中国科学院海洋研究所研究员相建海和李富花研究组主导，与国内外多家单位共同合作，历时十年成功破译了凡纳滨对虾基因组，获得了世界上首个高质量的对虾基因组参考图谱，研究成果在线发表于2019年1月21日《自然-通讯》，为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重要理论支撑。
凡纳滨对虾作为四大养殖虾类之首，其年产量达416万吨，具有非常重要的经济价值。然而，由于种质资源匮乏，我国对虾养殖单位每年需从国外引进大量亲虾。我国自主的对虾分子遗传育种工作迫在眉睫，但是受限于没有良好的参考基因组，其进展一直相对缓慢。
对虾基因组是世界上公认的高复杂基因组，阻碍了多个国际科研机构的研究步伐。在该研究中，科研人员尝试了从一代到三代的各种测序平台以及各种组装软件，最终完成了凡纳滨对虾的全基因组de novo测序和组装，获得的参考图谱Scaffold N50达到606Kb。通过分析发现，以1-6碱基为单位多次重复的简单串联序列（SSR）占对虾基因组的23.93%以上，是目前已测基因组物种中含量最高的，推测SSR的爆发与对虾祖先适应性进化过程有关。在对虾基因组上还发现了两大结构特征：大量的物种特异性基因和大量的串联重复基因，可能与对虾科的特异性进化有密切联系。据介绍，本研究还对22个野生和养殖的凡纳滨对虾个体进行了重测序，获得了大量的SNP分子标记，为对虾的遗传育种工作提供了宝贵的资源。
