《抗真菌乳杆菌分离株的遗传多样性研究》

  • 来源专题:食物与营养
  • 编译者: huangzheng
  • 发布时间:2016-10-14
  • 乳杆菌乳酸细菌常见于水果和蔬菜中,也用于各种食品发酵。菌株从这个物种也经常报道具有抗真菌或益生菌活动。基因分型方法可以用来区分菌株相同的物种从而确定与菌株是否相关。然而对于l .杆菌,目前使用的方法有局限性,包括DNA带剖面解释的难度和成本。在这项研究中,一种新的基于多位点基因分型方法可变数目串联重复序列分析(MLVA)是发达国家和之前报道相比,随机扩增多态性DNA-PCR l .杆菌(RAPD-PCR)方法。13选择抗真菌菌株的l .杆菌从异构数据源分离(奶酪、青贮饲料、酸菜、蔬菜和益生菌产品),RAPD-PCR显示9个不同的概要文件导致Hunter-Gaston歧视指数(差值)的0.94。新MLVA方法比较的长度4重复区域内LPXTG motif-containing表面蛋白基因分化13 l .杆菌菌株为10个不同亚型导致差值为0.95。有趣的是11之前的研究中获得额外的l .杆菌分离株在筛选抗真菌活性对常见的奶酪损坏模具青霉菌公社都拥有相同的彼此RAPD-PCR和MLVA概要文件和商业益生菌菌株l .杆菌299 v。这项研究表明,新的MLVA方法可用于简单而廉价地区分l .杆菌菌株,并提供毒株的亲缘信息,因此具有潜在洞察应变的特性。

相关报告
  • 《结核杆菌的遗传多样性和动态分布对泰国肺结核及肺外结核的影响》

    • 来源专题:结核病防治
    • 编译者:李阳
    • 发布时间:2014-10-14
    • 来自泰国玛希隆大学、日本东京大学等机构的研究人员采用近于中性的分子标记分析了泰国国内流通的结核杆菌的遗传多样性和动态性,其相关成果于2014年10月8日发表在Journal of Clinical Microbiology上。 该研究选取1995至2011年间确诊的1282名肺结核(PTB)患者和132名肺外结核(EPTB)患者为样本,从中分离出1414例实验室培养的阳性结核杆菌,并对其以单核苷酸多态性(SNP)为基础的基因型进行了鉴定。 研究发现在8个SNP群集组(SCG)中,包括北京基因型的SCG2组(44.1%)、SCG1 组(39.4%)以及一个东非印度基因型是显性的。此外,通过比较引起HIV阴性人群PTB和EPTB的结核杆菌基因型,发现虽然前者的遗传多样性更高,但两者表现出相似的流行趋势。 此外,研究中还假设出10个序列类型(STs)和3个新型STs标识用于表示SCG2基因型(尤其是现代北京ST10和祖先北京ST19)的优先性扩张;发现SCG1与SCG2基因型以及不同年龄组患者之间的关联关系能够表征出细菌群体中存在的不同遗传优势;发现感染结核杆菌SCG2与SCG5基因型的年轻患者数量呈上升趋势,而感染SCG1的数量则降低。 此项研究能够表明样本群体中有效结核杆菌基因型的选择和传播,提示对卡介苗接种国家中流通的结核杆菌菌株异质性和动态变化进行测定有利于疫苗开发和控制战略的制定。
  • 《四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征研究》

    • 来源专题:结核病防治
    • 编译者:李阳
    • 发布时间:2015-05-13
    • 目的:探讨四川盆地(重庆、四川地区)流行的结核分枝杆菌(MTB)群体遗传学特征. 方法:对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性(LSP)谱系鉴定,采用x2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异.对菌株进行15位点数目可变串联重复序列基因分型,评价各位点的分辨力.构建N-J树分析其系统进化;构建最小跨度树以模拟群体菌株的遗传结构;采用分子方差分析不同谱系MTB的群体间遗传分化;采用贝叶斯模型计算菌株最近共祖年代. 结果:通过LSP可将413株MTB分为两大谱系,其中北京谱系占56.2%(232/413),欧美谱系占43.8%(181/413).两谱系MTB在人群中的分布(性别、年龄、民族以及菌株耐药性)差异无统计学意义(P>0.05).北京谱系MTB的N-J树呈放射状分布,最小跨度树中有72.4%(168/232)的菌株被划分到同一“克隆复合群”;欧美谱系MTB的N-J树呈枝状分布,最小跨度树中呈现出多个“克隆复合群”.北京谱系MTB在该地区有显著的群体间遗传分化(FST=0.018 91,P<0.05),而欧美谱系MTB群体间遗传分化不显著(FST=0.005 19,P>0.05).欧美谱系MTB中最大菌株复合群的最近共祖年代为723 (95%CI:517 ~ 946)年. 结论:北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行;两谱系MTB的群体间遗传分化存在差异;欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件(约720年前的战争)有关. 信息来源:李颖,付育红,原梅,董玲玲,黄海荣,李卫民,高基民. 四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征研究[J]. 中华流行病学杂志,2015,36(4):374-378.