(至少有一个RBD处于向上构象)与一种非活跃的封闭构象(所有三个RBD处于向下构象)之间进行交换。 在一项新的研究中,来自美国加州大学旧金山分校等研究机构的研究人员通过筛选酵母表面展示文库(含有大于2×109种合成纳米抗体序列)中与S蛋白胞外结构结构域(ectodomain)结合的纳米抗体序列,分离出中和SARS-CoV-2的单域抗体(纳米抗体)。 这些作者利用SARS-CoV-2 S蛋白的一种突变形式(SpikeS2P)作为抗原。SpikeS2P缺乏S1和S2结构域之间的两个蛋白分解裂解位点之一,并引入两个突变和一个三聚化结构域(trimerization domain)来稳定S蛋白的融合前构象。他们用生物素或用荧光染料标记SpikeS2P,并通过多轮筛选---先是通过磁珠结合随后通过荧光活化细胞分选---来选择展示纳米体的酵母(图1A)。相关研究结果近期发表在Science期刊上,论文标题为“An ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike ”。 三轮筛选产生了21个独特的结合SpikeS2P的纳米抗体,而且ACE2胞外结构域(ACE2-Fc)的二聚体构造体可降低这种结合。这些纳米抗体分为两类。第I类纳米抗体结合RBD并直接与ACE2-Fc竞争(图1B)。这一类的典型例子是纳米抗体Nb6,它可与SpikeS2P和RBD单独结合时,结合常数KD分别为210nM和41nM(图1C)。第II类纳米抗体,以纳米抗体Nb3为例,它结合SpikeS2P (KD=61nM),但不显示与RBD单独结合。在存在过量ACE2-Fc的情况下,Nb6和其他I类纳米抗体的结合完全被阻断,而Nb3和其他II类纳米抗体的结合则适度下降(图1B)。这些结果表明,I类纳米抗体以RBD为靶点阻断ACE2结合,而II类纳米抗体以其他表位为靶点。事实上,表面等离子共振(SPR)实验表明I类和II类纳米抗体可以同时结合SpikeS2P(图1D)。 与SpikeS2P相比,I类纳米体与分离的RBD的结合呈现出一致更快的结合速率常数(ka),这表明RBD可访问性影响了KD。接下来,这些作者测试了I类和II类纳米抗体抑制荧光标记的SpikeS2P与表达ACE2的HEK293细胞结合的效率(图1E)。I类纳米抗体Nb6和Nb11作为两个最有效的克隆出现,IC50值分别为370和540nM。II类纳米抗体在该试验中几乎没有表现出活性。他们优先选择了两种I类纳米抗体:Nb6和Nb11,它们强劲地结合SpikeS2P,与SpikeS2P或RBD结合之间的ka差异相对较小。对于II类纳米抗体,他们优先考虑Nb3,这是基于它在纯化过程中较高的相对产量。 阻止SARS-CoV-2进入宿主细胞的策略旨在阻断ACE2-RBD的相互作用。虽然高亲和力的单克隆抗体作为潜在的治疗方法处于领先地位,但是它们通过哺乳动物细胞表达产生的成本很高,并且需要由医疗保健专业人员进行静脉注射。预防性使用需要大剂量,这是因为只有一小部分抗体能穿过气道内的上皮细胞层。相比之下,纳米抗体可以廉价地在细菌或酵母中产生。纳米抗体固有的稳定性使得它们能够直接气雾化递送到鼻腔和肺部上皮。事实上,靶向呼吸道合胞病毒的三聚体纳米抗体(ALX-0171)的气溶胶递送最近被证明可以有效地降低住院婴儿的可测量病毒载量。最后,骆驼衍生纳米抗体的潜在免疫原性可以通过既定的人源化策略来降低。 纳米抗体多聚体化已被证明可以通过亲合力(avidity)来提高靶标亲和力(affinity)。针对Nb6和mNb6而言,结构指导设计的多聚体构造体同时结合S蛋白的所有三个RBD,可导致它们的效力显著提高。此外,鉴于RBDs必须处于向上构象才能与ACE2结合,因此对RBD可访问性的构象控制可作为一种附加的中和机制发挥作用。事实上,当mNb6三聚体(mNb6-tri)与S蛋白结合时,它通过直接封闭结合位点和将RBD锁定在非活性构象来阻止ACE2结合。 II类中和纳米抗体展示了一种破坏S蛋白功能的潜在新机制。在预防或治疗性鸡尾酒中配对使用I类和II类纳米抗体可能强效地中和和阻止SARS-CoV-2的逃逸变体。因此,这些作者发筛选出的抗S蛋白纳米抗体的组合稳定性、有效性和多样化的表位参结合为为限制COVID-19大流行造成的持续死亡提供了一种独特的潜在预防和治疗策略。
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    • 编译者:蒋君
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    • 2021年6月7日,美国的研究人员发现来自骆驼科动物和美洲驼的纳米抗体中和SARS-CoV-2变异[]。自从新冠肺炎大流行以来,SARS-CoV-2已经在全世界造成数百万人死亡。尽管迄今为止已经部署了许多疫苗,但病毒受体结合域(RBD)的不断进化对其有效性提出了挑战。特别是,新兴变种B1.1.7(英国)、B.1.351(南非)和P.1(巴西)已经破坏了获得紧急使用授权的恢复期血清和免疫疗法。避免病毒逃逸的一种潜在替代方法是使用骆驼科动物VHHs(纳米抗体),它们可以识别常规抗体通常无法访问的表位。研究人员从美洲驼和“纳米小鼠”中分离出抗RBD纳米抗体,设计从羊驼、单峰骆驼和骆驼中克隆出VHHs。研究人员发现了两组高度中和的纳米抗体。第1组通过识别在冠状病毒中高度保守但很少被人类抗体靶向的RBD区域来规避抗原漂移。第2组几乎完全集中于RBD-ACE2接口,不能中和携带E484K或N501Y替代物的变体。然而,值得注意的是,当表达为同源三聚体时,第2组纳米抗体保留了对变体的完全中和活性。这些发现表明,多价纳米抗体通过两种不同的机制克服SARS-CoV-2突变:增强ACE2结合域的亲和力,以及识别人类抗体基本上无法获得的保守表位。因此,尽管新的SARS-CoV-2突变体将继续出现,但纳米抗体代表了在疫苗无效时预防新冠肺炎死亡的有希望的工具。