《线虫全基因表达图谱及查询工具WormSeq》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 郭文姣
  • 发布时间:2023-09-08
  • 2023年6月23日,美国弗吉尼亚大学的Eyleen J. O’Rourke团队在Science advances上发表了题为”Whole-body gene expression atlas of an adult metazoan“的文章。该研究描述了成年Caenorhabditis elegans的基因整体图谱。作者使用单细胞分辨率,得到了线虫中180个不同细胞类型和19,657个表达基因的完整图谱。他们预测了7541个转录因子表达模式的相关性,并认为这些模式可能是细胞身份定义的主要因素。此外,研究团队还预测了C. elegans体内数千种细胞间的相互作用基因,及其介导的配体-受体对,并验证了其中的一些。对于在不同细胞类型中表达一致的172个基因,参与基本重要功能,并在类群之间保守,因此被提出可作为Housekeeping genes。

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    • 编译者:李康音
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    • 本文内容转载自“ 誉文编辑”微信公众号。原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/qmWIrz4G-zajjURJc2jq9g 2023年11月1日,普林斯顿大学的研究人员在Nature发表题为Neural signal propagation atlas of Caenorhabditis elegans的文章。 确定神经功能如何从网络特性中产生是神经科学的一个基本问题。为了更好地理解神经系统的结构和功能之间的关系,本研究通过直接光遗传激活和同时全脑钙成像,系统测量了秀丽隐杆线虫头部23,433对神经元的信号传播。测量了这些神经元之间信号传播的标志(兴奋性或抑制性)、强度、时间特性和因果方向,进而创建了功能图谱。 研究发现信号传播不同于基于解剖学的模型预测。利用突变体,发现从解剖学上看不见的突触外信号导致了这种差异。发现了许多致密核心囊泡依赖信号的例子,包括在不到一秒的时间尺度上,引起了通常不存在直接的有线连接、但有相关神经肽和受体表达的急性钙瞬变。研究认为,在这种情况下,突触外释放的神经肽具有与经典神经递质相似的功能。最后,本研究测量的信号传播图谱比基于解剖的模型更能预测自发活动的神经动力学。本研究得出以下结论:突触和突触外信号在短时间尺度上驱动了神经动力学,并且对诱发信号传播的测量对于解释神经功能至关重要。
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