《科学家开发新型纳米颗粒 可更高效递送CRISPR基因编辑工具》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2019-07-29
  • 在一项新的研究中,来自中国科学院和美国塔夫茨大学的研究人员开发出一种在肝脏中显著改善的递送CRISPR/Cas9基因编辑工具的方法。这种递送方法使用生物可降解的合成脂质纳米颗粒,将这些基因编辑工具递送到细胞中,精确地改变细胞的遗传密码,效率高达90%。根据这些研究人员的说法,这些纳米颗粒是迄今为止报道的最有效的CRISPR/Cas9递送工具之一,并且可能有助于克服技术障碍,使得基因编辑在一系列临床治疗应用中得以实现。相关研究结果近期发表在Advanced Materials期刊上,论文标题为“Fast and Efficient CRISPR/Cas9 Genome Editing In Vivo Enabled by Bioreducible Lipid and Messenger RNA Nanoparticles”。

    CRISPR/Cas9基因编辑系统已成为一种发现数百种基因功能的强大研究工具,而且当前正在作为一种治疗各种疾病的治疗性工具加以探索。然而,在临床应用具有可行性之前,仍然存在一些技术障碍。CRISPR/Cas9是一种大分子复合物,含有一种能够切割靶基因组序列双链的核酸酶(Cas9),以及一种对基因组进行扫描来协助这种核酸酶找到待编辑的特定序列的单向导RNA(sgRNA)。鉴于它是一种大的分子复合物,很难将CRISPR/Cas9直接递送到细胞核中,只有在细胞核中,它才能发挥它的作用。其他人已将这些基因编辑分子包装到病毒、聚合物和不同类型的纳米颗粒中以让它们进入细胞核中,但是较低的转移效率限制了它们在临床应用中的使用和效力。

    这项研究中描述的脂质纳米颗粒包埋编码Cas9的信使RNA(mRNA)。一旦这些包含sgRNA的纳米颗粒的内含物释放到细胞中,细胞中的蛋白制造工厂接管这种mRNA模板,并利用这种模板表达Cas9蛋白,从而实现这种基因编辑工具的作用。这些纳米颗粒的一种独特特征在于它们是由脂肪链中含有二硫键的合成脂质制成。当这些纳米颗粒进入细胞中时,细胞中的环境破坏了二硫键而将它们拆解开,从而导致它们中的内含物快速高效地释放到细胞中。

    论文共同通讯作者、塔夫茨大学生物医学工程副教授Qiaobing Xu说道,“我们才刚开始观察到CRISPR疗法在人体临床试验中的使用。这些疾病包括镰状细胞病、杜氏肌营养不良症、亨廷顿病,甚至许多癌症。我们希望这一进展将使我们朝着让CRISPR成为一种有效和实用的治疗方法的方向上又迈出了一步。”

    这些研究人员将这种新方法应用于小鼠中,以便减少编码PCSK9的基因的存在,其中PCSK9的缺乏与较低的LDL胆固醇和下降的心血管疾病风险存在关联性。论文共同通讯作者、中国科学院北京分子科学国家实验室的王明(Ming Wang)教授说道,“这些脂质纳米颗粒是我们见过的最有效的CRISPR/Cas9载体之一。我们实际上能够在小鼠中以80%的效率抑制PCSK9表达,这表明它有前景用于治疗应用上。”

  • 原文来源:http://https//doi.org/10.1002/adma.201902575
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    • 近日,刊登在国际著名杂志Nature Biotechnology上的一篇研究报告中,来自MIT的科学家开发出了一种新型纳米颗粒,这种纳米颗粒能够运输CRISPR基因编辑系统,并对小鼠机体的基因进行特异性修饰;因此研究人员就能够利用纳米颗粒来携带CRISPR组分,从而就消除了使用病毒的需要。 利用这种新型的运输技术,研究者就能对大约80%的肝脏细胞进行特定基因的切割,这或许就能达到目前在成体动物中应用CRISPR技术的最佳成功率。 研究者Daniel Anderson教授说道,让我们非常激动的是,我们制造了这种特殊的纳米颗粒,其能被用来永久特异性地编辑成年动物机体肝细胞中的DNA;本文研究中,研究者所研究的一种名为Pcsk9的基因能调节机体胆固醇的水平,而人类机体中该基因的突变或许和一种名为家族性高胆固醇血症的罕见疾病有关,目前FDA批准的两种抗体药物能够抑制Pcsk9基因的表达,然而这些抗体药物需要在患者后半生中定期服用,而新型的纳米技术或能永久性地对该基因进行编辑,同时就为治疗这种罕见疾病提供了新的治疗思路。 靶向作用疾病 很多科学家都在尝试开发安全有效的方法来运输CRISPR所需的组分,其中包括DNA切割酶Cas9和一个短链RNA,其能够引导酶类进入基因组的特殊位点,指导Cas9来发挥切割作用。 在很多情况下,科学家们依赖于病毒来运输Cas9基因和RNA链,2014年,研究人员Anderson及其同事通过研究开发了一种新型的非病毒运输系统,利用CRISPR技术来有效治疗酪氨酸血症(一种肝脏疾病),然而这种运输技术需要进行高压注射,这就会对患者机体肝脏带来潜在的损伤作用。 后来,研究人员就通过将编码Cas9的信使RNA包裹到纳米颗粒中来替代病毒,从而就实现了不用高压注射也能够运输CRISPR的关键组分,利用这种技术,研究者就能够对大约6%的肝脏细胞进行基因靶向编辑,这就足以治疗酪氨酸血症了。这项研究中,研究人员利用纳米颗粒来运输Cas9和RNA导向链,并不需要病毒,为了能够有效运输RNAs,研究者首先必须对RNA进行化学修饰来保护其免于机体酶类的降解作用。 研究人员分析了Cas9和sgRNA(RNA导向链)形成的复合体的结构,目的在于阐明到底是RNA导向链的哪一部分能被化学修饰,还不干扰两个分子的结合,基于前期分析,研究者就开发并且检测了多种可能性的修饰组合。研究者Yin说道,我们能够利用Cas9和sgRNA复合体来作为一种引导工具,并进行测试来确保我们可以对70%的RNA导向链进行修饰,对其进行修饰并不会影响sgRNA和Cas9的结合,而增强化学修饰同样还会增强其二者结合的活性。 对肝脏进行重编程 随后研究人员将这些修饰后的RNA导向链(增强型的sgRNA)包裹入脂质纳米颗粒,此前研究者利用这种纳米颗粒将其它类型的RNA运输到肝脏中,而本文研究中他们将这些脂质纳米颗粒注射到了携带能编码Cas9的mRNA纳米颗粒的小鼠机体中。研究者重点对调节胆固醇水平的Pcsk9基因进行了研究,在超过80%的肝脏细胞中都能消除这种基因,从而就无法在这些小鼠中检测到Pcsk9蛋白的存在,被治疗的小鼠机体总胆固醇水平也会出现35%的下降。 目前研究人员正在寻找是否能利用该技术治疗其它肝脏疾病;研究者Anderson认为,一种能特异性关闭基因表达的完全合成性的纳米颗粒或许就能作为一种强大的工具,这并不仅仅是针对Pcsk9基因,还包括了其它疾病,肝脏是人体重要的器官,同时其也是很多疾病发生的来源,如果能实现对肝脏细胞中DNA的重编程,研究人员或许就能够有效遏制多种肝脏来源的疾病了;本文研究中,研究人员所开发的纳米技术新应用未来或能为基因编辑研究开辟多种途径。
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    • 2023年9月18日,基因编辑领域先驱张锋教授于《自然》杂志子刊Nature Reviews Drug Discovery联合发表了一篇题为Drug delivery systems for CRISPR-based genome editors的综述文章,详细阐述了目前为CRISPR基因组编辑技术所采用的各类递送策略,其中主要讨论了如腺相关病毒(AAV)和脂质纳米颗粒(LNP)这类已经被广泛研究的递送系统,同时也概述了一些在临床前研究中展现出巨大潜力的新型递送策略。2023年10月16日,药明康德研究团队将为读者解读该综述中的精彩内容。 基于CRISPR的基因编辑技术采用特异性的引导RNA(gRNA)来识别目标DNA序列,而后通过Cas9酶实施切割。一旦DNA被切割,细胞的固有修复机制将被启动,并通过该机制引入基因的特定变化,如突变碱基的修正或不必要序列的删除。基于CRISPR的基因编辑器具有治疗广泛的遗传疾病的潜力,包括遗传性疾病和某些类型的癌症。此外,这项技术可以通过病毒的遗传信息,被用于研发针对HIV和乙型肝炎等传染性疾病的治疗方案。目前,基于CRISPR的基因编辑技术已成为基础研究的重要工具,助力科研人员深入研究特定基因的功能以及其在疾病进程中的角色。 由于基于CRISPR基因编辑技术的疗法涉及将外源性遗传物质注入体内,这有可能诱发免疫应答并引起潜在的毒副作用。因此,靶向性的药物递送系统在确保基因编辑技术达到其目标细胞并安全发挥作用时显得尤为关键。考虑到不同的细胞和组织可能对递送方式有着特定的需求,为基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发一套多样化且可针对具体应用的递送系统是至关重要的。总体而言,高效的药物递送策略是充分发挥基于CRISPR的基因组编辑技术在遗传病等疾病治疗和基础研究中潜力的核心环节。 当前基因编辑系统研发进展 当前,最常见的一类基因组编辑器是CRISPR-Cas9系统,它也是第一个被设计用于人类细胞的基因编辑系统。Cas9酶在与gRNA互补的靶位点切割产生DNA双链断裂(DSB),在人类细胞中,这些DNA双链断裂可以通过非同源末端接合(NHEJ)机制进行修复,这一过程通常会导致基因功能的丧失。早期临床数据表明,NHEJ介导的基因敲除降低了致病蛋白的表达。靶向DSB也可以通过宿主细胞的内源同源修复机制进行修复,从而导致其与外源性模板DNA的整合。 当前,Cas9已经被改造以实现其他基因组操作。例如通过使来自酿脓链球菌的Cas9催化残基发生突变,Cas9可以转化为可编程的DNA结合蛋白,这类突变体Cas9蛋白可以减少靶基因转录,将其与转录抑制因子相融合,可以产生CRISPR干扰系统;同样地,当突变体Cas9蛋白与转录激活因子相融合,可被用于靶向转录激活。 除了CRISPR-Cas9系统,碱基编辑器(base editor)和先导编辑器(prime editor)也是近年来备受瞩目的新型基因编辑系统。不同于CRISPR-Cas9系统,碱基编辑技术不仅可以在不切断双链DNA的情况下,将基因组序列上的碱基转变为其他碱基类型,还可以精准在基因组中插入或切除DNA序列,为更安全和精准地修改基因组提供了强有力的工具。先导编辑技术同样也不会引发双链DNA断裂,它采用“搜索-替换”策略,从而大幅减少编辑位点副产物和脱靶效应。除此之外,这一策略可以在基因组中的几乎任位置进行不同序列编辑,可以纠正所有12种类型的单碱基对点突变,并适用于多种细胞和器官类型。 许多其他的CRISPR系统也被设计用于人类细胞。这些系统包括其他Cas9家族同源物——例如金黄色葡萄球菌Cas9(SaCas9)和脑膜炎奈瑟菌Cas9(NmeCas9)。此外还有其他DNA核酸内切酶(例如Cas12)和RNA核酸内切酶(例如Cas13)——RNA核酸内切酶构成了两个转录组编辑平台REPAIR和RESCUE的基础。这些技术共同构成了解决各种人类疾病的丰富工具。 总体而言,尽管每种基因编辑技术都具有其独特的优势和局限性,但它们都共同面临一个核心挑战:为了充分发挥其治疗潜力,必须确保其在人体内被安全、有效地递送至目标位置。 可用于递送基因编辑器的载体 有几种不同的递送系统可用于将基于CRISPR的药物传递到靶向细胞和组织。其中,目前已步入临床的两种递送系统是AAV和LNP。 1.腺相关病毒AAV是小型、非致病性病毒,可以通过工程设计携带CRISPR基因编辑器并将其递送到靶细胞。AAV具有几个优点,比如,它们能够同时感染分裂和非分裂细胞,并且具有较低的免疫原性,此外它们还能够实现长期的基因表达。目前AAV已被用于治疗遗传病的几项临床试验。 AAV在其反向末端重复序列之间携带转基因,它无法携带长度大于4.7 kb的转基因。研究人员尝试通过改造AAV的表达元件——包括启动子,增强子和多聚腺苷酸化信号序列,通过减少这些元件的大小来增加其潜在载荷,同时将转基因的表达限制在特定的组织或细胞类型。除此之外,研究人员还在尝试分离出可编码具有治疗性能的“微小蛋白”,以减少转基因载荷的大小。这一策略的应用实例是杜氏肌营养不良症(DMD)的基因疗法,通过生成截短但仍具有功能的抗肌萎缩蛋白,为DMD患者恢复抗肌萎缩蛋白功能。基于这一策略,已有数款DMD疗法获批或进入临床试验阶段。 在使用AAV递送CRISPR-Cas9编辑器时,载荷大小是一个重要的考量因素。为适应载荷容量限制,研究人员尝试使用比常规Cas9酶尺寸更小的Cas9蛋白,如SaCas9和Nme2Cas9(一种紧凑的Cas9变体)以减少载荷大小,实现在一个单独的AAV中容纳CRISPR-Cas9系统的所有组件。其他的潜在Cas9酶替代物还有Cas12和Cas13,基于这些酶的基因组编辑器已在动物模型中开展相关研究。 除了上述方法,为绕开4.7 kb的载荷包装限制,另一策略是将有效载荷分割为两个独立的构建体,随后利用两个AAV同时递送至同一细胞。为达成此目标,研究者们已经尝试采用了重叠AAV载体、反式剪接载体,以及分裂内含肽(split inteins)等技术。 2.脂质纳米颗粒LNP是另一种用于递送基于CRISPR的药物的递送系统。这些纳米颗粒由脂质构成,可以有效封装CRISPR基因编辑组件,确保其在血液循环中不被迅速降解。 尽管基于病毒载体的递送系统已经成功地将CRISPR药物输送到患者体内,但其疗效可能仍然受到预先存在的免疫应答、有效载荷大小限制、无法重复给药以及潜在的长期基因过度表达等因素的限制。这些局限性催生了对包括LNP-mRNA药物在内的非病毒递送系统的进一步研究。 LNP的安全性、有效性和趋向性取决于其纳米级的精确结构。因此,研究人员已经创建了一系列多样化的LNP化学构型,并对其在递送基因编辑药物方面的潜力进行了评估。 在LNP介导的基因编辑的临床前模型研究中,已有若干研究确凿地展示了通过LNP将基于CRISPR的基因编辑器递送到体内目标细胞的能力,从而实现有效的体内基因编辑。以某项临床前研究为例,研究者使用LNP向非人灵长类动物和小鼠模型递送靶向PCSK9基因的碱基编辑器VERVE-101。研究发现,单次注射携带有编辑器的LNP可使低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平降低69%,血液中的PCSK9蛋白降低83%,此效果可维持达476天,并且无脱靶事件或免疫反应的迹象。 类似地,针对ANGPTL3基因的碱基编辑疗法VERVE-201在另一项研究中也表现出色。为了增强对肝细胞的定向性,LNP颗粒表面被修饰以包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)。在对非人灵长类动物模型进行的单次给药研究中,VERVE-201对循环中的ANGPTL3蛋白表现出了显著的抑制效果。具体而言,给药后90天,ANGPTL3水平平均下降了80%以上,并在给药后616天时达到了96%的降低率。 这些发现表明,LNP可能是基于CRISPR的基因编辑器的有效递送系统,并为基于LNP的遗传疾病疗法的临床试验铺平了道路。目前,VERVE-101已经完成首位患者给药,VERVE-201预计在2024年开始进行临床试验。 除了AAV和LNP之外,当前正在开发的用于递送基于CRISPR药物的递送系统涵盖了多种策略,其中包括病毒性载体(如慢病毒载体);同时,非病毒性的递送系统,包括聚合物纳米颗粒、金纳米颗粒,以及基于人逆转录病毒样蛋白PEG10的载体和病毒样颗粒(VLPs)也受到了广泛的研究关注。不同的递送系统各具特点,均带有一定的优势和局限性。因此,选择何种递送系统需要基于特定的应用背景以及所追求的疗效结果。 目前,多种采用不同递送系统、基于CRISPR基因编辑技术的疗法已经在临床试验中进行测试,其中不仅包括基于CRISPR技术的基因编辑疗法,还有其他种类的基因和细胞疗法,这些疗法为众多遗传性疾病患者提供了全新的治疗前景和希望。 开发有效递送系统所面临的关键挑战与考量 针对基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发有效的药物递送系统是一个复杂且至关重要的任务,涉及多个关键的考虑因素和挑战。首要的难点是保证递送系统可以精准地靶向特定的细胞和组织,同时最小化脱靶效应。这一目标需要通过精细的递送系统工程设计来实现,如选取合适的靶向配体和优化有效载荷,确保正确、准确地将其递送到目标位置。 递送系统的安全性也是至关重要的考虑因素,特别是其潜在的毒性和触发的免疫反应。例如,尽管某些病毒载体在药物递送上具有优势,但它们可能会激发体内的免疫反应,进而影响疗法的效果和安全性。此外,长时间的核酸酶表达也可能会增加健康风险,因此,在疗法进入临床试验之前,对其在临床前模型中的安全性进行深入评估是至关重要的。 此外,技术上的难题也不可忽视。CRISPR-Cas系统因其本身的大小和复杂性,可能不适用于某些递送策略,如某些病毒载体。这可能要求我们对CRISPR-Cas系统的结构和大小进行优化,确保它可以被选用的递送系统高效携带。 结语 为基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发高效的药物递送系统是一项充满挑战的任务,不仅需要对多种复杂因素进行综合考虑,还涉及对不同层面的科学问题进行深入研究。尽管开发过程中存在诸多技术难关,但最新的递送系统工程技术和临床前研究进展已经为基于CRISPR的疗法朝向临床应用迈进提供了积极信号。 另外,随着基因编辑的递送策略及载荷的不断优化,肝外组织的靶向递送极有可能成为下一个焦点。值得强调的是,针对特定组织的高效递送技术可以为众多遗传疾病提供新的治疗策略,这得益于基于CRISPR的疗法所具备的广泛基因调控潜能。这些疗法的模块化设计及其在临床上的广泛应用前景,使得对基因编辑器与递送系统间互动机制的研究变得尤为关键。 鉴于递送系统在技术上的持续创新和完善,我们相信,基因编辑技术与个体化医疗领域将迎来更大的发展潜力。基于CRISPR技术开发的药物凭借其对遗传靶标的精准调控能力,有潜力引领遗传性疾病治疗的创新革命,进而推动医学领域整体走向一个新纪元。 最后,现阶段将基因编辑组件传递到肝外组织仍具挑战性,尽管如此,一些靶向非肝组织的纳米粒子的设计已在临床前研究中取得了进展,未来仍需进行更深入的研究。 综上所述,基于CRISPR的疗法在开发药物递送系统时需要考量多方面的因素,从靶向特异性、安全性到技术实现难度。虽然前方挑战重重,但随着递送系统工程技术和临床前研究的持续进展,这些挑战将被一一攻克,使基于CRISPR的治疗策略更快地走向临床实践。 本文内容转载自“药明康德”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6wr2NCzD1KN6JYD6lg-foA