《英国拟推两种新冠病毒快速检测新方法》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-08-06
  • 英国政府官网近日发表公告宣布,英国将在冬季来临之前,完成数百万次新冠病毒检测。为完成此目标,英国已向各地的医院、疗养院和实验室等地推出“Nudgebox”和“LamPORE”两种新的新冠病毒检测法。它们除了可以在90分钟内得到新冠病毒检测结果外,还能检测出人们是否感染流感等其他冬季流行性病毒。

      从9月起,DnaNudge公司提供的5000台DNA Nudgebox机器将通过分析鼻拭子中的DNA,在90分钟内检测出患者是否感染新冠病毒。这种测试目前在英国国家医疗体系(NHS)下的8家医院中进行,预计未来几个月内,将开展580万次检测。值得一提的是,这些机器可在现场运行,而无需在实验室。

      从下周开始,由Oxford Nanopore公司推出的“LamPORE”检测法也将在疗养院和实验室开始推广。它通过使用“逆转录环介导等温扩增”(RT-LAMP)方法处理测试者的拭子和唾液样本,60—90分钟内得出检测结果,新冠肺炎阳性结果的详细信息将与一款APP(NHS Test and Trace)共享,从而帮助密切接触者按照指导进行自我隔离。该检测法的便携式和台式测序设备,每天分别可处理15000个和2000个样本。

      这两种测试均不需要卫生专业人员来操作,可以在更多的非临床环境中推广,大大提高了英国冬季之前的新冠病毒检测能力,可帮助临床医生和相关APP使用者区分新冠肺炎病例和其他冬季传染病病例,有利于进一步加强冬季应对新冠肺炎疫情。

      英国卫生部长马特·汉考克表示:“新技术非常有帮助,患者可以遵循正确的指示来保护自己和他人,帮助我们快速打破传播链。”

  • 原文来源:http://digitalpaper.stdaily.com/http_www.kjrb.com/kjrb/html/2020-08/06/content_450286.htm?div=-1
相关报告
  • 《2月26日_用于新冠病毒基因分型和变异识别的两种检测方法》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2021-03-01
    • 据BioSpace网站2月26日消息,Vela Diagnostics宣布,已将ViroKey SQ FLEX SARS-CoV-2基因分型检测和ViroKey SARS-CoV-2 ID RT-PCR检测添加到其产品组合中。 ViroKey SQ FLEX SARS-CoV-2基因分型检测(RUO)利用下一代测序(NGS)技术对SARS-CoV-2全基因组进行测序。随附的Sentosa™SQ Reporter软件可以找出突变并按谱系对其进行分类,从而有助于对COVID-19大流行的分子流行病学进行研究和理解。据世界卫生组织称,全基因组测序对于提高分子诊断,血清学测定,疫苗设计和抗病毒治疗的有效性/敏感性以及协助研究传播途径和暴发群至关重要。该公司提供了高度自动化的工作流程,从样品到生成报告所需的动手时间不到2小时。这种易用性使实验室可以非常迅速地采用NGS解决方案。 ViroKey SARS-CoV-2 ID RT-PCR检测(RUO)能够快速识别阳性样本中的变体。变体包括B.1.1.7(英国)、B.1.351(南非)和P.1(巴西)谱系。随着变体的出现,比如最近来自纽约的B.1.526,可能会削弱疫苗的有效性,识别变体变得十分必要。该公司现在能够提供快速检测已知变体的选项,以及更好地管理大流行的所有未来变体。 变体识别测试可以与ViroKey™SARS-CoV-2 RT-PCR测试v2.0结合使用,该软件已获得美国食品药品管理局(FDA)紧急使用授权,欧盟体外诊断医疗设备认证(CE-IVD)和 澳大利亚药品管理局(TGA)批准等。 原文链接:https://www.biospace.com/article/releases/vela-diagnostics-adds-two-sars-cov-2-assays-for-virus-genotyping-and-variant-identification-to-its-covid-19-testing-solutions/?keywords=COVID-19
  • 《Nature:新方法可以更早地检测废水中的新冠病毒变体》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-07-11
    • 与其他监测COVID-19的方法相比,分析废水可能有点臭,但对公共卫生官员和研究人员来说,这是一种更廉价、更快和更准确的方法,可以发现不断上升的病例。SARS-CoV-2病毒的片段被感染者冲进厕所和冲进水槽;在废水中发现更多的病毒拷贝意味着更多的人患病。但是直到现在,大多数废水分析方法都把所有SARS-CoV-2病毒归为一类。 如今,在一项新的研究中,来自斯克里普斯研究所和加州大学圣地亚哥分校的研究人员与圣地亚哥流行病学与COVID-19健康研究(SEARCH)联盟合作,改变了这一点。他们报告说,只需两茶匙未经处理的废水,他们就能准确地确定人群中存在的SARS-CoV-2变体的遗传混合物,并在传统的临床测试前14天确定新的令人担忧的变体。在圣地亚哥的废水中,他们在首次临床报告前11天检测到了Omicron变体。相关研究结果于2022年7月7日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Wastewater sequencing reveals early cryptic SARS-CoV-2 variant transmission”。 他们的算法被命名为“Freyja”,用于识别废水中的SARS-CoV-2变体,并迅速被许多公共卫生实验室采用,这对旨在检测SARS-CoV-2新变体的监测工作是一个福音。 斯克里普斯研究所免疫学与微生物学教授Kristian Andersen博士说,“在很多地方,对令人担忧的新变体的标准临床监测不仅缓慢,而且成本极其高昂。但是有了这个新工具,你可以采取废水样本,基本上可以对整个城市进行分析。” 该项目需要医院、美国州政府和地方政府、测序设施和学术科学家之间的紧密合作,包括Andersen实验室的研究人员和加州大学圣地亚哥分校微生物学者Rob Knight博士。Knight实验室部署了131台废水自动采样器,从加州大学圣地亚哥分校校园的343座建筑和圣地亚哥4个学区的17所公立学校收集废水,并从圣地亚哥郡卫生与公共服务部的大型废水处理设施获得样品。在将近一年的时间里,这些作者分析了超过20000个废水样本。在这个过程中,他们开发了改进的方法来浓缩废水中的病毒RNA,这些方法现在正被美国全国和全世界的公共卫生实验室广泛使用。然后,Andersen实验室接受了从测序数据中定量确定病毒变体的挑战。 论文共同第一作者、斯克里普斯研究所博士后研究员Joshua Levy说,“把所有这些漂浮在废水中的微小病毒片段提取出来,并找出哪些片段是来自不同的变体,以及它们的相对丰度是什么,这是一个挑战。” SARS-CoV-2的许多变体,包括Omicron和Delta,因少量的突变而有所不同。但是由于这些变化会影响这种病毒的传播或感染,公共卫生官员必须仔细跟踪它们。他们通常通过对患者的病毒基因组进行测序来完成这一工作,这是一个缓慢而昂贵的过程,而且随着许多人转向家庭测试,在捕捉SARS-CoV-2变变体的程度和多样性方面变得不那么有效。 Levy开发出一个“条形码”库,根据每个变体所特有的RNA短片段来识别SARS-CoV-2变体。然后,他编码了一个新的计算工具,在废水中筛选出大量的遗传信息以找到这些条形码。他使这种新的Freyja程序易于使用且免费。他说:“如果你在一个已经可以对废水样本进行测序的实验室里,你只需要运行这个代码,然后在20秒内就完成了。” 当这些作者将Freyja应用于他们的废水样本,并将他们的结果与SEARCH从圣地亚哥周围收集的临床数据进行比较时,他们发现该工具在废水中检测到了令人担忧的变体,包括Alpha、Delta和Omicron,比临床报告的时间提前长达14天。Mu(B.1.621)变体于2021年7月27日在加州大学圣地亚哥分校的废水中被检测到--比它在该校园内的首次临床检测早四周。利用未包括在原始研究期间的更多最新数据,他们还报告说,在2021年11月27日,Omicron变体可以在Point Loma废水处理厂检测到---在超过200万人口的人口中,该变体丰度略高于所有SARS-CoV-2病毒的1%---比它在圣地亚哥市的临床检测早11天。 论文共同第一作者、加州大学圣地亚哥分校的Smruthi Karthikeyan说,“废水含有大量关于我们健康的非常有价值的信息,包括这些病毒基因组,可以让我们跟踪大流行病或流行病的进程。” Knight补充说,“公共卫生和学术界人士之间进行了大量的合作,才使这个系统在圣地亚哥市建立起来,现在我们已经展示了它的有效性,我们希望它能促使其他地方使用这些工具。我们也对将它们扩展到SARS-CoV-2以外的病原体感到非常兴奋。” 这些作者说,他们正在继续改进他们用来分析废水中的病毒的这一套工具,但是目前的这套工具已经比以前的方法有了飞跃。这些相同的策略不仅可以用来追踪SARS-CoV-2变体,还可以用来追踪其他人类病原体。 Levy说,“当你依赖临床抽样时,你不仅对谁贡献了基因组监测数据引入了许多社会经济和地理偏见,而且还存在无症状人群没有得到检测和那些只使用家庭检测的人没有贡献数据的问题。但对于废水,我们就没有这些盲点了。” 参考资料: Smruthi Karthikeyan et al. Wastewater sequencing reveals early cryptic SARS-CoV-2 variant transmission. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-022-05049-6.