《gcType:用于微生物系统发育和功能研究的高品质模式菌株基因组数据库》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: 王晶静
  • 发布时间:2020-11-26
  • 微生物的分类和功能研究越来越依赖于基于基因组的数据和方法。全球模式微生物基因组数据库(Global Catalogue of Type Strain,gcType)作为“全球微生物菌种目录(Global Catalogue of microbial, GCM)10K原核型菌株测序项目”的保藏库,已公布了由GCM 10K项目测序的1049个模式菌株基因组序列,保存在全球保藏库中,并保持有效发表状态。此外,通过gcType提供的信息包括来自GenBank的超过12000个公开的模式菌株基因组序列,采用质量控制标准和标准数据注释管道进行整合,形成高质量的参考数据库。该数据库整合了模式菌株序列及其表型信息,便于表型和基因型分析。跨基因组搜索和交互界面的多种格式允许对数据库资源进行广泛的探索。在本研究中,我们描述了基于网络的数据分析管道,用于基因组分析和基于基因组的分类,可以作为一个一站式的平台鉴定原核生物物种。随着GCM 10K项目与世界各地的保藏库的合作,已发表的模式菌株基因组数量将继续增加。本项目数据与国际核苷酸序列数据库合作共享。可从http://gctype.wdcm.org/免费访问gcType。

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