《中国科研团队揭示水稻病毒通过液-液相分离形成病毒蛋白-OsTSN1液滴增强核酸酶活性,协同抑制自噬与茉莉酸信号通路介导的抗病毒免疫反应》

  • 编译者: AI智能小编
  • 发布时间:2025-08-22
  • 水稻是全球半数以上人口的主食,但南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)等病毒严重威胁其生长和粮食安全。2023年8月12日,植保所周雪平教授联合浙江大学吴建祥教授团队和华南农业大学张彤教授在《Nature Communications》上发表了一篇题为“Viral proteins suppress rice defenses by boosting OsTSN1RNA decay via phase separation and multimerization”的研究论文。该研究发现,SRBSDV编码的P6蛋白通过与寄主因子OsTSN1互作,形成液-液相分离(LLPS)的P6-OsTSN1液滴,促进OsTSN1多聚化,增强其核酸酶活性和RNA降解功能,从而抑制自噬和茉莉酸信号相关的抗病毒免疫反应。 研究进一步表明,OsTSN1过表达的水稻对SRBSDV的易感性增强,而OsTSN1敲除突变体则表现出显著的抗性。此外,OsTSN1能降解单链RNA,其活性与其多聚化程度正相关。P6蛋白通过与OsTSN1互作,促进其多聚化,从而显著增强OsTSN1的核酸酶活性。研究还发现,OsTSN1特异性识别并结合含有GAGGAG基序的mRNA,P6-OsTSN1液滴显著富集并靶向降解OsNAC15和OsLHY转录因子的mRNA,进而抑制自噬基因OsATG8C的转录,但增强茉莉酸信号通路基因OsJAZ6/12的转录。 此外,水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)和水稻条纹病毒(RSV)编码的P6和NS3蛋白也具有LLPS特性,能与OsTSN1互作,形成定位于应激颗粒(SGs)内的RBSDV P6-OsTSN1液滴和RSV NS3-OsTSN1液滴,增强OsTSN1的核酸酶活性和RNA降解功能。研究结果显示,OsTSN1过表达水稻对RBSDV和RSV的易感性增强,而OsTSN1敲除突变体则表现出显著抗性。 总之,不同水稻病毒(如SRBSDV、RBSDV和RSV)均通过LLPS形成病毒蛋白-OsTSN1液滴,增强OsTSN1的核酸酶活性,降解关键转录因子的mRNA,抑制自噬和茉莉酸相关的免疫途径,从而促进病毒感染。这一研究为水稻病毒病的抗病育种提供了新的理论依据。该研究的共同第一作者为浙江大学已毕业博士研究生曾铭和出站博士后傅帅,共同通讯作者为浙江大学吴建祥教授、中国农业科学院植保所周雪平教授和华南农业大学植物保护学院张彤教授。研究得到了国家重点研究发展计划、国家自然科学基金和现代农业产业技术体系建设专项资金等项目的资助。
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  • 《中国科学家揭示冠状病毒核酸内切酶nsp15调控宿主蛋白翻译的新机制》

    • 编译者:李周晶
    • 发布时间:2025-08-22
    • 中国农业科学院上海兽医研究所家禽病毒病监测预警和防控团队首次系统阐明了冠状病毒核酸内切酶nsp15调控宿主蛋白翻译系统的分子机制,为深入理解冠状病毒劫持宿主细胞翻译机器提供了全新视角。相关研究成果发表在国际病原学权威期刊《PLOS Pathogens》上。 Nsp15作为冠状病毒特有的保守蛋白,具有核糖核酸内切酶(EndoU)活性。既往研究表明,该蛋白可通过剪切病毒复制产生的负链RNA,减少病毒双链RNA(dsRNA)积累,在病毒复制转录和免疫逃逸中发挥关键作用。团队前期研究发现,nsp15能通过降解病毒dsRNA,抑制PKR-eIF2α信号通路激活,进而干扰抗病毒应激颗粒形成(PLOS Pathogens, 2021)。然而,nsp15与宿主细胞的互作网络及其功能机制仍有待阐明。 该研究发现来自四个冠状病毒属的nsp15均能显著抑制宿主蛋白合成,并诱导多聚腺苷酸结合蛋白PABPC1发生核滞留,且这一过程严格依赖其EndoU酶活性。Nsp15特异性结合病毒RNA、237种宿主RNA、809个宿主蛋白,其中宿主RNA编码的蛋白以及809个互作蛋白显著富集于核糖体生物发生、RNA加工和翻译调控等通路。这些发现揭示了nsp15靶向宿主RNA和蛋白,干扰宿主蛋白翻译过程。 以传染性支气管炎病毒(IBV)为模型,进一步解析nsp15在感染过程中的动态调控机制,发现野生型IBV凭借功能性nsp15有效控制病毒dsRNA积累,以不依赖PKR-eIF2α通路的方式抑制宿主蛋白翻译,同时维持PABPC1的胞质定位;EndoU活性缺陷突变株rIBV-nsp15-H238A则导致病毒dsRNA异常积累,激活PKR-eIF2α通路介导的翻译关闭,并引发PABPC1核转位,不利于病毒蛋白翻译;在PKR-eIF2α通路缺失条件下,野生型IBV仍保持翻译抑制能力,而突变株的抑制作用显著减弱。以上结果证实nsp15具有独立于PKR-eIF2α通路的翻译调控功能,且通过减少dsRNA的积累,帮助病毒规避了不利于其复制的PKR-eIF2α通路。 该研究创新性地揭示了nsp15在冠状病毒感染中的双重调控机制:一方面通过调控病毒dsRNA水平,避免激活对病毒蛋白翻译有害的PKR-eIF2α通路;另一方面通过靶向宿主RNA和蛋白质网络,特异性抑制宿主蛋白翻译系统。这些发现不仅阐明了nsp15介导的宿主翻译关闭这一保守机制,更为理解冠状病毒高效利用宿主资源的分子基础提供了重要理论依据。
  • 《生物物理所揭示RADAR超分子机器执行RNA脱氨和抗病毒免疫的机制》

    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:季雪婧
    •     宿主细胞依赖多种免疫应答机制来对抗病毒感染。其中,针对核酸分子的免疫识别和操作是核心的抗病毒免疫策略,广泛存在于从细菌到哺乳动物等几乎所有宿主系统(图1)。相较于哺乳动物细胞稍显复杂的信号转导和调控,细菌往往更为简单高效,其编码的多种抗病毒免疫系统可直接对核酸分子进行切割或修饰(图1)。这种特点使得细菌免疫系统被广泛用于多种生物学工具的开发(如R-M和CRISPR-Cas等),促进整个生命医学领域的发展。   近期,Feng Zhang和Eugene Koonin团队鉴定出拥有全新核酸修饰活性的细菌免疫系统——RADAR(phage restriction by an adenosine deaminase acting on RNA)。RADAR是目前已知唯一可通过催化RNA的A-to-I(adenosine-to-inosine)脱氨来执行抗病毒功能的细菌防御系统,包含两种核心组分即RdrA(ATPase酶活性)和RdrB(腺苷脱氨酶活性),且这两种酶活性对于RADAR执行功能都是必须的。病毒感染后,RADAR被激活并广泛催化宿主及病毒的转录组RNA脱氨,造成被感染细胞的死亡,进而阻断病毒传播。RADAR在抗病毒免疫和RNA修饰方面展现出多种新颖特点,且有潜力被开发为新型的生物学工具,因此受到领域内的广泛关注。当前,关于RADAR的研究仅是冰山一角,还有较多核心科学问题亟待回答。   2月9日,中国科学院生物物理研究所研究员高璞团队在《细胞》(Cell)上,在线发表了题为Molecular basis of RADAR anti-phage supramolecular assemblies的研究论文。该研究发现了RADAR不同组分间的互作关系,揭示了其通过形成新型超分子复合体来实现RNA装载、运输和脱氨修饰的精妙偶联机制,拓展了科学家对细菌-病毒博弈复杂性的认知,并为开发基于RADAR的多种生物学工具提供了思路。   此前已知能催化RNA A-to-I脱氨的酶只有ADAR和ADAT两类,从进化上均属CDA超家族。而RADAR中的脱氨酶组分RdrB,在进化上却属于差别巨大的ADA超家族。RdrB的大小近3倍于经典ADA成员,除催化结构域外还存在多个作用未知的插入区域。为更好地剖析RdrB的功能,研究人员解析了RdrB的高分辨率冷冻电镜结构,发现了12个RdrB按照特定方式组装成一个闭合的笼状结构(~1.1 MDa)。该笼状结构拥有典型的正六面体排列,这在ADA和CDA超家族中均未被报道。这种精巧的组装依赖于催化结构域和多个插入区域的协同作用。进一步的功能实验表明,RdrB亚基间的互作对抗病毒功能至关重要。所有RdrB的催化口袋都朝向笼子的外侧,暗示其随时准备识别和催化临近的底物。   研究通过结构分析和生化验证发现,RdrB并不能有效结合含Stem-Loop元件的底物RNA。那么,对RADAR功能同样关键的另一个组分RdrA,是否会协助RdrB对RNA的修饰?科研人员解析了RdrA的结构发现,RdrA同时组装成单层的7聚体环(~0.75 MDa)和由两个7聚体环叠合而成的双层14聚体环(~1.5 MDa)。每个7聚体环都呈现为顶部结构稳定、而底部结构动态多变的特点,提示这两个区域潜在的不同功能。更重要的是,RdrA环中心形成了一个独特的通道,其直径和表面电荷均符合底物RNA的特点,提示该通道可能用于底物运输。后续生化实验表明,RdrA环与Stem-Loop RNA存在特异性结合,且RNA的存在可显著促进RdrA的ATPase酶活性。接下来,研究人员解析了RdrA与Stem-Loop RNA复合物的结构,捕捉到RNA装载到RdrA环的动态底部的构象。同时,研究发现RNA的装载与ATP的结合存在联动关系,提示RdrA可通过控制ATP水解来发挥其底物的装载和运输功能。   基于上述工作,科研人员基本确定了RdrA负责底物装载和运输,而RdrB负责底物脱氨的功能分工,但不清楚两者如何实现酶活偶联。研究人员通过生化实验确定了RdrA和RdrB之间存在直接互作,并进一步通过结构解析阐明了两者互作的分子细节。RdrA的7聚体环通过其结构稳定的顶部与RdrB笼进行对接,且RdrA环的底物运输通道恰好与RdrB的活性中心对齐,从而实现了底物装载、运输和修饰的巧妙偶联。结构分析还表明,1-12个RdrA 7聚体环可以通过动态的方式与RdrB笼对接。完整组装的RADAR复合体包含96个蛋白亚基,颗粒直径40 nm,仅蛋白部分的分子量达10.1 MDa。   除了RNA类底物,研究还发现RdrB及RdrA-RdrB复合物也可以催化多种小分子代谢类底物(ATP/dATP/ADP/dADP/AMP/dAMP/ adenosine)的脱氨反应。近期有工作表明,细胞内的小分子类inosine大量聚集,也会对细胞产生毒性并使其生长停滞。因此,RADAR对RNA类底物和小分子类底物的脱氨修饰,可能共同推动了其有效的抗病毒功能。   综上,该研究报道了RADAR系统复杂且新颖的超分子复合体组装细节,发现了RADAR实现底物装载、运输及修饰的多酶偶联机制,并为开发基于RADAR的base-editing工具、纳米颗粒载体和新型抗菌疗法等奠定了基础。