《Science,1月31日,挖掘冠状病毒基因组以寻找爆发起源线索》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangzx
  • 发布时间:2020-02-01
  • Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins

    By Jon CohenJan. 31, 2020 , 6:20 PM

    attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct …

    That string of apparent gibberish is anything but: It’s a snippet of a DNA sequence from the viral pathogen, dubbed 2019 novel coronavirus (2019-nCoV), that is overwhelming China and frightening the entire world. Scientists are publicly sharing an ever-growing number of full sequences of the virus from patients—53 at last count in the Global Initiative on Sharing All Influenza Data database. These viral genomes are being intensely studied to try to understand the origin of 2019-nCoV and how it fits on the family tree of related viruses found in bats and other species. They have also given glimpses into what this newly discovered virus physically looks like, how it’s changing, and how it might be stopped.

  • 原文来源:https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
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    • 编译者:蒋君
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    • 2019-nCoV具有将近29,000个核苷酸的碱基,这些碱基具有遗传指导以生产该病毒。尽管它是许多以RNA形式存在基因的病毒之一,但科学家们将病毒基因组转换为DNA,并以A,T,C和G的缩写来简化研究。2019-nCoV的序列中的许多分析已经出现在virological.org,nextstrain.org,预印本服务器bioRxiv,甚至在同行评审期刊。中国研究人员对这些序列的共享使世界各地的公共卫生实验室都可以开发自己的病毒诊断方法,目前已经在其他18个国家中发现了这种病毒。 当第一个2019-nCoV序列可用时,研究人员将其放置在已知冠状病毒的家谱上,该冠状病毒丰富且感染许多物种,并发现它与蝙蝠中的亲戚关系最密切。武汉病毒研究所冠状病毒专家石正丽领导的研究小组于1月23日报道了2019-nCoV的序列与蝙蝠病毒有96.2%的相似性,与导致严重急性呼吸系统综合症(SARS)的冠状病毒有79.5%的相似性,这种疾病的首次爆发也是在15年前的中国。但是SARS冠状病毒与蝙蝠病毒有着相似的密切关系,序列数据有力地证明了它在与人类SARS病毒相差仅10个核苷酸的地方从冠状病毒跳入人们的视线。这就是为什么许多科学家怀疑蝙蝠与2019-nCoV之间存在“中间”宿主物种的原因之一。 根据Bedford的分析,石正丽研究团队强调的蝙蝠冠状病毒序列称为RaTG13,与2019-nCoV的差异接近1100个核苷酸。在她共同创建的网站nextstrain.org上,贝德福德(Bedford)创建了冠状病毒家族树,其中包括蝙蝠,麝猫,SARS和2019-nCoV序列。
  • 《1月22日_2019新型冠状病毒资源库发布》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:liuzh
    • 发布时间:2020-01-28
    • 1.时间:2020年1月22日 2.机构或团队:国家基因组科学数据中心 3.事件概要: 2020年1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。 2019新型冠状病毒资源库收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。通过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地点、宿主、分离源、发布日期等元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以开展相关的科学研究。 2019新型冠状病毒资源库将持续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBI的PubMed数据库中发表的2019新型冠状病毒和其他冠状病毒的学术文献、中新网与新华网发布的新闻,同步更新世界卫生组织与中国疾病预防控制中心发布的科普介绍,为用户开展学术研究、掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。 2019新型冠状病毒资源库基于不同参考基因组序列开展2019-nCoV病毒株基因组变异分析,并对结果进行了统计与可视化展示。通过对全基因组序列相似性比较和变异位点分析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异程度、变异区域、变异碱基的详细信息。经数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的SARS病毒基因组序列相似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列相似性最高,相似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析可为追溯病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引发的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。 4.链接:http://www.big.ac.cn/xwzx/kyjz/202001/t20200122_5494163.html