《开发出抵抗流感病毒的广谱抑制剂》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2018-01-09
  • 流感病毒可分为甲型流感病毒(简称甲流病毒)、乙型流感病毒、丙型流感病毒和近年来才发现的丁型流感病毒。就甲流病毒而言,它又可分为第1组(H1、H2、H5、H6、H11、H13和H16)、第2组(H8、H9和H12)、第3组(H3、H4和H14)和第4组(H7、H10和H15)甲流病毒。流感病毒每年导致全世界高达50万人死亡。

    在一项新的研究中,来自美国斯克里普斯研究所(TSRI)和比利时杨森研发公司(Janssen Research & Development)的研究人员设计出能够中和一系列流感病毒毒株的人工肽分子。这些设计的肽分子有潜力被开发为靶向流感病毒的药物。相关研究结果于2017年9月28日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Potent peptidic fusion inhibitors of influenza virus”。论文通信作者为TSRI结构生物学教授Ian Wilson和杨森研发公司的Maria J. P. van Dongen。

    这些开发出的肽分子阻断大多数传播的第1组甲流病毒(group 1 influenza A virus)的传染性,包括H5N1,即在亚洲已导致上百人感染和死亡的一种禽流感病毒毒株;在2009~2010年导致全球流行病的H1N1猪流感病毒毒株。

    这些研究人员设计了这些肽分子来模拟两种近期发现的“超级抗体(super-antibodies)”的病毒结合区域。已知这两种超级抗体能够中和几乎所有的甲流病毒毒株。抗体是一种大分子蛋白,它的生产成本很高,因此通过注射或灌注加以给送。然而,“这项研究开发的这些肽分子有潜力在未来成为作为丸剂加以给送的药物”。

    Wilson说,“我们的研究结果证实,制造出在本质上发挥这些大分子广泛中和抗体发挥的作用的小分子是一种非常令人兴奋的且有前景的抵抗流感病毒的策略。”

    这两种被称作FI6v3和CR9114的抗流感病毒超级抗体分别是在2011年和2012年发现的。从那以后,Wilson实验室与杨森研发公司和全世界的其他结构生物学实验室一道在原子分辨率下绘制出这两种广泛中和抗体和其他的广泛中和抗体如何结合到流感病毒上。

    近期,来自美国华盛顿大学的David Baker领导的一个研究团队利用这些抗体结构数据来设计新的小于这些抗体的蛋白,而且这些蛋白以一种类似的方式结合到流感病毒上,并且中和一系列流感病毒毒株。在这项新的研究中,来自TSRI和杨森研发公司的研究人员旨在开发更小的靶向流感病毒表面上相同靶区域的非蛋白分子。

    在经过几轮分子设计和合成、病毒结合测试和原子水平上的结构评估之后,这些研究人员开发出一组由四种肽分子组成的肽,每种肽分子具有环状的结构,而且作为潜在的流感病毒阻断分子很好地发挥着作用。

    这些肽分子对一系列第1组甲流病毒具有很强的结合亲和力,而且在实验室实验中具有强效地中和这些病毒感染的能力。

    这些肽分子也整合了在天然蛋白中没有发现的氨基酸构成元件。它们的非天然氨基酸和它们的环状结构使得它们相对而言抵抗能够快速地清除血液中的肽类药物的酶。在这四种肽分子中,一种最为优化的被称作P7的肽分子当接触小鼠或人血浆时或者当被注射到小鼠体内时,能够存活数小时。

    Wilson实验室博士后研究员Rameshwar U. Kadam说,“这些肽分子具有药物类似的稳定性,而且将是在动物模型中进一步测试抗病毒功效的合适候选药物。”Kadam和杨森研发公司首席科学家Jarek Juraszek是这篇论文的第一作者。

    这些肽分子,就像旨在模拟的这两种超级抗体那样,结合到一个位于流感病毒的主要包膜蛋白血凝素(hemagglutinin)下面部分上的被称作疏水性茎沟(hydrophobic stem groove)的位点上。在这个位点上的分子结构在流感病毒毒株之间并不会发生很大的变化,这是因为它在一种形状改变的过程中发挥着至关重要的作用。这种形状改变的过程允许流感病毒穿透宿主细胞,启动感染。通过结构评估,Kadam发现这些肽分子阻止这种形状改变,因而阻止穿透宿主细胞。

    Kadam说,“一种靶向感染第一阶段的药物将是对现存的靶向感染后期阶段的抗流感病毒药物的补充。”

    这些肽分子并不像它们模拟的这两种超级抗体那样全面地结合到它们的病毒靶标上。比如,对第2组甲流病毒而言,这些肽分子缺乏这两种超级抗体推开或躲避位于血凝素表面上的阻断靶位点关键部分的糖分子的能力。然而,Kadam说,进一步的研究可能开发出抵抗第1组甲流病毒、第2组甲流病毒和甚至乙型流感病毒的肽分子。

    Kadam说,“我们能够利用抗体表面上的结构信息制造更小的分子,这些分子具有几乎相同的结合亲和力和中和流感病毒的广谱性。”

    Wilson说,“在这个领域里,人们之前对我们能够利用这些小分子获得如此好的结果持怀疑态度,但是这项研究证实我们能够做到这一点。”

  • 原文来源:http://science.sciencemag.org/content/358/6362/496
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-07-11
    • 自2015年10月首个溶瘤病毒疗法被FDA批准用于治疗黑色素瘤后[1],越来越多的临床研究证明,溶瘤病毒在癌症治疗中确具有一定作用,如在胶质母细胞瘤[2]及软组织肉瘤中[3]。   除了溶瘤病毒自身复制导致被感染的肿瘤细胞死亡之外,细胞死亡后的裂解产物还可吸引大量CD8+T细胞,从而诱导肿瘤特异性T细胞反应来杀伤肿瘤细胞[4]。   然而,研究人员发现,溶瘤病毒疗法会使肿瘤中PD-L1表达上调,从而削弱了抗肿瘤免疫反应[5]。因此,开发新的策略来最大限度地发挥溶瘤病毒疗法的潜力,一直是领域研究的热点。   近日,来自厦门大学的夏宁邵教授团队,成功构建了重组表达抗人源PD-1单链可变片段(hPD-1scFv)的溶瘤单纯疱疹病毒载体(YST-OVH),YST-OVH可明显增强小鼠肿瘤中CD8+T细胞的活性,在多种人源化PD-1小鼠肿瘤模型中均有明显抗肿瘤效果。   非人灵长类动物中的神经毒性和安全性评价显示,YST-OVH没有明显神经毒性,在非人灵长类动物中耐受性良好,具有非常好的临床转化潜力,相关研究成果发表在著名期刊《癌症免疫治疗杂志》[6]。 目前,溶瘤病毒疗法的效果受到两大因素的限制,一个因素是溶瘤病毒的扩散能力有限、对组织的穿透性不佳,另一个因素即是肿瘤微环境中的免疫抑制因子,它们导致免疫细胞处于失活状态,削弱了溶瘤病毒的抗肿瘤效果。   针对第一个因素,科学家利用具有肿瘤趋向性,且具有良好扩散及组织穿透能力的神经干细胞作为溶瘤病毒的载体,在动物模型及1期临床研究中取得良好效果,一定程度上解决了这个问题[7]。   而针对第二个因素,科学家们也尝试了多种方式来解决这一问题。   首先想到的解决办法,便是将溶瘤病毒疗法与免疫检查点抑制剂疗法相结合,且这一组合疗法在黑色素瘤、结肠癌中已被证实确实能够起到不错的效果,甚至对一些原本对免疫检查点抑制剂疗法不敏感的患者,也具有良好的疗效[8, 9]。   紧接着,科学家们自然而然地想到,可否直接让溶瘤病毒表达可激活免疫反应的蛋白,如细胞因子和免疫检查点特异性的抗体等,这在技术上是完全可行的。   “说干咱就干”。经改造后的可表达IL-7、IL-12[10]及抗PD-1(厦门大学夏宁邵教授团队[5])、抗TIGIT(南京大学魏继武教授团队[11])的溶瘤病毒相继问世。   厦门大学夏宁邵教授团队在其前期设计的重组表达抗鼠源PD-1单链可变片段(mPD-1scFv)的溶瘤单纯疱疹病毒载体(OVH-aMPD-1)的基础上(人和小鼠PD-1的氨基酸同源性约为61%),设计了首个抗人源PD-1单链可变片段(hPD-1scFv)的溶瘤单纯疱疹病毒载体(YST-OVH)。   感染YST-OVH的细胞可表达和分泌hPD-1scFv,与肿瘤微环境中淋巴细胞上的PD-1相结合,起到改善免疫应答的作用。本次研究中,夏宁邵教授团队在动物模型中对YST-OVH的抗肿瘤活性进行了验证,同时还报道了在非人灵长类动物中的可行性和安全性结果。   研究人员首先在体外检测了hPD-1scFv蛋白在YST-OVH感染细胞上清液中的表达,结果显示hPD-1scFv蛋白在感染后72小时达到高峰,且YST-OVH在细胞内的复制能力与亲本病毒(OVH)相似。 紧接着,研究人员检测了YST-OVH在体内及体外对肿瘤细胞的杀伤作用。   在体外实验中,YST-OVH和OVH对多种人类癌细胞和正常细胞的杀伤作用相似,且对肿瘤细胞的杀伤作用与病毒的感染剂量呈正比。 在体内实验中,研究人员在人肝癌细胞系(Hep3B)和人肺癌细胞系(A549)皮下移植小鼠(在这些小鼠中,YST-OVH产生的hPD-1scFv并不起作用)中评估YST-OVH的作用。结果显示,YST-OVH和OVH对肿瘤的抑制效果也类似。 为了评估YST-OVH中hPD-1scFv的作用,研究人员构建了表达人源PD-1的肝癌小鼠模型,并用其评估YST-OVH的治疗作用(肿瘤移植4天后开始,小鼠接受四次静脉注射病毒治疗)。结果显示,接受YST-OVH治疗的小鼠肿瘤(基本消失)显著小于OVH治疗组,生存期也更长,所有接受YST-OVH治疗的小鼠在86天的观察期内均存活下来,且肿瘤没有复发。   这表明YST-OVH中的hPD-1scFv起到效果。 对YST-OVH治疗的小鼠肿瘤组织进行质谱流式细胞术(CyTOF)检测发现,肿瘤组织中CD8+T细胞的浸润及活性均增加,CD8+T细胞耗竭减少。这与YST-OVH设计的初衷相一致。   此外,研究人员发现,YST-OVH治疗后的肿瘤组织中耗竭的CD8+T细胞上高表达CTLA-4和TIM-3这两个免疫抑制分子。同时,YST-OVH治疗对CTLA-4+Treg细胞(免疫抑制作用)比例无显著影响。这些结果提示,YST-OVH与适当的免疫检查点阻断治疗联合(如抗CTLA-4或抗TIM-3治疗),可逆转T细胞耗竭和阻断激活的Treg细胞,起到促进抗肿瘤免疫应答的效果。 结果也不出所料,YST-OVH和抗CTLA-4的联合治疗比两者单用的效果要更好。对小鼠肿瘤组织的RNA-seq测序结果显示,几种免疫相关信号通路,如获得性免疫反应、T细胞激活、淋巴细胞激活等,在联合治疗的肿瘤中显著富集。 最后,研究人员还在非人灵长类动物(恒河猴)中检测了YST-OVH疗法的神经毒性和安全性。最终的结果表明,YST-OVH对恒河猴无明显神经毒性,且耐受性良好。   总的来说,本研究构建了首个抗人源PD-1单链可变片段的溶瘤单纯疱疹病毒载体,且临床前研究显示,相比于单纯溶瘤病毒治疗,YST-OVH对肿瘤的抑制效果更好,且在非人灵长类动物中的良好安全性,使得该疗法具有十分强的临床转化潜力,期待该疗法的1期临床试验结果。   参考文献 1.Andtbacka RH, Kaufman HL, Collichio F, Amatruda T, Senzer N, Chesney J, Delman KA, Spitler LE, Puzanov I, Agarwala SS et al: Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With Advanced Melanoma. J Clin Oncol 2015, 33(25):2780-2788. 2.Desjardins A, Gromeier M, Herndon JE, 2nd, Beaubier N, Bolognesi DP, Friedman AH, Friedman HS, McSherry F, Muscat AM, Nair S et al: Recurrent Glioblastoma Treated with Recombinant Poliovirus. N Engl J Med 2018, 379(2):150-161. 3.Monga V, Miller BJ, Tanas M, Boukhar S, Allen B, Anderson C, Stephens L, Hartwig S, Varga S, Houtman J et al: Intratumoral talimogene laherparepvec injection with concurrent preoperative radiation in patients with locally advanced soft-tissue sarcoma of the trunk and extremities: phase IB/II trial. J Immunother Cancer 2021, 9(7). 4.Bommareddy PK, Shettigar M, Kaufman HL: Integrating oncolytic viruses in combination cancer immunotherapy. Nat Rev Immunol 2018, 18(8):498-513. 5.Lin C, Ren W, Luo Y, Li S, Chang Y, Li L, Xiong D, Huang X, Xu Z, Yu Z et al: Intratumoral Delivery of a PD-1-Blocking scFv Encoded in Oncolytic HSV-1 Promotes Antitumor Immunity and Synergizes with TIGIT Blockade. Cancer Immunol Res 2020, 8(5):632-647. 6.Ju F, Luo Y, Lin C, Jia X, Xu Z, Tian R, Lin Y, Zhao M, Chang Y, Huang X et al: Oncolytic virus expressing PD-1 inhibitors activates a collaborative intratumoral immune response to control tumor and synergizes with CTLA-4 or TIM-3 blockade. J Immunother Cancer 2022, 10(6): e004762. 7.Fares J, Ahmed AU, Ulasov IV, Sonabend AM, Miska J, Lee-Chang C, Balyasnikova IV, Chandler JP, Portnow J, Tate MC et al: Neural stem cell delivery of an oncolytic adenovirus in newly diagnosed malignant glioma: a first-in-human, phase 1, dose-escalation trial. Lancet Oncol 2021, 22(8):1103-1114. 8.Ribas A, Dummer R, Puzanov I, VanderWalde A, Andtbacka RHI, Michielin O, Olszanski AJ, Malvehy J, Cebon J, Fernandez E et al: Oncolytic Virotherapy Promotes Intratumoral T Cell Infiltration and Improves Anti-PD-1 Immunotherapy. Cell 2017, 170(6):1109-1119.e1110. 9.Lee YS, Lee WS, Kim CW, Lee SJ, Yang H, Kong SJ, Ning J, Yang KM, Kang B, Kim WR et al: Oncolytic vaccinia virus reinvigorates peritoneal immunity and cooperates with immune checkpoint inhibitor to suppress peritoneal carcinomatosis in colon cancer. J Immunother Cancer 2020, 8(2). 10.Nakao S, Arai Y, Tasaki M, Yamashita M, Murakami R, Kawase T, Amino N, Nakatake M, Kurosaki H, Mori M et al: Intratumoral expression of IL-7 and IL-12 using an oncolytic virus increases systemic sensitivity to immune checkpoint blockade. Sci Transl Med 2020, 12(526). 11.Zuo S, Wei M, Xu T, Kong L, He B, Wang S, Wang S, Wu J, Dong J, Wei J: An engineered oncolytic vaccinia virus encoding a single-chain variable fragment against TIGIT induces effective antitumor immunity and synergizes with PD-1 or LAG-3 blockade. J Immunother Cancer 2021, 9(12).最后,研究人员还在非人灵长类动物(恒河猴)中检测了YST-OVH疗法的神经毒性和安全性。最终的结果表明,YST-OVH对恒河猴无明显神经毒性,且耐受性良好。 总的来说,本研究构建了首个抗人源PD-1单链可变片段的溶瘤单纯疱疹病毒载体,且临床前研究显示,相比于单纯溶瘤病毒治疗,YST-OVH对肿瘤的抑制效果更好,且在非人灵长类动物中的良好安全性,使得该疗法具有十分强的临床转化潜力,期待该疗法的1期临床试验结果。   参考文献 1.Andtbacka RH, Kaufman HL, Collichio F, Amatruda T, Senzer N, Chesney J, Delman KA, Spitler LE, Puzanov I, Agarwala SS et al: Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With Advanced Melanoma. J Clin Oncol 2015, 33(25):2780-2788. 2.Desjardins A, Gromeier M, Herndon JE, 2nd, Beaubier N, Bolognesi DP, Friedman AH, Friedman HS, McSherry F, Muscat AM, Nair S et al: Recurrent Glioblastoma Treated with Recombinant Poliovirus. N Engl J Med 2018, 379(2):150-161. 3.Monga V, Miller BJ, Tanas M, Boukhar S, Allen B, Anderson C, Stephens L, Hartwig S, Varga S, Houtman J et al: Intratumoral talimogene laherparepvec injection with concurrent preoperative radiation in patients with locally advanced soft-tissue sarcoma of the trunk and extremities: phase IB/II trial. J Immunother Cancer 2021, 9(7). 4.Bommareddy PK, Shettigar M, Kaufman HL: Integrating oncolytic viruses in combination cancer immunotherapy. Nat Rev Immunol 2018, 18(8):498-513. 5.Lin C, Ren W, Luo Y, Li S, Chang Y, Li L, Xiong D, Huang X, Xu Z, Yu Z et al: Intratumoral Delivery of a PD-1-Blocking scFv Encoded in Oncolytic HSV-1 Promotes Antitumor Immunity and Synergizes with TIGIT Blockade. Cancer Immunol Res 2020, 8(5):632-647. 6.Ju F, Luo Y, Lin C, Jia X, Xu Z, Tian R, Lin Y, Zhao M, Chang Y, Huang X et al: Oncolytic virus expressing PD-1 inhibitors activates a collaborative intratumoral immune response to control tumor and synergizes with CTLA-4 or TIM-3 blockade. J Immunother Cancer 2022, 10(6): e004762. 7.Fares J, Ahmed AU, Ulasov IV, Sonabend AM, Miska J, Lee-Chang C, Balyasnikova IV, Chandler JP, Portnow J, Tate MC et al: Neural stem cell delivery of an oncolytic adenovirus in newly diagnosed malignant glioma: a first-in-human, phase 1, dose-escalation trial. Lancet Oncol 2021, 22(8):1103-1114. 8.Ribas A, Dummer R, Puzanov I, VanderWalde A, Andtbacka RHI, Michielin O, Olszanski AJ, Malvehy J, Cebon J, Fernandez E et al: Oncolytic Virotherapy Promotes Intratumoral T Cell Infiltration and Improves Anti-PD-1 Immunotherapy. Cell 2017, 170(6):1109-1119.e1110. 9.Lee YS, Lee WS, Kim CW, Lee SJ, Yang H, Kong SJ, Ning J, Yang KM, Kang B, Kim WR et al: Oncolytic vaccinia virus reinvigorates peritoneal immunity and cooperates with immune checkpoint inhibitor to suppress peritoneal carcinomatosis in colon cancer. J Immunother Cancer 2020, 8(2). 10.Nakao S, Arai Y, Tasaki M, Yamashita M, Murakami R, Kawase T, Amino N, Nakatake M, Kurosaki H, Mori M et al: Intratumoral expression of IL-7 and IL-12 using an oncolytic virus increases systemic sensitivity to immune checkpoint blockade. Sci Transl Med 2020, 12(526). 11.Zuo S, Wei M, Xu T, Kong L, He B, Wang S, Wang S, Wu J, Dong J, Wei J: An engineered oncolytic vaccinia virus encoding a single-chain variable fragment against TIGIT induces effective antitumor immunity and synergizes with PD-1 or LAG-3 blockade. J Immunother Cancer 2021, 9(12).
  • 《Nature:开发出首个针对军团杆菌SdeA酶的抑制剂》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-05-28
    • 抗微生物剂耐药性(antimicrobial resistance, AMR)是世界范围内的一个主要医学问题,影响人体健康和经济状况。在一项新的研究中,来自德国法兰克福大学的Ivan Dikic教授及其团队报道了一种抵抗细菌的新策略。他们揭示出一种军团杆菌毒素的分子作用机制并开发出首个抑制剂。相关研究结果于2018年5月23日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Insights into catalysis and function of phosphoribosyl-linked serine ubiquitination”。 随着耐药性持续蔓延,常见的感染如肺炎和沙门氏菌病越来越难以治疗。导致这种抗微生物剂耐药性危机的因素有两个:人类使用抗生素的疏忽和30多年来未开发出真正的新型抗生素。根据世界银行近期发布的一份报告,到2050年,抗微生物剂耐药性可能会降低全球国内生产总值(GDP)1.1%~3.8%。 科学工作正在进行,以便更好地控制微生物感染。一种有前景的方法是通过阻断给宿主细胞和组织造成损伤的微生物过程来限制这种损伤。Dikic实验室在过去的十年里一直在这个领域开展研究。Dikic说,“我们认为我们能够找到新的治疗方法:利用合理设计的药物靶向一类特定的细菌效应物作为对传统抗生素的补充。以这种方式,致病性损伤就能够减少,这有助患者更好地耐受细菌感染。这是一个相对较新的领域,正在科学界吸引着越来越多的关注。” 为了证实这种策略是解决细菌感染的一种可行方案,Dikic团队研究了已知会引起肺炎并对免疫功能低下患者是特别危险的军团杆菌。近期,这些研究人员参与确定了军团杆菌用来控制它的宿主细胞的一种新的酶学机制。论文共同作者、作为Dikic团队成员之一的Sagar Bhogaraju博士报道,“我们证实军团杆菌SdeA酶是一种有毒的细菌效应物。它通过靶向泛素系统促进细菌扩散,其中这种泛素系统是细菌细胞抵抗应激的强大保护机制之一。” 在这项新的研究中,Dikic团队报道他们取得了进一步的突破:他们成功地解析出SdeA的原子结构。论文第一作者、作为Dikic团队成员之一的Sissy Kalayil博士说,“这种酶是非常独特的,并通过一种两步机制来催化反应。我们的结果是非常令人兴奋的,这是因为它们揭示出这种机制的原子细节,并使得合理设计抑制剂成为可能。” 这些研究人员还揭示出这种细菌效应物很可能如何在宿主细胞内选择它的靶蛋白,并通过让泛素附着到这些靶蛋白上来发挥它的作用。他们还开发出第一个在体外阻断这种反应的抑制剂。Dikic评论道,“我们的基本发现允许我们证实这种酶是可药靶向的。不过,这是初步发现。在我们能够在治疗上利用这种新机制之前,我们仍然有很长的路要走。我们肯定不会就此罢手。”最有可能的是,军团杆菌并不是唯一使用这种机制的细菌。