截至2019年12月,中国武汉报道了一种名为COVID-2019的新型病毒,可??导致许多严重的肺炎病例。病毒知识有限,尤其是关于COVID-2019的发病机理。已对COVID-2019的开放阅读框架1ab(ORF1ab)进行了分析,以证明存在由病毒选择性压力引起的突变。对于选择性压力分析,采取了快速无约束贝叶斯近似(FUBAR)。SwissModel和HHPred服务器已经完成了同源性建模。通过TMHMM,MEMSAT和MEMPACK工具测试了冠状病毒ORF1ab nsp2和nsp3中跨膜螺旋段的存在。使用PyMOL对三维结构进行了分析和显示。
FUBAR分析显示在正选择压力下存在潜在位点(p值<0.05)。COVID-2019中的723位具有丝氨酸而不是甘氨酸残基,而在氨基酸1010位具有脯氨酸而不是异亮氨酸。在2416个部位(55%)普遍存在阴性选择(p <0.05)。与SARS和Bat SARS样冠状病毒相比,正选择压力可以解释该病毒的某些临床特征。稳定突变落在nsp2蛋白的内体相关蛋白样结构域中,可以解释COVID-2019高传染性的能力,而nsp3蛋白中不稳定的突变则可能暗示了将COVID-2019与SARS区别开的潜在机制。这些数据可能有助于进一步调查,以确定潜在的治疗目标或疫苗策略,特别是在流行病正在蔓延的实际时刻,科学界正在努力丰富关于这种新病毒病原体的知识。