《使用基于基因组的机器学习设计，基于CRISPR的COVID-19监控》

• 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
• 编译者： 蒋君
• 发布时间：2020-03-22
• 原文来源：;http://biorxiv.org/content/early/2020/03/02/2020.02.26.967026.1.abstract

SAV-CoV-2（COVID-19的病原体）的出现和爆发已迅速成为全球关注的问题，并突显了对快速，灵敏和特定工具进行流行病毒监视的需求。在这里，我们提供了用于基于CRISPR的核酸检测的检测设计和实验资源，这些资源对于正在进行的监测可能很有价值。我们提供检测67种病毒种和亚种的检测设计，包括：SARS-CoV-2，系统发育相关病毒以及具有类似临床表现的病毒。这些设计是我们正在开发的算法的输出，可用于快速设计核酸检测测定法，该测定法在基因组多样性中是全面的，并且预计具有高度的敏感性和特异性。在我们的设计中，我们使用CRISPR-Cas13检测系统实验筛选了4种SARS-CoV-2设计，然后广泛测试了性能最高的SARS-CoV-2分析。我们证明了使用荧光和侧流检测的合成靶标，该测定法的灵敏度和速度。此外，我们提供的协议可以扩展为测试其他66个提供的设计。