香港大学的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Multivariate Analyses of Codon Usage of SARS-CoV-2 and other betacoronaviruses”,对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析、组内对应分析和组间对应分析。
文章指出,随着冠状病毒(COVID-19)继续在中国及其他地区蔓延,它已成为全球性的健康问题。该病的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV-2),属于Betacoronavirus属,与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒(SARSr-CoV)和中东呼吸综合征相关的冠状病毒(MERSr- CoV)同为一个属。病毒基因的密码子使用被认为在不同的宿主环境中经受不同的选择压力。先前有关甲型流感病毒密码子使用的研究可以帮助确定病毒宿主的起源和进化趋势,但是,缺乏关于冠状病毒的类似研究。在这项研究中,科研人员对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析(CA)、组内对应分析(WCA)和组间对应分析(BCA)。通常发现SARS-CoV-2的氨基酸使用模式类似于蝙蝠和人SARSr-CoV。然而,研究发现在SARS-CoV-2及其系统亲缘关系上,在突变和膜基因上存在更大的同义密码子用法差异,表明SARS-CoV-2的这两个基因受到不同的进化压力。