1.研究者首先纳入了上海地区326例患者分为四组，分别为5例无症状患者，293例轻症患者，12例重症和16例需要ECMO治疗的危重症患者。最终315例出院，6例死亡。接下来对其中112例的痰或口咽拭子病毒基因组测序，在9个蛋白编码区发现66个同义和103个错义突变，f ORF1ab, S, ORF3a, E, M 和 ORF7a突变率相似，但ORF8和N突变率更高。通过上海94例样本基因组数据与GISAID数据库中221调序列进行系统发育分析，研究者发现上海病毒来源于两个主要分枝及其亚分枝。但在上海病例中未发现进一步的分枝及亚分枝。
2. 接下来研究者将有6例与华南海鲜市场有直接接触史的患者归类为分枝I，而在同一时期诊断无该市场接触史的患者分类为分枝II，将两组患者nt8，782和nt28，144位点与蝙蝠Bat-SARS-CoV-RaTG13进行比较分析，发现只有分枝II与Bat-SARS-CoV-RaTG13的这两个位点相同。两组不同病毒分枝临床表现无差异，意味着基因组发生变异的病毒仍然具有相同的致病过程。并且13个突变频率最高的位点与疾病严重程度没有相关性。
3. 随后研究者分析了与疾病严重程度相关的宿主因素。研究者集中分析了免疫相关和生化指标，发现COVID-19患者普遍存在低淋巴细胞血症尤其是在重症和危重症分组中显著降低。其中CD3+T细胞的影响最为显著，CD4+和CD8+T细胞有同样的改变趋势。但是CD19+B细胞仅在危重症患者中有明显降低，而在无症状、轻症以及危重症患者中无明显改变。研究者进一步对淋巴细胞的纵向变化进行分析，发现CD3+T细胞水平随疾病恶化和进展逐级下降，同样可见于CD4+和CD8+T细胞，但NK细胞无此相关性。
4.患者基本临床信息分析后得出入院时淋巴细胞计数、存在合并症、性别是重症主要相关因素。多因素分析发现年龄和低淋巴细胞血症是重症的主要独立危险因素，但合并症不是。细胞因子数据中IL-6和IL-8变化最为显著，并与淋巴细胞计数呈负相关。在重症患者中IL-6和IL-8水平随时间变化有显著增加，表明炎性细胞因子与SARS-CoV-2感染的发病机制之间存在很强的联系。
