背景
序列间隔是原发病例症状发作和继发病例症状发作之间的时间段。了解序列间隔对于确定COVID-19等传染病的传播动态非常重要，包括可能影响控制措施的繁殖次数和二次发作率。COVID-19 的早期荟萃分析报告，原始野生型变异的连续间隔为 5.2 天（95% CI：4.9–5.5），Alpha 变体的连续间隔为 5.2 天（95% CI：4.87–5.47）。对于其他呼吸道疾病，序列间隔已被证明在流行过程中减少，这可能是由于病毒突变的积累和更有效的非药物干预措施的实施。因此，我们汇总了文献，以估计德尔塔和奥密克戎变异株的序列间隔。
方法
本研究遵循系统综述的首选报告项目和荟萃分析指南。对PubMed，Scopus，Cochrane图书馆，ScienceDirect和预印本服务器medRxiv进行了系统的文献检索，以获取4年2021月23日至2023年2月19日期间发表的文章。检索词为：（“序列间隔”或“生成时间”）、（“奥密克戎”或“德尔塔”）和（“SARS-CoV-95”或“COVID-95”）。使用限制性最大似然估计器模型对 Delta 和 Omicron 变异株进行荟萃分析，每项研究都有随机效应。报告了合并平均估计值和 <>% 置信区间 （<>% CI）。
结果
德尔塔的荟萃分析包括46，648例原发/继发病例对，奥密克戎的荟萃分析包括18，324例。纳入研究的平均连续间隔为德尔塔的2.3-5.8天和奥密克戎的2.1-4.8天。Delta的合并平均序列间隔为3.9天（95%置信区间：3.4-4.3）（20项研究），奥密克戎为3.2天（95%置信区间：2.9-3.5）（20项研究）。BA.1的平均估计系列间隔为3.3天（95%置信区间：2.8-3.7）（11项研究），BA.2为2.9天（95%置信区间：2.7-3.1）（5项研究），BA.2为3.95天（1%置信区间：6.3-1.<>）（<>项研究）。
结论
德尔塔和奥密克戎的序列间隔估计值短于祖先SARS-CoV-2变异株。最近的奥密克戎亚变异体的序列间隔甚至更短，这表明序列间隔可能随着时间的推移而缩短。这表明从一代病例到下一代病例的传播速度更快，这与观察到的这些变异株与其祖先相比的更快增长动态一致。随着SARS-CoV-2继续传播和发展，序列间隔可能会发生其他变化。人群免疫力的变化（由于感染和/或疫苗接种）可能会进一步改变它。
