《Nature | 通过遗传学和疾病关联进行大规模血浆蛋白质组学比较》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2023-10-08
  • 2023年10月4日,安进子公司deCODE Genetics在Nature上发表了题为Large-scale plasma proteomics comparisons through genetics and disease associations的文章。高通量蛋白质组学平台测量血浆中数千种蛋白质,结合基因组和表型信息,有能力弥合基因组和疾病之间的差距。该研究对英国生物银行制药蛋白质组学项目生成的Olink Explore 3072数据进行了关联研究,这些数据来自5万多名英国生物银行参与者的血浆样本,具有表型和基因型数据,按英国或爱尔兰、非洲和南亚血统分层。

    研究人员将结果与SomaScan v4对36000名冰岛人血浆的研究结果进行了比较,其中1514人的Olink数据也可用。研究人员发现两个平台之间存在适度的相关性。虽然在两个平台上检测到的顺式蛋白数量性状位点的绝对数量相似(在Olink上为2101个,而在SomaScan上为2120个),但在Olink平台上具有此类分析性能支持证据的分析比例更高(72%对43%)。相当多的蛋白质具有不同平台之间的基因组关联。该研究提供了一些例子,说明平台之间的差异可能会影响从蛋白质水平与疾病研究的整合中得出的结论。研究人员展示了如何利用英国生物银行参与者的不同血统来帮助检测新的关联和完善基因组定位。该研究结果显示了两种最常用的高通量蛋白质组学平台提供的信息的价值,并展示了它们之间的差异,这些差异有时提供了有用的互补性。



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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-10-08
    • 2023年10月4日,美国剑桥大学的研究人员等在Nature上发表了题为Plasma proteomic associations with genetics and health in the UK Biobank的文章。制药蛋白质组学项目是一个竞争前的生物制药联盟,对54,219名英国生物银行参与者的血浆蛋白质组学特征进行了分析。该研究提供了该计划的详细总结,包括技术和生物学验证,对蛋白质组疾病特征的见解,以及各种人口和健康指标的预测模型。 该研究展示了2,923种蛋白质的综合蛋白质数量性状位点(pQTL)定位,确定了14,287种主要遗传关联,其中81%以前未被描述,以及非欧洲个体的祖先特异性pQTL定位。该研究提供了血浆蛋白质组遗传结构的最新特征,并结合了随着样本量和蛋白质组学分析覆盖率随时间增加而预测的pQTL发现率。研究人员对跨多个生物域的反式pqtl提供了广泛的见解,强调了在多种细胞因子和补体网络中对配体-受体相互作用和途径扰动的遗传影响,并说明了ABO血型和FUT2分泌状态对胃肠道组织富集表达的蛋白质的远程上位性影响。该研究通过将蛋白质靶点(如PCSK9)的遗传代理效应扩展到其他端点,并解开与COVID-19易感性相关的位点上受干扰的特定基因和蛋白质,证明了这些数据在药物发现中的实用性。这种公私合作伙伴关系为科学界提供了一个相当广泛和深入的开放获取的蛋白质组学资源,以帮助阐明蛋白质基因组学发现的生物学机制,并加速生物标志物、预测模型和治疗方法的发展。 本文内容转载自“ CNS推送BioMed”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/lHh011wh7XclQqUOKHFsAw
  • 《述评 | Olink Explore里程碑研究开启大规模人群蛋白质组学新时代》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-12-04
    • Olink于10月5日宣布在著名科学杂志 Nature《自然》上发布了三篇文章,展示了Olink Explore平台在推动大规模人群蛋白质组学研究方面的强大能力。这三篇发表于Nature杂志的重量级研究均使用了由英国生物库药物蛋白质组学项目(UK Biobank Pharma Proteomics Project, UKB-PPP)产生的数据,其中13家国际生物制药公司通过访问英国生物库生成了新的蛋白质组学数据。研究人员利用Olink Explore平台,在超过54,000名英国生物库参与者样本中测量了约3,000种蛋白标志物。并在此史无前例的大规模人群队列研究上结合基因组和蛋白质组分析,获得了大量关于基因对影响蛋白质表达和表型结果的新信息。这些发现展示了蛋白质组学在阐明生物机制、发现可操作的新生物标志物以及加速药物开发工作方面的巨大价值。 第一篇来自UKB-PPP联盟的Benjamin B. Sun博士等人的最新旗舰论文提供了首批详细数据总结,同时匹配下游基于GWAS的蛋白质组学分析、蛋白质定量性状位点(pQTL)映射、横断面疾病关联以及人口因素和生理功能的蛋白质组预测等数据。文中报道发现了14,000多个蛋白质表达水平相关的遗传关联,且其中81%为最新发现。该篇具有里程碑意义的论文中的新发现,清楚地表明了高通量蛋白质测量对于识别重要生物途径及其对健康影响的重要性。 UKB 首席科学家 Naomi Allen 教授 这个重大研究为生物医学界提供了全新的研究途径,是对于如何通过跨部门合作带来远超其各自部分总和结果的一个典范。所有这些蛋白组学数据,连同英国生物库中50万名志愿者的现有基因组、生活方式和健康数据一起,将很快向全球真正的研究人员开放。我对研究人员利用这些数据,来识别可能改变我们对疾病发展方式的理解,以及发现潜在新型治疗途径感到兴奋。 第二篇由Ryan S Dhindsa博士等人联合发表的论文,主要由来自国际制药公司阿斯利康联盟的成员撰写,文中使用了上述首篇旗舰论文中数据集,研究了罕见蛋白质编码变异与蛋白质表达之间的遗传关联。研究结果揭示了罕见变异在血浆蛋白质水平改变和生物结果中的重要作用,进一步凸显了大规模蛋白质组学研究对于实现此类发现的关键需求。 AstraZeneca联盟 Ryan S Dhindsa 博士 文中我们重点介绍了蛋白质编码pQTL图谱如何应对药物发现和临床流程挑战的几个实例。我们预计该资源将为蛋白质调控网络及其抑制可能增加靶蛋白水平上游转录调控基因提供新见解,并为药物安全评估和药物再定位提供新契机。 第三篇由G. H. Eldjarn博士等人撰写的文章中将冰岛大规模人群队列研究数据结果做了两种技术对比,包括Olink蛋白组学平台和另一种基于适配体的技术。尽管两种平台都识别了大量与蛋白水平相关的遗传关联,但基于Olink蛋白组学平台数据结果显示,其与顺式pQTL相关性具有显著更高比例72%(与基于适配体技术的43%相比),这为Olink平台具有更高特异性提供了强有力的遗传证明。此外,Olink平台数据的中位数变异系数(median CV ratio)更低,表明其平均值更精确。 Olink 首席执行官 Jon Heimer Olink非常自豪地成为UKB-PPP倡议的蛋白质组学技术平台的独家选择,我们也很高兴看到来自该出色合作团队的首次发表成果。这些里程碑式的发表文章强有力地证明了下一代蛋白质组学如何揭示传统基因组学无法看到的关键生物学洞察。我们正在见证一个新的多组学时代,它将使我们对实时人类生物学的理解达到前所未有的高度,并推动21世纪医疗健康和药物开发的新征程。 本文内容转载自“Olink Proteomics”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/sjSaSMII3_Tn1AmqJAcfUw