《青岛能源所针对蓝细菌合成生物学研究连续发表重要综述》

  • 来源专题:中国科学院文献情报先进能源知识资源中心 |领域情报网
  • 编译者: guokm
  • 发布时间:2019-09-16
  •   光合生物制造技术是指以光合生物为平台,将太阳能和二氧化碳直接转化为生物燃料和生物基化学品的技术,可以在单一平台、单一过程中同时取得固碳减排和绿色生产的效果。蓝细菌是极具潜力的光合微生物平台,相比较于高等植物和真核微藻,具有结构相对简单、生长快速、光合效率高、遗传操作便捷等优势,易于进行光合细胞工厂的开发。蓝细菌光合细胞工厂开发和优化的重要方向是对胞内光合碳流分配模式的调控和重塑,使更多的碳流向目标代谢产品的合成。糖原代谢是蓝细菌中重要的天然碳汇机制,储存了光合作用固定的碳和能量中超出细胞生长代谢所需的溢出部分。蓝细菌代谢工程领域传统上将糖原合成视为光合细胞工厂中目标产物合成的重要竞争途径,目前已经有大量通过阻断和弱化糖原合成途径来提高目标产物合成、优化蓝细菌光合细胞工厂效能的尝试案例,然而大多数案例未能取得效果,不同研究团队的类似操作甚至取得了矛盾的结果。

      青岛能源所微生物代谢工程研究组前期围绕蓝细菌糖原代谢调控策略,以及糖原代谢扰动对蓝细菌生理和代谢功能影响的研究取得了系列成果,在此基础上,近期该研究组在生物技术领域重要综述期刊Biotechnology Advances上发表了题为“Progress and perspective on cyanobacterial glycogen metabolism engineering”的综述论文,对蓝细菌糖原代谢工程的进展和前景进行了系统的总结和展望。

      基于对蓝细菌糖原代谢工程改造靶点、改造策略、以及生理和代谢功能影响的全面总结,微生物代谢工程研究组的研究人员提出,随着合成生物学和代谢工程策略和工具的不断开发和优化,对蓝细菌糖原代谢(合成、降解和储备)的调控技术已经非常成熟。然而,在此基础上要全面深入的认识蓝细菌糖原代谢的生理代谢功能,进而开发出能够有效优化细胞工厂效能的蓝细菌糖原代谢工程策略则仍有很长的路要走。如图1所示,糖原代谢对蓝细菌细胞生理和代谢功能的影响可以总结为两个方面:(1)作为最主要的天然碳汇机制,吸收光合固碳的“溢出”部分,保持光合碳流-能量流“输入”和“输出”的动态平衡;(2)作为重要的生理保护机制,促进细胞内稳态的维持。蓝细菌光合细胞工厂中,简单的阻断糖原合成、移除糖原储备,会抑制蓝细菌光合效能、降低蓝细菌生理和代谢鲁棒性,最终限制目标代谢产物合成能力的提升。未来,在糖原代谢扰动的基础上,对人工引入的代谢模块进行针对性设计,驱动细胞中能量-还原力、氧化-还原、光合-光呼吸等生理和代谢状态重平衡的实现,辅之以细胞生理保护机制的改造和强化,将有望实现对光合碳流真正有效的优化和控制,进而大幅提高蓝细菌光合生物制造的效能。

      近期,微生物代谢工程研究组还应邀在生物技术领域另一重要期刊Current Opinion in Biotechnology上发表了题为“Engineering cyanobacteria chassis cells toward more efficient photosynthesis”的观点性综述论文,对面向未来光合生物制造需求的蓝细菌合成生物技术底盘细胞的设计原则、改造策略和发展方向进行了总结和展望。

      在过去的二十年间,蓝细菌光合生物制造技术在概念上已经得到充分验证,已经实现了基于蓝细菌光合底盘的数十种天然或非天然代谢产物的光驱固碳合成。然而,目前蓝细菌光合细胞工厂无论是产量还是生产强度上较之经典的异养细胞工厂(大肠杆菌、酵母、乳酸菌、枯草芽孢杆菌等)都有着数量级的差距。从根本上分析,蓝细菌光合细胞工厂效能受制于其底盘细胞光合固碳系统的效率,高效的光合作用对于解锁蓝细菌光合细胞工厂的合成潜能至关重要。近年来,海量系统生物学数据的快速积累和高效合成生物技术工具的开发为蓝细菌底盘细胞光合固碳系统的功能认识和系统改造打开了大门,具有高温高光耐受能力和快速生长能力的新型蓝细菌藻株的发现和鉴定也为光合系统改造策略的设计提供了更多可借鉴的思路。微生物代谢工程研究组的研究人员比较、分析了上述两方面的最新研究进展,从光能捕集利用和二氧化碳固定转化两个层次,系统总结了“拓宽吸收光谱”、“提高强光耐受能力”、“提高光能传递和利用效率”、“加强碳源吸收能力”、“强化碳源固定效率”“减少碳代谢损失”等六种提高蓝细菌底盘细胞光合固碳能力的工程策略(图2)。进而提出,着眼未来大规模工业化体系下的蓝细菌工程藻株的培养和应用,除了从“硬件”角度升级光合作用系统的组分和途径外,还应该从“软件”角度考虑发展快速感知和智能响应系统,使蓝细菌底盘细胞和工程藻株可以针对多变、严苛的环境条件进行柔性适应,差异性的激活与之适配的光合固碳模式,实现光合固碳和定向合成的动态平衡,最大化的提升光合细胞工厂合成产出。

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    • 编译者:mall
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    • 蓝细菌,又称蓝藻或蓝绿藻,是地球上最古老的微生物之一。它们通过植物型光合作用,将二氧化碳固定并转化为各类碳水化合物。研究发现,很多蓝细菌在高盐环境下在细胞内合成并积累蔗糖来抵抗逆境。利用这一生理特点,发展蓝细菌细胞工厂进行糖类分子的合成和分泌,将二氧化碳和太阳能直接转化为蔗糖产品,是具有潜力的新型糖原料供给路线。   中国科学院青岛生物能源与过程研究所微生物代谢工程团队致力于蓝细菌糖类物质合成研究,该团队近期研究揭示了蓝细菌蔗糖合成在调控和代谢方面的若干机理问题。针对前人在集胞藻PCC 6803研究中蔗糖合成转录调控蛋白Slr1588全基因缺失和插入失活两个突变株在盐胁迫条件下表型不一的问题,该团队系统分析了slr1588及下游ggpP基因的结构及转录情况,证明ggpP基因转录起始于slr1588基因编码框内,slr1588全基因缺失所导致的对下游ggpP基因的转录抑制,是突变株盐敏感表型的真正原因。基于新构建的slr1588突变株,Slr1588被证明能调控蔗糖合成关键酶spsA基因的转录和蔗糖分解酶活性。该研究为进一步解析蓝细菌蔗糖合成调控机制和针对性强化蔗糖合成途径提高蔗糖产量奠定了理论基础,相关研究结果发表在Frontiers in Microbiology上。   此外,该团队在蓝细菌蔗糖合成代谢机理研究中取得进展。在蓝细菌中,由于蔗糖合成与糖原合成使用相同的前体物——葡萄糖-1-磷酸,因此一般认为二者之间存在合成竞争关系,抑制糖原合成将促进蔗糖合成。然而,该研究团队的研究结果与此不同。研究人员利用核糖体开关策略,实现对聚球藻PCC 7942工程菌株中糖原合成的梯度抑制,发现糖原水平的下降并没有带来蔗糖合成水平的提升,反而降低蔗糖产量;而在蓝细菌中增强糖原合成,则有效提高了蔗糖合成水平。研究表明,糖原合成并非是蓝细菌蔗糖合成的竞争性途径,其更可能作为“碳库”为蔗糖合成提供碳素支持(如图)。该研究结果改变了业界对蓝细菌中糖原合成与蔗糖合成关系的传统认识,也为进一步提高基因工程蓝细菌蔗糖产量提供了新的改造策略。   研究工作获得了国家相关人才计划、中德科学中心项目、国家自然科学基金青年基金等的支持。
  • 《青岛能源所基于“基因互补”和差异转录组学策略发现新的蓝细菌胁迫耐受关键因子》

    • 来源专题:中国科学院文献情报先进能源知识资源中心 |领域情报网
    • 编译者:guokm
    • 发布时间:2018-08-17
    • 蓝细菌是一类古老的光合微生物,为了应对光照、温度等环境条件的变化,逐渐进化出了一套高效的环境胁迫耐受机制。聚球藻 UTEX 2973 是一株新近发现对高温和强光照条件具有良好耐受能力的藻株,能够在高达 42 度、 1500 μE m -2 s -1 光照条件下快速生长,生长代时仅为 1.5 小时。而相同条件下,包括其近缘物种聚球藻 PCC7942 在内的大多数蓝细菌都不能生长。有趣的是,聚球藻 UTEX2973 和聚球藻 PCC7942 的基因组序列一致性高达 99.8% ,它们只有 24 个差异蛋白编码基因,但是却具有显著不同的环境耐受能力。因此,这些差异基因很可能就是引起两株聚球藻胁迫耐受表型差异的直接原因。 为了鉴定决定聚球藻胁迫耐受能力的关键基因,由青岛能源所吕雪峰研究员带领的微生物代谢工程研究组 ( http://mme.qibebt.ac.cn/ ) 采用了 “ 基因互补 ” 策略:即将聚球藻 PCC7942 视做基因缺陷型突变株,以聚球藻 UTEX2973 的基因片段转化聚球藻 PCC7942 ,筛选具有高温和高光耐受能力的突变株。结果发现,所有高温高光耐受的聚球藻 PCC7942 突变株在其 FoF1 ATP 合成酶 ɑ 亚基( AtpA )的 252 位氨基酸均有一个 C252Y (色氨酸到络氨酸)的点突变。而针对该位点的饱和突变发现,将半胱氨酸( Cysteine, C )突变为任何一种共轭氨基酸(苯丙氨酸、络氨酸、组氨酸、色氨酸)都能够使得聚球藻 PCC7942 获得高温高光的耐受能力。通过系统的生化、生理和代谢水平研究发现, C252Y 点突变造成了 FoF1 ATP 合成酶 ɑ 亚基蛋白水平和 FoF1 ATP 合成酶活性的显著提高,增加了胞内 ATP 水平;显著提高了胁迫条件下的光系统 II 核心 D1 蛋白的转录水平、光合放氧,线性电子传递速率,乃至糖原积累速率。本研究鉴定了决定速生聚球藻环境胁迫耐受能力的关键基因,为代谢工程改造光合生物环境抗逆性提供了重要靶标( Appl Environ Microbiol, 2018 )。 而针对聚球藻 UTEX2973 胁迫条件下转录调控机制不清的问题,研究组与德国弗莱堡大学 Wolfgang Hess 教授研究组合作开展了基于 dRNA-seq 的差异转录组学研究,分析了不同胁迫条件对于聚球藻 UTEX2973 基因转录和生理代谢的影响,发现了响应强光信号的小 RNA 分子 PsrR1 以及黑暗条件大量转录的 Sye_sRNA1 和 Sye_sRNA3 ,并推测了它们可能的作用机制。此外,该研究还精确鉴定了聚球藻 UTEX2973 全基因组范围的 4808 个转录起始位点,为后续转录调控以及代谢工程改造研究奠定了基础( Biotechnol Biofuels, 2018 )。 相关研究得到了国家自然科学基金相关人才计划、中国科学院重点部署项目、山东省重大基础研究等项目的支持。 ( 文 / 图 谈晓明 ) 相关成果发表: (1) Lou W#, Tan X#, Song K, Zhang S, Luan G, Li C, Lu X. (2018). Single SNP in ATP synthase gene significantly improves environmental stress tolerance of Synechococcus elongatus PCC 7942. Appl Environ Microbiol doi:10.1128/aem.01222-18. (2) Tan X#, Hou S#, Song K, Georg J, Kl?hn S, Lu X, Hess WR. (2018). The primary transcriptome of the fast-growing cyanobacterium Synechococcus elongatus UTEX 2973. Biotechnol Biofuels 11:218