肠道病毒A71（EV-A71）和柯萨奇病毒A16（CV-A16）是全球手足口病（HFMD）的主要致病因子，特别是在亚太地区。近几十年来，随着时间的推移，几种菌株已经出现，流通并逐渐消失。该研究调查了2000 - 2017年期间泰国的EV-A71和CV-A16循环菌株以及基因型/亚基因型的替代品。从90名HFMD患者，一名无症状成人接触病例和一名脑炎病例中获得的92个肠道病毒的完整VP1区域进行测序，并使用系统发育分析研究血清型，基因型和亚基因型。92个肠道病毒分离株被鉴定为67个（72.8％）EV-A71菌株，其包含亚基因型B4，B5，C1，C2，C4a，C4b和C5，以及25个（27.2％）包含亚基因型B1a和B1b的CV-A16菌株。在研究期间证明了基因型/亚基因型替代。十多年来，EV-A71 B5和C4a一直是泰国主要的流行菌株，CV-A16 B1a已经流传了近二十年。本研究提供了泰国EV-A71和CV-A16亚基因型的分子流行病学的时间顺序数据。 EV-A71经常发生亚基因型替代，但不是CV-A16。监测病毒遗传和亚基因型变化对于分子诊断，疫苗选择和疫苗开发非常重要。
