《研究重点是需要增加遗传数据集的多样性》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2019-04-04
  • 多基因评分可以非常准确地预测一个人患冠状动脉疾病、乳腺癌和2型糖尿病(T2D)等疾病的风险,即使是在缺乏常见警告信号的患者中也是如此。这种新的基因组分析工具为医生带来了希望,他们可能能够更早地进行干预,帮助高危人群预防常见疾病。

    然而,根据一项新的研究,通过研究欧洲人得出的多基因分数在预测欧洲血统人群患病风险方面比其他祖先做得更好。

    麻省理工学院布罗德研究所(Broad Institute of MIT)、哈佛大学和麻省总医院(Harvard and Massachusetts General Hospital, MGH)的研究人员领导了一个团队,利用英国生物银行(UK Biobank)的大规模基因数据,对身高、体重指数、T2D以及某些其他特征和疾病进行了预测评分。

    研究人员发现,根据英国生物银行(UK Biobank)的数据计算出的多基因得分,对欧洲血统的预测准确度是非洲血统的4.5倍,比东亚血统的预测准确度高出两倍。

    “从临床上下文,这意味着目前的多基因的分数更好预测常见疾病的风险比非洲血统的欧洲血统的人,”马丁艾丽西亚说,这项研究的主要作者和一个附属项目的医疗和种群遗传学(MPG)和斯坦利Broad研究所精神病学研究中心。

    Martin现在是MGH的一名调查讲师,她是在Mark Daly的实验室做博士后研究时开始这项工作的,Mark Daly是该研究所的成员和MPG的联合主任。

    这些发现发表在《自然遗传学》杂志上。

    作者报告说,随着基因组测序技术的进步,对欧洲血统的研究在过去几年迅速增长,而非欧洲人在这些基因组研究中的比例自2014年以来一直停滞不前。截至2016年,80%的基因研究参与者是欧洲血统,尽管欧洲人只占世界人口的16%。

    英国生物银行是最大的公共基因数据库之一。它包含了50万人的信息,其中94%是欧洲血统。不到10%的人是非洲人、南亚人、东亚人和拉美裔或拉美裔血统。

    然而,马丁和她的团队也开发了独立的多基因分数使用生物日本项目的数据,一个东亚的数据集,从这个数据集,发现分数计算几乎是50%更准确预测疾病的风险比东亚人分数基于英国生物库数据。

    马丁说:“这进一步证实,如果从来自类似祖先的基因数据中提取风险预测因子,那么它们会更精确。”“至关重要的是,研究人员应该在未来的基因研究中招募更多的少数族裔群体,并使这些研究的数据易于获取和公开。”如果不这样做,将导致我们的医疗体系进一步不平等。”

    近年来,该研究所成员、布罗德研究所(Broad institute)心血管疾病行动计划(Cardiovascular Disease Initiative)主任塞卡尔·凯瑟琳森(Sekar Kathiresan)和他的同事在多基因评分方面进行了深入研究,极大地提高了他们的预测能力,他们正在努力实施具有临床意义的风险预测因子。

    “虽然目前健康差异相关的健康问题社会决定因素而不是基因检测,这将是重要的生物医学社区各族以确保获得遗传风险的预测相同品质的“Kathiresan说,世卫组织还基因组医学中心主任在MGH和哈佛大学医学院的医学教授。“这将需要在非欧洲族裔群体中开展或扩大大规模基因组研究。”

相关报告
  • 《鱼类遗传多样性的世界地图》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2020-03-01
    • 来自苏黎世联邦理工学院和法国大学的一个国际研究小组首次研究了世界各地鱼类的遗传多样性。他们将研究成果绘制成一幅地图,这幅地图将成为未来加强物种保护和基因多样性保护的工具。 在一个动物或植物种群中,遗传多样性下降的速度要超过物种多样性下降的速度。然而,人们对世界各地鱼类的遗传多样性知之甚少。该研究小组正在解决这个问题。他们绘制了第一张淡水和海洋鱼类遗传多样性的全球分布图。此外还确定了有助于测定遗传多样性分布的环境因素。研究成果已发表在《自然通讯》(Nature Communications)期刊上。 遗传多样性分布不均匀 研究人员分析了一个包含超过50000个DNA序列的数据库,这些DNA序列分别代表3815种海鱼和1611种淡水鱼。根据这些序列数据,科学家们估算了水域各部分的平均遗传多样性,每个部分的面积为200平方公里。 分析表明,遗传多样性在海洋鱼类和淡水鱼中分布不均。西太平洋、北印度洋和加勒比海的海洋鱼类遗传多样性最大。淡水鱼中,南美洲的遗传多样性最大,而欧洲的遗传多样性相对较低。 此外,研究人员确定,温度是影响海洋鱼类遗传多样性的一个关键因素:随着温度的升高,多样性也会随之增加。相比之下,淡水鱼遗传多样性的关键决定因素是它们栖息地结构的复杂性,以及栖息地是如何随时间变化的。 对自然保护策略的影响 该研究被看作是改善遗传多样性保护的工具。通过地图更容易发现物种和遗传多样性的热点区域。研究人员表明,保持基因多样性至关重要。“一个种群的基因库越多样化,其适应环境变化的潜力就越大。”该研究的共同首席作者、美国麻省理工学院陆地生态系统研究所教授Pellissier解释道。 迄今为止,保护措施主要集中于维持物种多样性。例如,几年前瑞士启动了一项监测其境内物种多样性的计划。但Pellissier认为这还远远不够。 目前的研究是由大量当地研究人员完成的,他们对鱼类的DNA样本进行排序,并在一个可公开访问的数据库(www.barcodinglife.org)中共享数据。Pellissier认为:“这清楚地表明了共享数据对全球自然过程研究的重要性。” (冯若燕 编译)
  • 《植物遗传多样性影响多种营养水平和营养相互作用》

    • 来源专题:外来生物入侵
    • 编译者:刘小燕
    • 发布时间:2022-12-28
    • 种内遗传多样性是生物多样性的重要组成部分。大量证据表明,植物遗传多样性对植物性能有积极影响。然而,目前还不清楚植物遗传多样性是否通过降低植物拮抗剂对不同植物生命形式、生态系统和气候区的营养水平压力来提高植物性能。在这里,我们分析了413项研究中报告的4702种效应大小,这些研究考虑了植物遗传多样性对营养群及其相互作用的影响。我们发现,植物遗传多样性的增加降低了无脊椎动物食草动物、杂草、植物喂养线虫和植物疾病等植物拮抗剂的性能,同时增加了植物和食草动物的天敌的性能。结构方程建模表明,植物遗传多样性部分通过降低植物拮抗剂压力来提高植物性能。这些结果表明,植物遗传多样性通常会影响多种营养水平,以加强管理生态系统中的自然害虫控制和消费者对自然生态系统中植物的控制,以促进可持续的植物生产。