《Nat Chem Bio | 上海药物所揭示过敏毒素识别补体受体系统的分子模式和选择性机理》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2023-05-12
  •   补体是先天免疫系统的重要组成部分,对于防御微生物感染以及清除免疫复合物和受损细胞至关重要。补体激活过程除了产生攻膜复合物MAC(membrane-attack complex)杀灭病原菌发挥免疫防御之外,同时也产生多种活性物质发挥免疫调节功能,包括被称为过敏毒素的系列碱性肽,例如C3a和C5a。在功能上,过敏毒素既发挥固有免疫防御活性,又同时参与调控获得性免疫中T细胞活性等。
      C3a和C5a是重要的炎症介质,两者虽然在氨基酸序列和结构上相似,但却分别特异性结合并激活细胞膜上不同的G蛋白偶联受体(G-protein coupled receptor, GPCR),C3aR和C5aR(C5aR1/ C5aR2)发挥生理功能。C3aR,C5aR1和C5aR2三种补体受体均属于Class A类GPCR,构成GPCR超家族中的补体受体亚家族。C5aR1(CD88)和C5aR2(C5L2或GPR77)为C5aR的两种亚型,二者均可被C5a以高亲和力结合并激活。C3aR和C5aR广泛分布在中性粒细胞和肥大细胞等免疫细胞中,其中,C3aR 与C5aR1 是典型的GPCR,被过敏毒素激活后通过活化G蛋白Gi/o介导下游信号通路,或者介导非G蛋白依赖的β-arrestin信号传导。作为趋化类GPCR,C5aR1与甲酰肽受体(FPRs)、趋化因子受体、白三烯B4受体(BLTRs)和前列腺素D2受体2 (CRTH2)等GPCR在进化上高度同源,共同构成一个Gi偶联的趋化因子受体亚家族,在固有免疫防御以及炎症发生和消除过程中发挥重要作用。与C3aR和C5aR1不同的是,C5aR2并不表现Gi蛋白偶联和信号活性,对β-arrestin信号存在天然的偏向性。
      C3a轴和C5a轴信号传导构成补体系统免疫的重要组成部分,在炎症反应发生发展过程中扮演重要角色。过去近二十年的研究发现,补体系统的过度激活以及C3a轴和C5a轴信号通路异常与多种严重的急性或慢性炎症疾病的发生发展密切相关,包括败血症、类风湿性关节炎、哮喘和新冠病毒SARS-CoV-2引起的急性呼吸衰竭等。靶向调节C3a-C3aR和C5a-C5aR相互作用进而干预炎症反应的发生与进程展现出对这些疾病的巨大治疗潜力,同时也是科学研究和治疗炎症相关疾病药物开发的热点。2021年,FDA批准了首个靶向C5aR1的选择性抑制剂Avacopan用于抗中性粒细胞胞质自身抗体相关性血管炎。然而,过敏毒素C3a和C5a如何结合并激活其特异性受体介导信号传递的机制长期处于未知状态,严重制约了相关靶向药物发现进程。
      2023年5月11日,中国科学院上海药物研究所徐华强研究员、庄友文副研究员在Nature Chemical Biology发表了最新的研究成果“Revealing the signaling of complement receptors C3aR and C5aR1 by anaphylatoxins”。本研究首先利用冷冻电镜技术方法获得了C3a结合C3aR,无配体结合的C3aR和C5a结合C5aR1分别偶联下游Gi蛋白异源三聚体的高分辨率复合体结构,结合大量突变研究结果,该团队解释了过敏毒素识别补体受体的独特作用机制,由配体结合口袋的拓扑特征介导的选择性机制,以及与趋化因子受体不同的作用模式等科学问题。
      C3a 和C5a分别由77和74个氨基酸构成,且含三对分子内二硫键,该研究团队首先尝试了多种外源表达策略和优化手段,实现了具备高生物活性的重组过敏毒素蛋白分子的异源高表达和有效纯化。C3aR的第二个胞外环ECL2具有172个氨基酸,C3aR和C5aR1分别含有多个酪氨酸磺酸化翻译后修饰,这些结构特征赋予了该受体家族难表达、不稳定的特性。该研究团队前期经过大量摸索,包括标签筛选、组装方式、去垢剂优化等技术手段,最终克服了过敏毒素-补体受体复合物不稳定和冷冻电镜样品难进孔等技术难题,获得了分辨率为2.9-3.2埃的电镜结构。
      研究发现,C3a 和C5a均以羧基端(C端)插入正构结合口袋的方式识别补体受体,这与趋化因子和甲酰肽等其他多肽趋化类炎症介质以氨基端(N端)插入的方式识别受体的模式不同(甲酰肽受体FPRs能模式化识别含甲酰化甲硫氨酸标记的甲酰肽,参与固有免疫防御和活性调节。研究团队前期报道了甲酰肽受体FPR1和FPR2在甲酰肽和其他多肽炎症分子等激活下的系列结构,揭示了FPRs识别甲酰肽等的保守分子模式和潜在的激活机理等1,2)。结构表明,C3a和C5a的C末端loop区均以“Hook”构象将之锚定到受体的正性结合口袋,并且构成与受体互作的主要界面。该团队通过结构分析,将C3a和C3aR的结合分为两个部分,分别为正性结合口袋和胞外结合域,即“两位点模型”。然而,C5a在此基础上多了与C5aR1的N末端的相互作用,即“三位点模型”,更类似于趋化因子与趋化因子受体的识别模式。C5a与C5aR1的N末端的直接相互作用促使了整个C5a的α螺旋核心区域相对于C3a在C3aR的结合模式偏转了约84°。相比之下,C5a在C5aR1的结合口袋大小比C3a在C3aR中的高出了447 埃3。
      C3a和C5a的C端序列,尤其是C末端的精氨酸,对于两者激活各自受体至关重要3,4。该研究结合大量受体和配体的突变功能实验结果,发现C3a 和C5a的C末端精氨酸的侧链插入到补体受体TM6/7附近保守的带负电结合口袋,与受体的D7.35形成静电作用,并与Y6.51形成阳离子-π相互作用,这对补体受体的识别和激活至关重要。通过C3a和C5a的C末端氨基酸互换,发现C3a的C末端对完全激活C3aR具有不可替代性,而C5a的C末端替换为C3a相应的氨基酸(长度为5个氨基酸),依然可以完全激活C5aR1,将替换长度增加为10个氨基酸,则减弱1000倍的亲和力,揭示了C5aR1的胞外端对识别C5a极为关键。这些结果共同阐述了过敏毒素C3a 和C5a保守的分子识别模式,以及各自的受体选择性拓扑结构决定因素,为靶向补体受体C3aR和C5aR1的药物研发提供了结构和功能基础,同时,完善并深化了科学家对补体系统信号传导分子机制的认识。
      本项研究中的冷冻电镜数据由中国科学院上海高峰电镜中心收集。上海药物所2018级博士生王悦、2019级硕士毕业生刘卫一为该论文的共同第一作者,庄友文副研究员和徐华强研究员为共同通讯作者,中国科学院上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项、上海市市级科技重大专项、中国科学院特别助理研究项目、上海市自然科学基金面上项目、上海市启明星项目扬帆专项和中国科学院青促会等基金的资助。
    全文链接:https://www.nature.com/articles/s41589-023-01339-w

    参考文献:
    1.Zhuang, Y. et al. Structure of formylpeptide receptor 2-Gi complex reveals insights into ligand recognition and signaling. Nature communications 11, 885, doi:10.1038/s41467-020-14728-9 (2020).
    2.Zhuang, Y. et al. Molecular recognition of formylpeptides and diverse agonists by the formylpeptide receptors FPR1 and FPR2. Nature communications 13, 1054, doi:10.1038/s41467-022-28586-0 (2022).
    3.Wilken, H.-C., Gotze, O., Werfel, T. & Zwirner, J. C3a (desArg) does not bind to and signal through the human C3a receptor. Immunology letters 67, 141-145 (1999).
    4.Cain, S. A. & Monk, P. N. The orphan receptor C5L2 has high affinity binding sites for complement fragments C5a and C5a des-Arg(74). The Journal of biological chemistry 277, 7165-7169, doi:10.1074/jbc.C100714200 (2002).

  • 原文来源:http://www.simm.ac.cn/web/xwzx/kydt/202305/t20230512_6753316.html
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    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-03-09
    •   内皮素(Endothelin,ET)是一类由21个氨基酸组成的内源性多肽激素,包括ET-1,-2和-3三种亚型,由氨基段、羧基端和中部的α螺旋区组成(图1a)。ET-1是已知最强且作用最为持久的血管收缩肽之一。ETs通过作用于内皮素受体(ETRs)调节人体多种重要的生理和病理过程。ETRs由ETAR和ETBR两种亚型组成,属于典型的A类G蛋白偶联受体。在被ET-1激活后,ETAR和ETBR呈现相反的血管调节作用:ETAR激活导致长时间的血管收缩效应,而ETBR则介导血管扩张。内皮素系统对于维持血管稳态中发挥着重要作用,与多种器官系统的血管疾病密切相关,是治疗心血管系统疾病的重要靶标之一。   ETs对两种ETRs亚型表现出不同的亲和力,其中ETAR对ET-1和ET-2表现出相当级别的亲和力(亚纳摩尔),但对ET-3的亲和力弱100倍,而三种ETs对ETBR 的亲和力相同。IRL1620是一种ETs多肽类似物,但其序列不含ETs的氨基段,可以高选择性地激活ETBR(图1b),目前在临床研究中被应用于缺血性脑卒中、癌症的辅助治疗等。目前尚无针对ETAR亚型的结构研究,因此多肽识别ETAR的机制,以及两种ETRs亚型对不同内源多肽和多肽类药物的精确选择性机制尚不明确,这也是内皮素及其受体研究领域的重要科学问题之一。   2023年3月7日,中国科学院上海药物研究所徐华强团队联合临港实验室蒋轶研究员、中国科学院上海药物研究所/中山药物创新研究院段佳研究员共同在Nature Communications发表了最新的研究成果“Structural basis of peptide recognition and activation of endothelin receptors”。本研究利用冷冻电镜技术解析了内源性配体ET-1结合于ETAR/ETBR-Gq复合物的结构,选择性激动剂IRL1620结合于ETBR-Gi复合物的结构,分辨率分别为3.0埃,3.5埃和3.0埃(图1c-e)。   该研究展示了ETRs激活的构象特征,表明ETRs对ET-1/-2/-3保守的识别机制。ETs的羧基末端插入ETRs的配体结合口袋对ET-1所诱导的ETRs激活至关重要。ETs的羧基末位残基W21与“Toggle switch”残基W6.48的直接相互作用触发了家族性ETRs的激活。科研人员进一步从结构的视角对ETRs的配体选择性进行了阐述,提出两种受体亚型在结合口袋大小和受体胞外表面的静电电势的差异决定了配体对ETRs多肽的识别选择性。该研究成果在分子层面上揭示了ETRs与配体相互作用的机制,加深了对ETRs的激活以及对配体的选择性的理解,为设计靶向特定ETRs亚型的药物奠定了结构基础。   本研究中的冷冻电镜数据由上海药物所高峰电镜中心收集。上海药物研究所硕士研究生纪语婕、段佳研究员、袁青宁为该论文的共同第一作者。徐华强研究员、蒋轶研究员、段佳研究员为共同通讯作者。该项工作获得了国家自然科学基金委、科技部重点研发计划、上海市科技重大专项等项目的资助。   全文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-36998-9
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    • 发布时间:2022-04-20
    •  2022年4月19日,中国科学院上海药物研究所蒋轶/徐华强团队在Nature Communications上发表了题为“Structural insights into the peptide selectivity and activation of human neuromedin U receptors”的研究成果。该成果首次报道了两类神经调节肽U受体亚型(Neuromedin U receptor 1/2, NMUR1/2)分别结合内源多肽激素——神经调节肽U(Neuromedin U, NMU)和神经调节肽S(Neuromedin S, NMS),以及Gq蛋白信号复合体的四个近原子分辨率结构,揭示了该家族成员独特的配体识别选择性和受体激活的分子机制。   NMU和NMS是人体内源神经调节肽家族的重要成员,两者羧基末端氨基酸组成和末端酰胺化修饰(FLFRPRN-NH2)高度保守。两类神经调节肽通过激活人体中枢和外周组织的NMUR1和NMUR2,发挥多样而复杂的生理功能。例如,NMU是参与人体胃肠道免疫调节的重要角色,已有大量研究证实了它与炎症发生以及先天淋巴细胞的活性调控息息相关;NMS作为在大脑的视叉上核高度表达的神经肽,它主要参与调控“时钟”基因的表达,维持正常的生物节律;NMU和NMS在激活NMURs后通过调节中枢神经系统和外周胃肠道运动两条途径来实现对能量平衡的调节,目前已有大量的临床前研究验证了它们对于肥胖症的卓越治疗效果,并伴随着更少的副作用。因此,NMURs已然成为当前治疗肥胖、生物节律紊乱和免疫炎症等重要疾病的热门靶标之一。由于两类NMURs呈现明显差异的组织分布(NMUR1主要分布于外周组织,而NMUR2主要分布于中枢神经系统),靶向NMUR2在调控机体能量平衡的同时,往往具有更低的腹泻等外周毒副作用,因此选择性靶向NMUR2亚型已成为当前抗肥胖症治疗药物研发的重要策略。然而,由于目前缺乏NMURs与内源性多肽配体激活态复合物的高精度结构,配体特有的识别和受体亚型选择性,以及受体激活的分子机制仍未解决,这也为开发靶向NMURs的选择性药物带来了巨大挑战。   研究团队利用单颗粒冷冻电镜的手段,解析了NMUR1和NMUR2两类受体分别结合NMU和NMS,以及下游Gq蛋白的4个复合物结构,分辨率为2.8-3.2埃(图1a);证实了多肽配体羧基末端P5P-R6P-N7P-NH2序列与NMURs作用模式的高度保守性,以及该序列在受体激活中的决定性作用;从结构角度证实了多肽配体保守序列中的三个关键氨基酸(L2P-F3P-R4P)与两种NMURs亚型的互作环境存在显著差异性,并结合分子对接模拟和多肽设计改造的相关报道,提出了该互作环境的差异决定配体选择性的新理论,为设计NMURs选择性激动剂奠定了重要的理论基础(图1b-d);阐明了受体的E3.33和R6.5形成的保守盐桥对稳定受体的关键作用,解释了多肽诱导受体R6.55向受体螺旋核心摆动,引发下游疏水网络的重排的受体激活新机制,并丰富了人们对GPCR偶联Gq/11蛋白机制多样性的理解。   研究团队于2020年创新性地利用NanoBiT tethering的方法稳定GPCR-G蛋白复合物,并解析了一类神经肽——血管活性肠肽与其受体VIP1R复合物的结构(Nat. Commun. 2020)。该NanoBiT tethering的方法目前已被用于解析超过40个GPCR复合物的结构。研究团队进而对包括血管加压素V2受体(Cell Res. 2021)、胃饥饿素受体(Nat. Commun. 2021)、缓激肽受体B1R和B2R(Nat. Struct. Mol. Biol. 2021)、胆囊收缩素受体1(Nat. Chem. Biol. 2021)、甘丙肽受体GAL1R和GAL2R(Nat. Commun. 2022),以及促甲状腺激素释放激素受体(Cell Res. 2022)等重要神经肽GPCR开展了系统的结构与功能研究。本工作进一步加深了人们对神经肽GPCR的配体调控等机制的理解。   本研究中的冷冻电镜数据在上海药物所冷冻电镜平台收集。上海药物所2019级博士生游宠昭、上海科技大学与上海药物研究所联合培养博士生章雨牧、上海药物所研究助理徐沛雨为该论文的共同第一作者。蒋轶研究员和徐华强研究员为共同通讯作者,上海药物所为第一完成单位。该工作获得了包括国家自然科学基金委、科技部重大专项,以及上海市市级科技重大专项等资金的资助。 原文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-022-29683-w