《一项家庭聚类的研究表明2019年新型冠状病毒肺炎存在人与人之间的传播》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 肖宇锋
  • 发布时间:2020-01-30
  • LANCET柳叶刀1月24日在线发表来自中国香港大学研究者的论文,关于中国湖北省武汉市正在爆发的新型冠状病毒有关的肺炎。受影响的患者在地理上与当地的潜在市场联系在一起,成为潜在的来源。

    在这项研究中,报告了一个家庭聚类中的五名患者的流行病学,临床,实验室,放射学和微生物学发现,他们在回访武汉后回到中国广东省深圳市后又出现了不明原因的肺炎,另外一个家庭成员没有去武汉。对这些患者的遗传序列进行了系统进化分析。从2020年1月10日开始,我们招募了一个在2019年12月29日至2020年1月4日期间从深圳前往武汉的6名患者家庭。在前往武汉的6名家庭成员中,有5名被确定感染了新型冠状病毒。此外,一名未到武汉的家庭成员在与四名家庭成员接触几天后被该病毒感染。尽管有两个人去过武汉的一家医院,但他们的家人都没有与武汉的市场或动物接触。暴露后3-6天,有5名家庭成员(年龄在36-66岁之间)出现发烧,上呼吸道或下呼吸道症状或腹泻,或出现这两种情况的组合。他们在症状发作后6-10天就诊到研究者所在的医院(香港大学深圳医院,深圳)。他们和一名无症状的儿童(10岁)有放射性玻璃底肺混浊。年龄较大的患者(年龄> 60岁)具有更多的全身症状,广泛的放射学玻璃样肺改变,淋巴细胞减少,血小板减少症以及C反应蛋白和乳酸脱氢酶水平升高。通过即时点多重RT-PCR,这6例患者的鼻咽或咽拭子对已知的呼吸道细菌呈阴性,但是5例(4个成年人和1个孩子)对编码内部RNA依赖性RNA的基因呈RT-PCR阳性Sanger测序证实了这种新型冠状病毒的聚合酶和表面穗蛋白。通过下一代测序对这五位患者的RT-PCR扩增子和两个完整基因组进行的系统进化分析表明,这是一种新型冠状病毒,与在中国马蹄蝠中发现的与蝙蝠严重急性呼吸综合征(SARS)相关的冠状病毒最接近。

相关报告
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    • 来源专题:动植物疫病
    • 编译者:刘小燕
    • 发布时间:2020-02-25
    • 2019年12月31日,中国湖北省武汉市卫生委员会报告了病因不明的一系列肺炎病例,据报道都与武汉的华南海鲜批发市场(出售不同鱼类和活体动物的批发市场)有着联系。2020年1月9日,中国疾病预防控制中心报告,检测到一种新型冠状病毒(2019-nCov)作为病原体,并公开提供了基因组序列。序列分析表明,新发现的病毒与SARS-CoV进化枝有关。截止至2020年1月17日,总共报告了44例实验室确诊的2019-nCoV感染病例,其中41例来自中国武汉,另外3例与泰国(3)和日本(1)有关。症状发作时间为2019年12月8日至2020年1月5日,包括发烧、咳嗽和呼吸困难。胸部放射学显示病毒性肺炎的典型特征是弥漫性双侧浸润。大多数病例是40~69岁的男性,其中7例患有严重疾病,2例患有慢性和严重的潜在死亡疾病。大多数病例在流行病学上都与武汉特定的食品市场有关,该市场已于2020年1月1日清洁完并向公众关闭。迄今为止,没有任何报道的病例在相关市场关闭后超过14天发病。在报告的病例中,确定了两个小的家庭群体。其中一个小群体,该家族的三个成员在疾病发作前都去了特定的武汉市场;另一个群体,一个成员是市场推销员的配偶,她在丈夫之后出现症状,并且没有在症状发作之前去过市场。到目前为止,尚无医院传播的证据。
  • 《基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播》

    • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-02-25
    • 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截止2月12日),通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。 2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)所致的肺炎(现称COVID-19),新型冠状病毒爆发已两个多月,确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地,对于寻找病毒的来源,以及确定中间宿主,对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截止2月12日),通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。研究发现,收到的93个样本包含58种单倍型,可以归纳为五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2);华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外;同时,现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张(分别是12月8日和1月6日)。   华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入的   基于120个变异位点得到58种单倍型(基因类型),单倍型演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是一个祖先单倍型,可能是来自中间宿主或者“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2,H8-H12(图1,A),而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见,华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外,根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。 对“古老的”单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型,可能是因为现有样品主要采自几家定点医院,而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型,将对于寻找病毒来源非常有帮助。   新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张   根据新型冠状病毒基因组数据推算1月之前的种群扩张发生时间是12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬即已经开始有人际传播,随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日,这个可能与元旦假期有关联。需要指出,这一天国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用,公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视,那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。   现扩散的病例至少来自于3个途径   为了能够细分来源,研究人员将58种单倍型分成了五组,采用标准是3个中心(古老超级传播者)单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。其中,广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,他们的患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,它同时是澳大利亚、法国和美国,以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少,大多数的来源比较单一,他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外,有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。   新型冠状病毒基因组尚未发生重组事件   研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件,93个基因组之间有120核苷酸发生了突变(0.41%序列长度),并均匀分散在10个编码区(χ2=1.958, df=9, P=0.99)。120个突变的核苷酸关联了119个氨基酸密码子,其中79个密码子 (65.83%)改变了氨基酸类型,并有42个(53.17%)氨基酸理化性质都被改变。这些氨基酸类型以及理化性质改变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚,需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。本研究是版纳植物园综合保护中心生物多样性研究组的科研人员利用其在系统与演化领域的专长开展的,本研究提到单倍型演化关系分析方法可以结合到传染病学研究中,对于寻找传染源,以及精确的传播和扩散方向能提供非常重要的信息。