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《6月27日_马里兰大学等通过分子模拟评估nCOV-2019与ACE2结合的关键序列热点》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2020-06-29

  • 1.时间：2020年6月27日

    2.机构或团队：马里兰大学、美国国立卫生研究院

    3.事件概要：

    bioRxiv预印平台于6月27日发布了马里兰大学和美国国立卫生研究院的文章“Critical Sequence Hot-spots for Binding of nCOV-2019 to ACE2 as Evaluated by Molecular Simulations”。旨在通过广泛的分子动力学（MD）模拟，以展示nCOV-2019如何识别并建立与ACE2的接触的详细结构机制以及其与SARS-COV的区别。

    文章指出，从世界不同地区的人类分离出的nCOV-2019毒株的受体结合域（RBD）中已鉴定出许多突变。在这项研究中，研究人员调查了这些突变以及其他Ala扫描突变对RBD / ACE2复合体稳定性的影响。结果发现，与野生型nCOV-2019相比，大多数RBD天然突变株与ACE2的结合亲和力比野生型nCOv-2019增强或相同。这可能对冠状病毒在已发现这些突变的地区的高人际传播以及疫苗设计工作产生影响，因为这些突变可以充当抗体逃逸突变体。此外，计算机内Ala扫描和长时间MD模拟突出显示了RBD和ACE2界面上的残基的关键作用，这些残基可用作药物开发的潜在药效基团。

    *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

    4.附件：

    原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175448v1

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175448v1
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  • 《bioRxiv，6月27日，Critical Sequence Hot-spots for Binding of nCOV-2019 to ACE2 as Evaluated by Molecular Simulations》
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    • Critical Sequence Hot-spots for Binding of nCOV-2019 to ACE2 as Evaluated by Molecular Simulations Mahdi Ghorbani, Bernard R. Brooks, Jeffery B. Klauda doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.27.175448 Abstract The novel coronavirus (nCOV-2019) outbreak has put the world on edge, causing millions of cases and hundreds of thousands of deaths all around the world, as of June 2020, let alone the societal and economic impacts of the crisis. The spike protein of nCOV-2019 resides on the virion's surface mediating coronavirus entry into host cells by binding its receptor binding domain (RBD) to the host cell surface receptor protein, angiotensin converter enzyme (ACE2). Our goal is to provide a detailed structural mechanism of how nCOV-2019 recognizes and establishes contacts with ACE2 and its difference with an earlier coronavirus SARS-COV in 2002 via extensive molecular dynamics (MD) simulations. Numerous mutations have been identified in the RBD of nCOV-2019 strains isolated from humans in different parts of the world. In this study, we investigated the effect of these mutations as well as other Ala-scanning mutations on the stability of RBD/ACE2 complex. It is found that most of the naturally-occurring mutations to the RBD either strengthen or have the same binding affinity to ACE2 as the wild-type nCOV-2019. This may have implications for high human-to-human transmission of coronavirus in regions where these mutations have been found as well as any vaccine design endeavors since these mutations could act as antibody escape mutants. Furthermore, in-silico Ala-scanning and long-timescale MD simulations, highlight the crucial role of the residues at the interface of RBD and ACE2 that may be used as potential pharmacophores for any drug development endeavors. From an evolutional perspective, this study also identifies how the virus has evolved from its predecessor SARS-COV and how it could further evolve to become more infectious.
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