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《3月5日_柬埔寨首例输入型COVID-19病例的宏基因组分析》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2020-03-06

  • 1.时间：2020年3月5日

    2.机构和团队：美国国家过敏和传染病研究所疟疾与媒介研究实验室

    3.事件概要：

    美国国家过敏和传染病研究所疟疾与媒介研究实验室科研人员在bioRxiv预印本平台发表论文“Rapid metagenomic characterization of a case of imported COVID-19 in Cambodia ”，基于iSeq100 Illumina平台的新一代宏基因组测序技术，结合开源生物信息学管道，快速确定柬埔寨第一例COVID-2019的特征。

    测序结果与NCBI中开源的数据进行比对后发现，该病例与NCBI中MN908947.1患者序列进行对比时，发现只有ORF3a处的第25654位核苷酸有差异，缬氨酸变成亮氨酸，其他高度相似。

    4.附件：

    原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.968818v1

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.968818v1
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    •     美国国家过敏和传染病研究所疟疾与媒介研究实验室科研人员在bioRxiv预印本平台发表论文“Rapid metagenomic characterization of a case of imported COVID-19 in Cambodia ”，基于iSeq100 Illumina平台的新一代宏基因组测序技术，结合开源生物信息学管道，快速确定柬埔寨第一例COVID-2019的特征。     测序结果与NCBI中开源的数据进行比对后发现，该病例与NCBI中MN908947.1患者序列进行对比时，发现只有ORF3a处的第25654位核苷酸有差异，缬氨酸变成亮氨酸，其他高度相似。
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    • 3月8日_SARS-CoV-2基于扩增子的MinION测序及COVID-19患者鼻咽拭子的宏基因组分析 1.时间：2020年3月8日 2.机构或团队：英国利物浦大学、英国公共卫生部、西北农林科技大学、英国利物浦大学医院NHS基金会信托基金、英国爱丁堡大学、英国牛津大学纳菲尔德医学院、英国布里斯托尔大学、伊拉克库尔德斯坦地区Sulaimany兽医局、沙特法赫德国王医疗城研究中心、澳大利亚彼得多尔蒂感染与免疫研究所、新加坡科技研究局新加坡免疫学信息网、英国帝国理工学院、英国爱丁堡大学罗斯林研究所 3.事件概要： 英国、中国、沙特等国的研究人员在medRxiv预印版平台发表论文“Amplicon based MinION sequencing of SARS-CoV-2 and metagenomic characterisation of nasopharyngeal swabs from patients with COVID-19”。文章指出COVID-19是一种复杂的疾病表型，其中潜在的微生物群可能会影响发病率和死亡率。研究人员基于扩增子和宏基因组学的MinION测序用于快速（在8小时内）鉴定SARS-CoV-2并评估了国际严重急性呼吸道和新兴感染协会（ISARIC） 4C联盟从COVID-19患者获得的鼻咽拭子中的微生物群。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 4.附件： 原文链接：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.05.20032011v1
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