《苏州医工所董建飞课题组在深度学习图像数据建模方面取得研究进展》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-03-20
  • 近年来,深度学习方法在图像处理中的应用快速发展,特别是对于医学影像,基于深度学习的技术为医生提升诊断效率提供了大量科学和直观的依据。对于医学图像分割,U-Net已成为一种流行且有效的工具,然而,它在分割模糊边界和消除干扰方面仍有明显的不足。

      针对上述问题,中国科学院苏州医工所董建飞课题组的博士生张云楚和董建飞研究员近两年来研究提出了一种“2K折网络(2K-Fold-Net)”、以及基于注意力机制的特征增强型4折网络——EF3-Net(Enhanced-Feature-4-Fold-Net)。

      这一研究思路主要受到了U-Net的形状和折纸的启发。如图1所示,U-Net可以视作将长序列形的全卷积网络(FCN)折叠一次得到2个折(fold),形成左边的特征提取编码部分和右边的上采样解码部分,并通过横向的“跨连接”连接对应的编解码模块。类似地,通过将全卷积网络折叠K次可得到2K个折,形成K个子U-Net;在此基础上连接相邻子U-Net对应的编解码模块,并将原输入图片再次输入到每个子U-Net,提出了一种2K折网络(2K-Fold-Net)。图2(a)展示了K=4时的2K-Fold-Net结构。同时,该研究总结了最近文献中提出的多个U-Net变体的优缺点,包括Stacked U-Nets、DoubleU-Net、U2-Net、W-Net等。该研究提出的2K-Fold-Net结合了这些堆叠、级联多个U-Net网络的共同特征,可以视为这些网络的泛化结构。

    该研究在CVC-ClinicDB息肉分割数据集上研究了折叠次数K对2K-Fold-Net分割精度的影响,并对比了三种级联模块化U-Net(cascading modular U-Nets)的变体,实验数据如图3所示。2K-Fold-Net精度在K=3时达到最大值,并在相同参数量和相同折数K下精度优于其他三种级联模块化U-Net变体。

    为了进一步提升网络的性能,同时考虑到与计算复杂度的平衡,该研究基于2K-Fold-Net结构K=2的特例,在特征提取模块中引入多残差模块(MultiRes block)以提升网络提取不同大小特征的能力,在连接U-Net对应编解码模块的“跨连接”部分引入注意力感知特征增强、空间特征增强和通道特征增强三种注意力机制,因此命名为“Enhanced-Feature-4-Fold-Net”,简称“EF3-Net”。网络结构如图2(b)所示。该研究在四个具有挑战性的医学影像分割数据集中研究了不同特征增强模块组合对精度的影响,同时对比了U-Net、MultiResUNet、DoubleU-Net等网络。结果表明EF3-Net以更少的参数量实现更高的交并比(IoU)和戴斯相似性系数(Dice)。图4展示了代表性的分割图像,EF3-Net表现出更少的欠分割或过分割,对于边界的提取更为准确。

      该研究的意义在于提出了一种在不增加参数量前提下提升网络精度的简单有效方法,引入注意力机制增强特征图的特定部分可以进一步提升性能。该研究受到国家自然科学基金面上项目的资助(F030110:数据驱动控制),研究论文于近日在计算机和人工智能顶刊Pattern Recognition(中国科学院一区,影响因子7.74)上在线发表。

      论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0031320322001066

  • 原文来源:http://www.sibet.cas.cn/kxyj2020/kyjz_169572/202203/t20220317_6399905.html
相关报告
  • 《苏州医工所董建飞课题组在蓝光治疗及数据驱动量效关系建模方面取得研究进展》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-02-23
    • 蓝光(400-480nm)抗感染治疗是光治疗的主要应用方向之一,可广泛应用于治疗真菌、细菌等微生物感染,具有无痛、副作用低、不产生抗药性等优点。其主要机理是光通过细胞内自然存在的光敏剂对微生物产生的氧化毒性,造成细胞膜的破裂、DNA的损害,进而导致细胞凋亡。尽管蓝光抗微生物感染治疗的有效性和定性机理已经在许多文献中得到证明,但针对蓝光治疗在细胞和动物层面的有效性和安全性的研究尚不多见。另外,针对不同波长和不同辐射能量密度的光造成微生物细胞内的活性氧自由基(ROS)含量变化的数学建模方面的研究更是少之又少。因此,基于现有技术,尚不足以对光的波长、能量密度等关键参数对治疗效果的影响进行定量计算和分析。   为了解决上述问题,苏州医工所董建飞课题组近年来系统开展了蓝光抗真菌感染治疗的机理、光诱导ROS的动力学过程建模与量效关系研究,并基于数学模型分析了蓝光治疗的有效性和安全性等方面取得了一系列重要成果。   在体外实验中蓝光治疗的有效性和安全性的方面,董建飞课题组王天峰等人在Lasers in Medical Science 发表了题为Blue light therapy to treat Candida vaginitis with comparisons of three wavelengths: an in vitro study的论文,研究了405nm、415nm和450nm三种波段的蓝光抗微生物感染治疗的效果和安全性,实验选用白色念球菌和人体上皮黏膜细胞。根据实验数据分析了不同波长蓝光的剂量(或刺激时间)对真菌和上皮细胞的存活率的影响,建立了不同剂量(光子能量、能量密度)的光对真菌存活率影响的数学模型。其仿真结果如图1所示。 在动物实验中蓝光治疗对上皮组织真菌感染的治疗效果的方面,董建飞课题组的赵昀、张云楚等人在Lasers in Medical Science 发表了题为Evaluating the efficacy of anti-fungal blue light therapies via analyzing tissue section images的论文,提出了基于组织切片图像处理的光治疗真菌感染效果分析的方法。相对于现有技术中由体表取菌并通过平板计数,或者通过使用特殊的荧光型真菌菌株直接进行在体实验和成像的方法,本方法可以揭示真菌感染的深度分布信息,具体方法如图2所示。结果说明180J/cm2(60min)的光剂量可显著抑制感染到上皮组织内的真菌,从而阻止其进一步向皮肤深层入侵。 在数据驱动量效建模方面,该团队在IEEE Access发表了题为Data driven modeling of the reactive oxygen species stimulated by photon energy in light therapies的论文,建立了光刺激造成的ROS含量动态变化的数学模型,基于模型分析了蓝光治疗的有效性和安全性。现存研究报道中没有对蓝光在真菌细胞内诱导的ROS进行定量建模的研究。通过实验测量了四种波段的蓝光在真菌和人体上皮细胞内产生的ROS含量变化,基于数据建立了一种一阶积分器模型,并将蓝光的波长(或光子能量Ep)和累积能量密度(He)作为输入变量,将ROS含量作为输出变量,建立了数学模型。使用该模型计算得到的不同光子能量(Ep)和累积能量密度(He)引起的ROS含量变化如图3所示。该数学模型证明当Ep =2.8~3eV时,在相同的剂量刺激下,所研究的真菌内的ROS增量是最多的。   上述三篇论文最近被美国麻省总医院和哈佛大学医学院的光治疗团队在Advanced Drug Delivery发表的题为Antimicrobial Blue Light: A ‘Magic Bullet’ for the 21st Century and Beyond?中大段引用。   近日,该团队又进一步研究,在IEEE Transactions on Biomedical Engineering 发表了题为Analyzing efficacy and safety of anti-fungal blue light therapy via kernel-based modeling the reactive oxygen species induced by light的论文。该团队采用基于核函数(kernel)的非线性回归模型(NARX)改进了上述一阶积分器模型。该模型可以更精确地模拟光刺激ROS的复杂动力学过程,可将模型的拟合误差大约降低一半。在此基础上,团队正在继续深入研究光诱导细胞内单线态氧的动力学过程模型及其物理意义和剂量计算方法。   论文链接:   [1] T. Wang, J. Dong*, H. Yin and G. Zhang. Blue light therapy to treat Candida vaginitis with comparisons of three wavelengths: an in vitro study. Lasers in Medical Science, 35: 1329–1339, 2020.  https://link.springer.com/article/10.1007/s10103-019-02928-9   [2] Y. Zhao, Y. Zhang, J. Dong*. Evaluating the efficacy of anti-fungal blue light therapies via analyzing tissue section images. Lasers in Medical Science, early access, 2021.  https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10103-021-03319-9   [3] J. Dong* and T. Wang. Data driven modeling of the reactive oxygen species stimulated by photon energy in light therapies. IEEE Access (IEEE生物医学工程学会特刊), 8: 18196–18206, 2020. https://ieeexplore.ieee.org/document/8964389/   [4] L.G. Leanse, et. al. Antimicrobial Blue Light: A ‘Magic Bullet’ for the 21st Century and Beyond?, Advanced Drug Delivery Reviews, 180: 114057. 2022”  https://doi.org/10.1016/j.addr.2021.114057   [5] T. Wang, J. Dong*, and G. Zhang. Analyzing efficacy and safety of anti-fungal blue light therapy via kernel-based modeling the reactive oxygen species induced by light. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, early access, 2022. https://ieeexplore.ieee.org/document/9695174/keywords#keywords
  • 《苏州医工所杨晓冬课题组在放疗影像配准模型研究中取得进展》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-11-21
    •   放射治疗是利用射线对肿瘤细胞进行定点清除的技术,是癌症治疗的重要技术手段。为了实现最大化照射肿瘤病灶同时保护周围组织和器官,基于多模态影像(计算机断层成像(CT),磁共振(MRI),超声(US)以及锥形束CT(CBCT))等引导的放疗技术受到了极大关注。其中,锥形束CT(CBCT)图像具有骨组织对比度高,空间分辨率高等优势,相比于其他影像引导技术,CBCT图像引导放疗是目前使用最广的图像引导技术。放疗医师通过将定位CT图像与治疗实施阶段扫描的CBCT图像进行刚性或弹性配准,进行分次治疗间的摆位及剂量验证,使得肿瘤的精准放疗成为可能。   然而,由于CT和CBCT图像之间的灰度差异、结构信息不一致、CBCT图像质量差等因素的干扰,快速准确的CT-to-CBCT图像配准算法研究仍然具有很大的挑战性(如图一所示,在CBCT和CT相同解剖位置处,CBCT图像中存在较为严重的伪影)。传统配准算法普遍采用迭代式的优化算法,运行时间较长,实时性差。目前,相关研究工作前沿主要集中于利用深度学习理论研究快速、准确的配准方法。但是,这些工作面对CBCT和CT图像域之间的分布差异、以及CBCT中的噪声伪影干扰,并没有进行深入研究。 针对此问题,苏州医工所杨晓冬课题组提出了一种基于边界梯度引导和跨域特征融合的配准算法。该算法整体结构如图2所示,包含两个重要模块:边界引导注意力模块(EGAM)和跨域注意力模块(CDAM),共同组成了跨域融合的配准网络。该网络分别利用两个相同结构的卷积流,以非耦合的方式分别提取CT和CBCT两个图像域中特有的图像特征。此外,边界引导注意力模块充分挖掘梯度图像的边界信息,引导配准网络建模CT和CBCT中相关解剖结构之间的对应关系,并抑制CBCT中的噪声伪影;跨域注意力模块利用全局和局部信息引导来自两个图像域的特征映射至一个公共空间,以缓解图像域之间的分布差异。   该算法在真实的临床CT-CBCT数据集上进行实验,与其他先进的配准方法相比取得了最优性能。与传统的配准方法相比,该方法在TRE、DSC、以及MHD指标上均获得显著提升。其中,TRE误差从4.00mm降低至2.27mm,DSC指标从74.02%提升到了80.01%,MHD距离也从1.62mm降低至1.50mm。在同样的硬件条件下,该方法在运行速度上有近10倍的提升。此外,该算法还在公开肺部4D-CT数据集(Dir-Lab)上取得了具有竞争力的配准性能,展现了该方法在单模图像配准中的潜力。未来,团队将会针对图像引导放疗中多模态影像配准的痛点问题,进行更加深入的研究,助力临床放疗精度和疗效的提升。  该研究成果“CDFRegNet: A Cross-domain Fusion Registration Network for CT-to-CBCT Image Registration.” 已发表在Computer Methods and Programs in Biomedicine杂志上。论文第一作者为研究生曹玉柱,苏州医工所郑健研究员与常州二院倪昕晔教授为通讯作者。该项工作受到山东省自然科学基金(ZR2021MH213)、苏州市科学技术局(SS202087, SJC2021023)、江苏省卫健委(M2020006)、常州市医学物理重点实验室(CM20193005)等项目的经费支持。   论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169260722004072