背景：肠道病毒A71（EV-A71）和柯萨奇病毒A16（CV-A16）是全球手足口病（HFMD）的主要致病因子，特别是在亚太地区。近几十年来，一些菌株随着时间的推移而出现，流传和逐渐消失。本研究调查了2000 - 2017年期间泰国的EV-A71和CV-A16循环菌株以及基因型/亚基因型的替代。
方法：从90名HFMD患者获得的92个肠道病毒的完整VP1区域，1个无症状成人接触病例和1个脑炎病例进行测序，并使用系统发育分析鉴定血清型，基因型和亚基因型。
结果：将92个肠道病毒分离物鉴定为67个（72.8％）EV-A71菌株，其包含B4，B5，C1，C2，C4a，C4b和C5亚基因型，以及25个（27.2％）包含B1a和B1b亚基因型的CV-A16菌株。在研究期间证明了基因型/亚基因型替代。 EV-A71 B5和C4a已成为泰国主要的流行病菌株，已有十多年的历史。 CV-A16 B1a已经差不多20年了。
结论：本研究提供了泰国EV-A71和CV-A16亚基因型的分子流行病学的时间顺序数据。 EV-A71经常发生亚基因型替代，但不是CV-A16。监测病毒遗传和亚基因型变化对于分子诊断，疫苗选择和疫苗开发非常重要。
