《Science,1月31日,挖掘冠状病毒基因组以寻找爆发起源线索》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangzx
  • 发布时间:2020-02-01
  • Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins

    By Jon CohenJan. 31, 2020 , 6:20 PM

    attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct …

    That string of apparent gibberish is anything but: It’s a snippet of a DNA sequence from the viral pathogen, dubbed 2019 novel coronavirus (2019-nCoV), that is overwhelming China and frightening the entire world. Scientists are publicly sharing an ever-growing number of full sequences of the virus from patients—53 at last count in the Global Initiative on Sharing All Influenza Data database. These viral genomes are being intensely studied to try to understand the origin of 2019-nCoV and how it fits on the family tree of related viruses found in bats and other species. They have also given glimpses into what this newly discovered virus physically looks like, how it’s changing, and how it might be stopped.

  • 原文来源:https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
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    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-02-05
    • 2019-nCoV具有将近29,000个核苷酸的碱基,这些碱基具有遗传指导以生产该病毒。尽管它是许多以RNA形式存在基因的病毒之一,但科学家们将病毒基因组转换为DNA,并以A,T,C和G的缩写来简化研究。2019-nCoV的序列中的许多分析已经出现在virological.org,nextstrain.org,预印本服务器bioRxiv,甚至在同行评审期刊。中国研究人员对这些序列的共享使世界各地的公共卫生实验室都可以开发自己的病毒诊断方法,目前已经在其他18个国家中发现了这种病毒。 当第一个2019-nCoV序列可用时,研究人员将其放置在已知冠状病毒的家谱上,该冠状病毒丰富且感染许多物种,并发现它与蝙蝠中的亲戚关系最密切。武汉病毒研究所冠状病毒专家石正丽领导的研究小组于1月23日报道了2019-nCoV的序列与蝙蝠病毒有96.2%的相似性,与导致严重急性呼吸系统综合症(SARS)的冠状病毒有79.5%的相似性,这种疾病的首次爆发也是在15年前的中国。但是SARS冠状病毒与蝙蝠病毒有着相似的密切关系,序列数据有力地证明了它在与人类SARS病毒相差仅10个核苷酸的地方从冠状病毒跳入人们的视线。这就是为什么许多科学家怀疑蝙蝠与2019-nCoV之间存在“中间”宿主物种的原因之一。 根据Bedford的分析,石正丽研究团队强调的蝙蝠冠状病毒序列称为RaTG13,与2019-nCoV的差异接近1100个核苷酸。在她共同创建的网站nextstrain.org上,贝德福德(Bedford)创建了冠状病毒家族树,其中包括蝙蝠,麝猫,SARS和2019-nCoV序列。
  • 《1月29日_《柳叶刀》:2019年新型冠状病毒基因组特征和流行病学:病毒起源和受体结合的意义》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-02-05
    • 1.时间:2020年1月29日 2.机构或团队:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、山东大学、湖北省疾病控制中心、深圳华大基因、中国科学院北京生命科学研究院、中国科学院微生物研究所、中国科学院流感研究与预警中心(CASCIRE)、中国科学院新发突发传染病研究与交流卓越中心、武汉解放军总医院、温州医科大学、悉尼大学、生物安全大科学中心 3.事件概要: 1月29日,《柳叶刀》上发表的一项研究显示,对来自中国武汉9名确诊患者的10个2019- nCoV基因组序列进行了新的遗传分析,发现该病毒与两种蝙蝠衍生的类SARS冠状病毒关系最为密切。2019-nCoV可能是最近才出现的,且以相对较快的检测速度被发现。虽然该病毒与SARS基因不同,应被认为是一种新的人类感染冠状病毒,但它可能利用与SARS相同的分子“门道”进入人类细胞。 论文中对9名住院确诊患者的支气管肺泡灌洗液样本和培养分离物进行了下一代测序,其中8名患者有去过武汉华南海鲜市场历史。从这些个体中获得了2019-nCoV的完整和部分基因组序列,随后用Sanger测序法连接病毒contigs获得全长基因组,cDNA末端快速扩增确定末端区域。对这些2019-nCoV基因组和其他冠状病毒基因组进行系统发育分析,以确定病毒的进化史,并帮助推断其可能的起源。通过同源性模型研究病毒可能的受体结合特性。 研究结果:来自9例患者的10个2019-nCoV基因组序列极为相似,序列同源性达99.98%以上。值得注意的是,2019-nCoV与2018年在中国舟山采集的两种蝙蝠源性严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21更密切相关(88%的同一性),而与SARS冠状病毒(约79%)和MERS冠状病毒(约50%)的相似性更远。系统发育分析表明,2019-nCoV属于betacornavirus属的Sarbecovirus亚属,与最近的亲缘种bat-SL-CoVZC45和bat-SL-covzcx21的分枝长度相对较长,与SARS-CoV存在遗传差异。另外,尽管在一些关键残基上存在氨基酸变异,同源性模型显示2019-nCoV与SARS-CoV具有相似的受体结合区结构。 研究解释:2019-nCoV与SARS-CoV有足够的差异,被认为是一种新的人类感染乙型冠状病毒。虽然文中系统发育分析表明蝙蝠可能是这种病毒的原始宿主,但在武汉海鲜市场出售的某种动物可能是帮助病毒在人类中传染的中间宿主。重要的是,通过相关结构分析表明,2019-nCoV可能能够与人类血管紧张素转化酶2(ACE2)受体结合。这种病毒未来的进化、适应性和传播性仍需要紧急调查。