《知识图谱如何有助于理解COVID-19相关治疗?》

  • 来源专题:图书情报
  • 编译者: xuxue
  • 发布时间:2020-06-16
  • 2020年4月24日至26日,德国科学技术图书馆(Technische Informationsbibliothek,简称TIB)的科学数据管理小组(Scientific Data Management ,简称SDM)参加了泛欧黑客马拉松EUvsVirus,旨在将专家、投资者和民间组织联系起来,共同制定应对冠状病毒疫情的创新解决方案。全世界公民响应号召,共提交提案2160多件,提出37项挑战。SDM与来自希腊的国家科学研究中心“Demokritos”的软件和知识工程实验室(Software and Knowledge Engineering Laboratory,简称SKEL)合作,展示了“Knowledge4COVID-19”知识图谱。SDM和SKEL整合科学文献和生物医学数据库,有助于解释冠状病毒相关治疗的预期结果。该知识图谱遵循知识工程技术,包含约50000份冠状病毒相关的科学出版物,这些出版物与500多万个生物医学实体(如药物、医疗条件、药物副作用和药物之间的相互作用)相关。此外,机器学习方法可以预测用于治疗COVID-19的药物的潜在不良反应。这样的评估对于做出与新临床试验相关的安全性决定至关重要。
    未来德国科学技术图书馆计划整合COVID-19相关临床数据,以帮助解释存活率、药物相互作用和毒性之间的相关性,将“Knowledge4COVID-19”知识图谱与开放研究知识图谱(Open Research Knowledge Graph ,简称ORKG)组合起来。

相关报告
  • 《四个COVID-19风险群体的发现有助于指导治疗》

    • 来源专题:动植物疫病
    • 编译者:刘小燕
    • 发布时间:2020-11-04
    • 根据全球规模最大的COVID-19患者的研究数据显示,入院治疗的COVID-19患者可以分为四个不同的群体。研究人员利用临床信息和抵达医院时进行的测试来预测患者的死亡风险,从低到高。利用分组设计了迄今最准确的COVID-19风险识别工具,以帮助临床工作人员为住院患者选择最佳治疗方案。该工具是由ISARIC冠状病毒临床特征鉴定联合会开发的,该联合会的成员来自爱丁堡大学、格拉斯哥大学、利物浦大学和伦敦帝国理工学院的研究人员,使用了2020年2月至5月期间入院的约35000名患者的数据。然后对该工具进行了测试,并使用从2020年5月底至6月底住院的另外22000名患者的数据进行了验证,确认该工具是准确的。用于识别一个人属于哪一类人群的数据(因此也有导致死亡的风险),包括年龄、性别、既往病状数量、入院时的呼吸频率以及两次验血的结果。在低风险组中,每一百名患者中就有一人死亡;在中等风险组中,每100名患者中有10名死亡,在高风险组中,每100名患者中有31名死亡,在极高风险组中,则每100名患者中62名死亡。
  • 《EUvsVirus:开放研究知识图谱中的Covid-19生物测定法》

    • 来源专题:图书情报
    • 编译者:xuxue
    • 发布时间:2020-06-16
    • 2020年4月24日至26日,为期两天的EUvsVirus泛欧黑客大会旨在草拟出对抗COVID-19的解决方案。共计两万多人在本次黑客大会中组成了不同团队,在大会的37项挑战中提交了2000多个项目。37项挑战分为6大类:健康与生活、业务持续性、社会与政治凝聚力、远程工作与教育、数字金融等。“健康与生活”是最受欢迎的挑战类别,有超过800个团队参与挑战。 TiB-Leibniz信息中心的团队“TIB ORKG”也挑战了“健康与生活”这个类别,团队由6人构成,分别是三位博士和博士后级别的生物化学和神经科学领域专家、一位软件开发专家,以及两位博士和博士后级别的人工智能和自然语言处理专家。在48小时的黑客挑战赛中,团队间无缝协作地完成了任务:一名成员在ORKG(Open Research Knowledge Graph)中策划了六次金标生物测定法,这对我们的团队提交工作是一个巨大的贡献;两名成员构建了机器学习模型;另一名成员验证了一部分自动注释的数据;软件开发人员开发了一个突出ORKG贡献的用户界面;另一名成员负责营销任务。 我们的黑客挑战提案是:“开放研究知识图谱中的COVID-19生物测定法”。我们的目标是:“允许科学家使用带注释的生物测定轻松搜索相似的测定,并基于相似的特征从数据库中搜索各种语义结构的生物测定。”