《广州健康院揭示核糖体蛋白调控蛋白组稳态维持精子发生的作用》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-12-20
  • 12月17日,中国科学院广州生物医药与健康研究院戚华宇课题组研究揭示了核糖体蛋白通过调控蛋白翻译机器和蛋白质量控制维持小雄性生殖细胞发育的作用,相关成果以Proteostasis regulated by testis-specific ribosomal protein RPL39L maintains mouse spermatogenesis为题在线发表在iScience。

      哺乳动物雄性配子-精子-是传递遗传物质、维持与繁衍物种以及进化的基础。由于精子发生具有周期性、长期性和受动物体内、外环境因素影响等特点,精子质量的控制与遗传疾病的发生、生殖健康等具有密切的关系。成年动物,包括人类,在急性损伤(如癌症的化学和放射性治疗)和年龄的增长等条件下,生殖细胞发育潜力与功能往往衰退并伴随基因组的遗传变异,不但造成生殖健康、疾病等问题,而且可通过遗传或表观遗传的方式影响下一代的健康。如何诊断、治疗相关疾病和健康问题,改善和提高生殖细胞功能是大众所关注的问题;由于生殖细胞是动、植物体中唯一在亲子代间延续生存的细胞类型,对生殖细胞发育调控机制的基础研究也在发育、干细胞、再生与衰老等领域具有广泛的影响。

      成年动物的精子发生起始于精原干细胞,经历有丝分裂、减数分裂和细胞的形态发生等阶段。近年来研究指出,小鼠及人类基因组中有90%以上的基因在雄性生殖细胞的发育过程中将经历表达、沉默等的调控,在多数发育阶段有数千种不同蛋白的翻译发生。生殖细胞在不同发育阶段如何选择发育与功能的调节方式?研究组在前期研究中发现部分RNA结合蛋白特异性地富集于精原干细胞中,包括核糖体亚基蛋白,如:RPL39L。通过小鼠遗传学、细胞生物学以及生物化学等实验,研究人员发现特定核糖体蛋白对细胞中蛋白翻译机器具有非组成型(constitutive)的调节(regulatory)作用:RPL39L的缺失造成了进入分化阶段的精原干细胞的发育障碍,并在后续发育过程中对精子细胞的数量和质量产生影响。进一步研究发现,虽然缺少RPL39L的核糖体依然可担负信使RNA的翻译作用,但细胞中蛋白合成的效率、新生蛋白的质量均受到负面影响,产生的精子由于线粒体结构和功能的障碍缺少运动性能。在对小鼠中雄性性腺的化学损伤模型的分析中,研究人员发现,生殖细胞蛋白组稳态的异常影响了生精细胞的再生,并使得成年动物的精子发生过程产生退行性变化。

      上述研究揭示了核糖体蛋白不仅可做为细胞中蛋白翻译机器的组成部分,且具有调节核糖体产生和新生蛋白质量控制的作用。实验结果也揭示了生殖干细胞在自我更新与分化时对细胞中蛋白合成调控作用的不同依赖性,为深入研究细胞中的功能单位-蛋白质-合成在细胞命运变化和相关组织再生的问题提供了基础。

      核糖体蛋白在不同细胞中具有表达的异质性,然而它们对蛋白合成的调节作用目前仍不完全清楚。在对RPL39/RPL39L同源蛋白的研究中,研究组在早前的研究中,发现它们或具有功能上的同源性,并可偶联线粒体功能促进细胞的增殖生长。 相关研究结果也于近期发表于International Journal of Biochemistry and Cell Biology (2021 Oct,139:106070.doi:10.1016/j.biocel.2021.106070)。

      研究得到国家卫计委重点研发计划生殖健康及重大出生缺陷防控研究专项、中国科学院再生生物学重点实验室、广东省干细胞与再生医学重点实验室、广东省自然科学基金委、广州生物岛实验室前沿探索项目以及中国科学院广州生物医药与健康研究院等的支持。相关实验得到张小飞课题组和广州生物岛实验室蛋白质中心的合作与帮助。

  • 原文来源:https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(21)01367-5
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    • 编译者:姜丽华
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    •  核糖体是最重要的聚合酶之一,以信使RNA(mRNA)为模板,氨酰化tRNA(aa-tRNA)为底物,合成蛋白质的工厂。核糖体在每个哺乳动物的细胞中有百万至千万的拷贝。核糖体本身占有细胞的大量物质占比,核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)占所有细胞类型中总RNA的80-85%,核糖体蛋白(ribosomal protein,rProtein)在哺乳动物中占总蛋白量的5-10%,总蛋白拷贝数的10-20%(图1)。   12月14日,南京医科大学沙家豪、郭雪江团队与中国科学院生物物理所秦燕团队合作,在《自然》(Nature)上,发表了题为A male germ-cell-specific ribosome controls male fertility的研究论文。该研究发现精子发生中的新型核糖体(RibosomeST)能够产生精子特异蛋白组。   核糖体为直接20~30nm的近球体,在细胞的高分辨成像中可看到核糖体的广泛分布(图2)。在快速增殖的细胞中,核糖体占有的物质、能量比例更高,组织细胞发生发展、决定细胞命运(秦燕课题组,Science Bulletin综述文章,2022年7月)。特殊的核糖体能够产生特殊的蛋白组,从而决定细胞的功能和命运,这是近年来的重要命题。   在雄性生殖细胞中,核糖体大亚基蛋白L39,在精子发生的减数分裂后会发生转移并使用L39L的形式在核糖体上。该研究发现L39是核糖体大亚基新生肽链通道上的重要成分,L39L替换L39后,这个通道可以变宽很多,利于精子成熟中大量正电蛋白的产生。那么,核糖体L39如何决定精子生殖蛋白组?   研究人员通过L39L型核糖体(RibosomeST)和普通L39型核糖体(Ribosome)的超分辨cryo-EM结构解析(分辨率在L39的2.82埃,L39L的3.03埃)发现,核糖体大亚基新生肽链通道上的重要成分,L39L替换L39后,这个通道可以变宽很多,利于精子成熟中大量正电蛋白的产生。   精子发生是物种繁衍的核心功能,少弱精症是近年来的重要国民健康问题,该研究将为相关疾病提供重要标记物和治疗靶点。
  • 《广州健康院揭示组蛋白去乙酰化酶Rpd3S核小体去乙酰化和DNA linker收紧的分子机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-09-06
    •  近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院与澳门大学合作在Cell Research在线发表题为Structural basis of nucleosome deacetylation and DNA linker tightening by Rpd3S histone deacetylase complex的研究论文。该研究通过生化手段及单颗粒冷冻电镜技术确定了Rpd3S组装模式,并且以多种不同核小体底物模拟Rpd3S去乙酰化过程中的不同状态,成功捕获了Rpd3S在H3K36甲基化依赖的去乙酰化过程中的多个构象,以及与Linker Histone H1共存的模式。基于以上结果本研究提出:Rpd3S通过其Eaf3亚基上的CHD识别H3K36me3,并利用Sin3 basic surface与DNA的静电相互作用作为锚点,以多个不同的模式与核小体底物相结合,来移除不同区域组蛋白尾巴赖氨酸的乙酰基;另外,Rpd3S完成去乙酰化功能伴随着双侧DNA linker α角度的减小,提示Rpd3S不但可以擦除带负电的乙酰基团,同时也可能以与linker DNA 直接作用的方式来收紧DNA并帮助压缩染色质;而与H1的共存模式进一步提示了去乙酰化复合物与连接组蛋协同凝缩染色质的可能性。   在真核细胞中,组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetylation, HDAC)以依赖于上游组蛋白修饰的形式来调控基因的转录水平,同时防止隐性转录的发生。在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中,组蛋白去乙酰化酶Sin3 HDAC以Rpd3S和Rpd3L两种多亚基复合物形式分别存在于基因编码区及启动子区域。在基因转录过程中,Set2-Rpd3S通过联系组蛋白甲基化状态和去乙酰化的进程来维持染色质的稳定性,并防止异常隐性转录的发生。在过去的报道中,Rpd3S被认为不仅可以对所有四个组蛋白尾巴上的特定赖氨酸乙酰基发挥作用,并且能同时稳定核小体的动态变化。然而,Rpd3S多位点、多功能性的特点,目前在机理上并未得到明确的阐释。   值得一提的是,在7月19日,Nature杂志在线发表清华大学李海涛课题组和闫创业课题组题为Diverse modes of H3K36me3-guided nucleosomal deacetylation by Rpd3S的文章,通过结构和生化手段对Rpd3S在H3/H4 deacetylation构象下的分子机制做了详尽的探讨。本研究对前述H3/H4 deacetylation的工作机制做了进一步的验证和支持,同时提出了Rpd3S在不同H3K36me3和linker DNA协作的条件下多个全新的结合模型,发现Rpd3S复合物各亚基的组装模式以及识别核小体底物的关键氨基酸位点,揭示了Rpd3S通过调整与核小体的相对位置实现对不同组蛋白去乙酰化的分子机制;同时,也发现了Rpd3S完成去乙酰化与Hho1发生时空伴随,可能是Rpd3S去乙酰化后移向+1核小体与Hho1协同参与组装和压缩染色质并进一步沉默基因转录。   广州健康院博士生董淑琦、博士后Nadia Rasheed,澳门大学博士后李华东、博士生王美林为本文共同第一作者,广州健康院何俊研究员与澳门大学William Chong Hang Chao教授为共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院启动基金以及澳门大学、澳门特别行政区科学技术发展基金等的资助。