《南科1#生物标志物研究取得新进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2023-01-19
  • 近日,中国科学院南海海洋研究所边缘海与大洋地质重点实验室研究员颜文领导的“赵焕庭南海岛礁科学钻探研究攻关突击队”在南科1#生物标志物研究上取得新进展,相关成果发表在Chemical Geology(《化学地质》)上,朱小畏副研究员为论文第一作者,颜文为通讯作者,同济大学贾国东教授等为论文合作者。

    南海珊瑚岛礁是我国经略南海的关键国土。珊瑚礁沉积是南海乃至西太平洋重要的沉积类型之一。珊瑚礁的主要构建者—造礁石珊瑚在其生长过程中记录了丰富的气候环境变化信息,是古环境研究的重要载体。然而,古老珊瑚礁碳酸盐岩因其有机质含量极低且难以提取的特点严重制约了其有机地化研究,致使珊瑚礁有机地化仍是一个鲜有涉足的新兴领域。

    为了推动珊瑚礁有机地化学科发展,研究团队率先建立了一套系统的有机地化实验流程,从“南科1井”碳酸盐岩中成功提取出了丰富且有价值的生物标志物。基于此,团队对“南科1井”碳酸盐岩烃类化合物展开了系统研究,在中、晚更新世两个层位(45-65米和95-110米)识别出了石油烃侵入痕迹,推断来自周边含油气盆地海底烃渗漏,暗示了晚第四纪该区域构造活动异常活跃,可能与台湾造山运动有关。结合“南科1井”第四纪岩相学特征和年代框架,发现自然石油污染对当时珊瑚礁生态系统影响微弱,可能受到珊瑚共生(石油烃降解)微生物保护,揭示了自然条件下珊瑚对外界环境恶化影响具有较强的适应和恢复能力。

    本研究为重建珊瑚礁长尺度环境记录和发育演化历史开辟了新途径,同时也拓宽了生物标志物在海洋沉积环境领域的应用窗口。

    据悉,由中国科学院南海海洋研究所在南海典型岛礁组织实施完成的“南科1井”,总进尺2020.2米,其中礁体厚度达997.7米,以其连续完整的礁体样品(取芯率达91%)为深入探究南沙珊瑚礁发育演化过程及其记录的长尺度环境气候变化历史提供了宝贵材料。本研究也是研究团队在珊瑚礁有机地化领域的新进展,团队前期曾利用短链脂肪酸重建了美济礁中新世以来的生物生产力变化历史。

    该研究工作得到了科技部重点研发计划项目、中国科学院战略性先导科技专项(A类)、南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)人才团队引进重大专项项目以及国家自然科学基金、广东省自然科学基金的资助。同时,感谢参与“南科1井”野外科学钻探的全体工程技术和科研工作人员。

    相关论文信息:

    Zhu, X., Jia, G., Tian, Y., Chen, F., Li, G., Xu, W., Miao, L., Yan, W., 2023. Ancient hydrocarbon slicks recorded by a coral atoll in the South China Sea. Chemical Geology, 619, 121316(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009254123000165#f0015)

    Zhu, X., Li, G., Tian, Y., Xu, W., Miao, L., Liu, J., Luo, Y., Cheng, J., Zhang, L., Wang, S., Yan, W., 2022. Production of short-chain n-fatty acids in coral reefs in the southern South China Sea since the Late Miocene. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 592: 110898 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0031018222000682)

  • 原文来源:http://www.scsio.cas.cn/news/kydt/202301/t20230119_6601915.html
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    • 编译者:liguiju
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    • 近日,宋金明、袁华茂研究团队在国际学术期刊Chemical Geology连续发表2篇研究论文,分别探究了东海类异戊二烯甘油二烷基甘油四醚(iGDGTs)的氧化还原指示潜力研究以及细菌藿多醇(bacteriohopanepolyols,BHPs)评估其作为低氧和氮循环代用指标的适用性等。该研究揭示了东海水体和沉积物中iGDGTs与溶解氧(DO)之间的关系,构建了一种氧化还原指标,为反演和预测东海低氧演变趋势提供了新的方法,并从来源、沉降和沉积保存全过程评估了BHPs特征成分作为海洋环境变化代用指标的适用性和可靠性,构建了BHT-II及比值和2-甲基BHT有效代用指标。 古菌在调节海洋碳氮循环和能量交换上发挥着关键作用,其可通过改变细胞膜组分来适应海洋环境条件的变化,但关于海洋环境中iGDGTs的氧化还原指示潜力尚无系统研究。BHPs是来源于细菌细胞膜脂的五环三萜类化合物,其组成和结构受到环境条件和细胞应激反应的调控,能够灵敏地响应和记录环境变化并在地质载体中稳定保存,可用来指示特定细菌活动和环境变化,然而,关于海洋环境中BHPs的来源途径、沉降输出及沉积保存知之甚少。 本研究通过探析东海水柱和表层沉积物中iGDGTs各组分的绝对和相对丰度的垂直变化特征和沉降保存过程,揭示了东海海水和沉积物中iGDGTs特征成分与DO的关系,并建立了氧化还原指示指标。研究发现东海海水颗粒物中iGDGTs的绝对丰度在DO浓度大于2 mg/L时受奇古菌影响,而在DO浓度小于2 mg/L时受厌氧古菌影响。从海水颗粒物到表层沉积物中iGDGT-0、iGDGT-1、iGDGT-2和iGDGT-3的比例增加表明这些成分在沉积物中优先保存。水柱中的DO浓度(2-6 mg/L)与泉古菌醇相对含量(cren%)呈显著正相关,但与iGDGT-0%呈显著负相关,表明东海DO水平不足以促进氨氧化古菌(AOA)的环化。然而,底层水体DO浓度与表层沉积物中的cren%和iGDGT-0%均呈显著负相关,这主要是因为在还原性更强的沉积物中iGDGTs的环化增强且厌氧古菌丰度增加。水柱和沉积物中iGDGT-0%与DO呈现一致的显著负相关,我们提出iGDGT-0%可为潜在的氧化还原指标。利用沉积柱中iGDGT-0%追踪了近几十年来东海底层水体DO浓度的变化,追踪结果与监测数据吻合,进一步支持了iGDGT-0%作为氧化还原条件指标的可靠性。 另一篇论文则以具有典型季节性低氧的东海陆架区为研究海域,通过系统研究东海陆架区水柱和沉积物中BHPs含量和组成变化及与物理-化学和微生物参数的耦合关系,从来源属性、沉降保存及对海水缺氧和细菌活动的响应关系三个层面评估了BHPs特征成分作为低氧和关键氮循环过程代用指标的适用性。研究发现东海陆架区沉积物中的细菌霍四醇同分异构体(BHT-II)来源于底层低氧海水中的厌氧氨氧化细菌Ca. Scalindua;海水颗粒物和表层沉积物中的BHT-II丰度及比值与厌氧氨氧化功能基因amx-16S rRNA丰度存在显著正相关,与海水DO浓度呈现显著负相关;且BHT-II在沉积物中优先保存;这些证据表明BHT-II丰度及比值是指示海水厌氧氨氧化和低氧的有效代用指标。在此基础上,首次量化提出了BHT-II比值为0.20和0.45作为海水低氧和缺氧的判别阈值。研究还发现东海陆架区沉积物中的2-甲基BHT主要来源于表层海水中的固氮蓝细菌;海水颗粒物和表层沉积物中的2-甲基BHT与蓝细菌丰度、固氮功能基因nifH丰度和固氮速率具有显著正相关;且2-甲基BHT是在沉积物中优先保存的又一重要组分;这些证据表明2-甲基BHT是指示海洋蓝细菌固氮过程的有效代用指标。同时,研究还发现东海陆架区沉积物中的氨基藿四醇和氨基藿五醇主要来源于好氧甲烷氧化菌,其在海水颗粒物和表层沉积物中的总浓度与好氧甲烷氧化菌功能基因pmoA丰度及底层海水、表层沉积物间隙水中溶解甲烷浓度具有显著相关性,但其在沉积过程中优先降解,在使用其作为好氧甲烷氧化代用指标时需谨慎考虑。 其中论文1第一作者为中国科学院海洋研究所段丽琴研究员,论文2  第一作者为中国科学院海洋研究所博士研究生尹美玲,宋金明研究员和段丽琴研究员为论文通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、山东省自然科学基金等项目资助。  相关论文和链接:  1. Liqin Duan, Jinming Song, Huamao Yuan, Xuegang Li, Quancai Peng, 2024. Redox indication potential of isoprenoid tetraether lipids in marine environments: Insights from the East China Sea. Chemical Geology 662, 122207.   https://doi.org/10.1016/j.chemgeo.2024.122207 2. Meiling Yin, Liqin Duan, Jinming Song, Jiawei Kan, Huamao Yuan, Xuegang Li, Yingxia Wang, 2024. Vertical variations of bacteriohopanepolyols near the Changjiang Estuary waters: Implications for marine hypoxia and bacterial activities. Chemical Geology, 651: 122013. https://doi.org/10.1016/j.chemgeo.2024.122013
  • 《抗植物病毒先导化合物研究中取得新进展》

    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:季雪婧
    • 发布时间:2024-10-29
    •     植物在长期进化过程中,形成了针对害虫和病原微生物的防御体系,探索其化学本质,就有可能发现和研制出靶点更加精准、高效、无毒副作用的先导化合物和新型绿色农药。中国科学院昆明植物研究所郝小江研究员带领的研究团队,20余年来,一直从事具有化学防御功能的植物天然产物的发现及其作用机制研究。     孕甾烷C21甾体是该专题组首次发现的抗烟草花叶病毒(TMV)先导化合物(PNAS,2007,104 (19),8083–8088)。然而,孕甾烷C21甾体的结构修饰以及修饰后化合物的结构-活性关系(SAR)及作用机制尚未得到评估。为此,该研究设计并合成了一系列glaucogenin A和C衍生物。活性测定显示,大多数新设计的衍生物其抗病毒活性以钝化为主,其钝化活性显著优于一线农药宁南霉素。SAR分析进一步揭示了3位的取代以及C-5/C-6和C-13/C-18的双键对于维持高抗TMV活性至关重要。此外,这些衍生物不仅降低了TMV外壳蛋白?(TMV-CP)?基因转录和TMV-CP蛋白表达水平,还下调了热休克蛋白NtHsp70-1和NtHsp70-061的表达。随后的分子对接实验表明,衍生物还可与TMV外壳蛋白相互作用,干扰病毒组装。该项研究阐明了孕甾烷C21甾体抗烟草花叶病毒功能是以钝化为主,并可通过多种途径发挥其抗TMV功能。其结果为靶标寻找,以及设计、合成新的候选农药奠定了基础。     目前,研究成果以Design,?Synthesis,?Anti-TMV?Activity,?and?Structure?Activity Relationships?of?Seco-pregnane?C21?Steroids?and?Their?Derivatives为题以封面文章形式发表在Journal of Agriculture and Food Chemistry。专题组毕业的博士生晏英(现为贵州医科大学副教授)以及贵州医科大学的唐攀为共同第一作者,中国科学院昆明植物研究所郝小江研究员、邸迎彤研究员、贵州医科大学汤磊教授为共同通讯作者。