在植物早期的胚胎发育期间，所有主要组织和干细胞的前体均已形成。尽管调控框架的一些组成部分是已知的，但全基因组转录活性如何指导细胞命运尚不清楚，部分原因是由于在细胞解析下捕获转录组的变化过程十分困难。于是，我们开发改编了一套双组分转基因生物标记系统来纯化特定细胞类型的细胞核RNA，并生成了针对根干细胞生态位的形成的早期拟南芥胚胎发育的转录组图谱。我们通过基因表达分析验证了获取到的数据集，并且结果显示出其基因活性以时空方式进行转换，这在一定程度上可能意味着转录的重编程，以诱导反发育过程中反映细胞状态和状态转变过程。研究产生的转录组图谱为早期植物胚胎中全基因组基因活性提供了最全面的组织和细胞特异性描述，是理解早期植物发育遗传控制的宝贵资源。
