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《英国将开展3.5万COVID-19患者的基因测序计划》

  • 来源专题：中国科学院文献情报生命健康领域集成服务门户
  • 编译者： 范月蕾
  • 发布时间：2020-06-19

  • 5月25日，英国基因组公司(Genomics England)和GenOMICC联盟联合发起了一项COVID-19患者基因组测序计划，旨在分析英国35,000名COVID-19患者的基因组，以了解个人基因如何影响其对病毒感染的反应。该研究将招募20,000名目前或以前患有COVID-19的重症监护患者，以及15,000名出现轻度或中度症状感染的患者。研究团队预计新的遗传学见解可帮助对患者进行分层，以便未来进行COVID-19治疗和疫苗临床试验。同时，这些数据还将为患者护理、监测和药物处方提供信息。该项目第一项核心分析将是全基因组关联研究（GWAS），以比较轻度和重度COVID-19患者的基因组。这些数据将能够进行广泛的分析，有助于科学家将遗传学与疾病的易感性、严重性和临床试验结果联系起来，帮助确定具有特定基因表达谱患者对某些药物的受益情况。从长远来看，如果我们能够了解基因型是否可以影响疫苗的持续反应，这些基因数据还可以帮助疫苗设计。

  • 原文来源：;http://www.seqchina.cn/12079.html
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  • 《11月15日_NIH将针对COVID-19儿童患者开展长期研究》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：YUTING
    • 发布时间：2021-11-21
    • 11月15日，美国国立卫生研究院（NIH）宣布，NIH研究人员将开始研究COVID-19对儿童的长期影响。该研究将追踪多达1000名COVID-19检测呈阳性的儿童和年轻人，并评估三年内COVID-19对这些人身心健康的影响。预计该研究将详细了解COVID-19对儿童整体健康、发育和感染后几年整体生活质量的影响。该研究还将确定引发COVID-19患者出现并发症的风险因素，以及评估COVID-19患者对该疾病的长期免疫反应，以筛选可能影响儿童对COVID-19反应的遗传因素，并确定免疫因素是否影响长期结果。 数据表明，与老年人相比，儿童患COVID-19重症的可能性较小。然而，在美国出现的600万COVID-19儿童患者病例中，许多儿童遭受了该疾病的急性和长期影响。此外，儿童在感染SARS-CoV-2后可能会出现一系列炎症症状，统称为儿童多系统炎症综合征（MIS-C），可影响儿童的多个器官并导致严重疾病。即使儿童最初似乎没有COVID-19症状，也可能出现MIS-C。 研究参与者将在其父母或监护人同意的情况下参与该试验。NIH临床中心将招募3至21岁的COVID-19患者，华盛顿特区的儿童医院将招募年龄从出生到21岁的COVID-19患者。参与者将接受全面的身体检查，并向研究人员报告其病史。研究人员将收集各种基线样本，包括血液、鼻拭子、粪便和尿液，以进行遗传分析，以确定患COVID-19严重疾病的潜在遗传风险因素。研究人员还将扫描参与者的心脏和其他器官。该研究还将招募一些没有COVID-19感染史的家庭成员，将其作为对照组。该研究总共可能招募多达2000人，包括COVID-19检测呈阳性的参与者及其家庭联系人。 在COVID-19检测呈阳性后12周内注册的儿童和年轻参与者将在研究开始后三个月和六个月前往诊所接受随访，然后每六个月一次，总共三年。在COVID-19检测呈阳性后超过12周注册的人将在三年内每六个月到诊所就诊一次。在这些后续访问中，研究人员仍将通过器官扫描、样本采集、问卷调查和其他方式来跟踪参与者的健康状况、疾病及健康发展状况、整体生活质量以及心理健康。任何可能与先前的COVID-19感染有关的再感染或不良事件都将被记录在案。研究人员预计，这项研究大约需要六年才能完成。
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  • 《单细胞转录组测序数据分析COVID-19患者恢复期的免疫细胞》
    • 来源专题：实验室生物安全
    • 编译者：苑晓梅
    • 发布时间：2020-05-28
    • 单细胞转录组数据：分别从10个COVID-19和5个健康个体中获得PBMC细胞后，进行单细胞转录组分析，同时分析了BCR和TCR，患者来自于恢复期患者。根据基因的特异性表达，将PBMC中的细胞分为三种来源的免疫细胞：髓系细胞、NK和T细胞以及B细胞。进一步对其进行划分，共计获得20种不同的免疫细胞cluster。 首先对三种大类免疫细胞在COVID-19患者中的变化进行分析，结果表明相对于健康个体，患者中髓系细胞的比例显著增加，NK和T细胞的比例降低，同时发现在恢复后期患者中B细胞以及NK和T细胞的比例高于恢复早期患者，但是髓系细胞的比例低于恢复早期患者。以上结果表明在感染患者PBMC中淋巴细胞和髓系细胞的比例具有显著的变化。同时作者分析了在感染前后不同免疫细胞的基因表达差异分析，结果表明在患者免疫细胞中炎症因子和趋化因子显著增加。 接下来作者对髓系细胞进行分析，根据特异性基因的表达，将髓系细胞分为6种细胞，分别命名为Classical CD14++ monocytes (M1)，non-classical CD16++ (FCGR3A) CD14−/+ monocytes (M2)，intermediate CD14++ CD16+ monocytes (M3)，CD1C+ cDC2 (M4), CLEC9A+ cDC1 (M5)和 pDC(CLEC4C+CD123+) (M6) 。接下来作者分别对比了不同髓系细胞在感染前后的变化，结果发现M1在恢复早期患者种显著高于健康个体，同时发现CD14+细胞中IL-1β和TNF显著增加。进一步发现在患者中促炎因子和干扰素刺激基因显著增加，但是一炎基因显著降低。同时对比了恢复前后期IL-1β的变化情况，结果表明在前期显著增加，后期降低。同时对M1高表达基因进行功能通路富集，发现与细胞因子信号和炎症因子激活相关。 接下来作者对NK细胞和T细胞进行分析，根据基因表达差异分析，将其分为 不同的10个细胞亚群，包括2种不同的NK细胞亚群和8种不同的T细胞。分别比较了在感染前后不同细胞亚群的变化情况，在患者中效应CD8+ T细胞核NK细胞显著降低，CD4+ T细胞比较稳定。接下来作者分析了在不同NK和T细胞中基因表达差异，发现在感染患者中炎症相关因子和干扰素刺激基因显著增加，与髓系细胞类似。同时根据TCR测序分析发现在恢复早期患者中T细胞的增殖显著降低。 接下来作者对PBMC中B细胞亚群进行分析，根据基因特异性表达，将B细胞分成4个不同的cluster，并根据基因表达进行定义，并对比了患者和健康个体之间的差异，发现浆细胞在患者中显著增加，但是naive B细胞显著降低。同时发现在恢复早期患者的MPB细胞中B细胞活化相关基因在感染患者中显著增加，在浆细胞和抗体分泌细胞中也存在相同的现象，说明抗体分泌细胞在病毒感染过程中发挥关键的功能。同样的，作者分析了不同B细胞亚群基因表达分析，发现相对于健康个体，患者中炎症因子显著增加。 最后作者研究在感染患者中PBMC中各种细胞之间的相互关系来分析以上发现的在患者中不同细胞亚群发生的变化。在感染患者中发现了单核细胞活化，增殖以及炎症相关的信号，同时发现T细胞-单核细胞之间的相互作用可能在提高患者免疫应答中发挥重要作用。
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