《生物物理所揭示绿藻光系统I高效捕获及传递光能的分子机制》

  • 来源专题:中国科学院亮点监测
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2019-04-06
  • 3月8日,Nature Plants 杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所常文瑞/李梅研究组与章新政研究组的合作研究成果,题为Antenna arrangement and energy transfer pathways of a green algal photosystem I-LHCI supercomplex,该项工作首次报道了莱茵衣藻光系统I-捕光复合物I(PSI-LHCI)超级复合物的高分辨率冷冻电镜结构,提供了精确的衣藻PSI-LHCI结构模型,展示了其各亚基的组装和色素排布方式,揭示了其高效的光能捕获和能量传递的分子机制。

      放氧光合作用利用太阳能产生氧气及碳水化合物,为地球上几乎全部生物提供生存的基础。放氧光合生物(包括植物、真核藻类和蓝藻)有两个光系统,分别是光系统I(PSI)和光系统II(PSII)。植物和藻类中的光系统I是由核心复合物和外周的捕光蛋白复合物(LHCI)组成的多亚基膜蛋白-色素复合物,其通过外周天线吸收光能,传递到核心,驱动电子传递,并最终将电子提供给ferredoxin生成NADPH。在进化过程中,不同物种的PSI核心是相对保守的,但外周捕光天线系统差异很大,尤其是绿藻的光系统I的外周天线系统更为多变。对绿藻模式生物莱茵衣藻的研究表明,其光系统I的天线系统相比于其它真核藻类和植物来说更大也更为复杂,可能结合多达10个捕光天线蛋白,而高等植物的光系统I核心只稳定结合4个LHCI,低等红藻光系统I中也只有3或5个天线蛋白。研究表明,虽然衣藻PSI-LHCI的捕光天线系统更为庞大,但它与植物PSI-LHCI具有相似的平均荧光寿命,表明衣藻PSI-LHCI中捕光天线向核心的激发能传递效率更高。到目前为止,来源于红藻及高等植物的PSI-LHCI复合物都已经有高分辨率的结构,但尚缺乏来源于绿藻的PSI-LHCI的高分辨率结构信息,对衣藻PSI-LHCI复合物的结构研究将有助于深入了解其高效捕获和传递能量的途径和机制。

      生物物理所研究团队通过单颗粒冷冻电镜技术解析了来源于衣藻的两种不同的PSI-LHCI超级复合物的精细结构,结构中PSI核心分别结合8个或10个捕光天线蛋白,其分辨率分别达到2.9埃 (PSI-8LHCI)和3.3埃(PSI-10LHCI)。两种类型的复合物均在核心复合物的一侧结合有8个捕光天线蛋白,分为两层排列,该工作通过结构生物学手段,首次直接确认了这8个捕光天线蛋白的身份及定位,并指认了18个蛋白亚基,216个叶绿素,48个类胡萝卜素及其他一些辅因子。在PSI-10LHCI结构中,核心复合物的另一侧还结合了两个捕光天线,结构中共构建了23个蛋白亚基,这也是迄今为止解析的最大的PSI-LHCI(约750kDa)结构。结构分析表明,相比于植物PSI,衣藻PSI的每个捕光天线结合更多的叶绿素,且色素分子间形成更多的能量传递通路,因而更有利于光能的捕获和激发能的快速传递。上述研究结果对于在分子水平上理解光系统I超级复合物中的光能捕获和传递的分子机制具有重要意义。

      生物物理所研究员李梅和章新政为该工作的共同通讯作者,副研究员苏小东、马军和潘晓伟为该项工作的共同第一作者,中国科学院院士常文瑞、研究员柳振峰和赵学琳参与了该项研究工作。该研究工作得到科技部重点研发计划、中国科学院B类先导专项、中国科学院前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金、国家“青年相关人才计划”和中国科学院青年创新促进会的共同资助。数据收集和样品分析等工作得到生物物理所“生物成像中心”和蛋白质科学研究平台等有关工作人员的支持和帮助。

相关报告
  • 《生物物理所揭示RADAR超分子机器执行RNA脱氨和抗病毒免疫的机制》

    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:季雪婧
    •     宿主细胞依赖多种免疫应答机制来对抗病毒感染。其中,针对核酸分子的免疫识别和操作是核心的抗病毒免疫策略,广泛存在于从细菌到哺乳动物等几乎所有宿主系统(图1)。相较于哺乳动物细胞稍显复杂的信号转导和调控,细菌往往更为简单高效,其编码的多种抗病毒免疫系统可直接对核酸分子进行切割或修饰(图1)。这种特点使得细菌免疫系统被广泛用于多种生物学工具的开发(如R-M和CRISPR-Cas等),促进整个生命医学领域的发展。   近期,Feng Zhang和Eugene Koonin团队鉴定出拥有全新核酸修饰活性的细菌免疫系统——RADAR(phage restriction by an adenosine deaminase acting on RNA)。RADAR是目前已知唯一可通过催化RNA的A-to-I(adenosine-to-inosine)脱氨来执行抗病毒功能的细菌防御系统,包含两种核心组分即RdrA(ATPase酶活性)和RdrB(腺苷脱氨酶活性),且这两种酶活性对于RADAR执行功能都是必须的。病毒感染后,RADAR被激活并广泛催化宿主及病毒的转录组RNA脱氨,造成被感染细胞的死亡,进而阻断病毒传播。RADAR在抗病毒免疫和RNA修饰方面展现出多种新颖特点,且有潜力被开发为新型的生物学工具,因此受到领域内的广泛关注。当前,关于RADAR的研究仅是冰山一角,还有较多核心科学问题亟待回答。   2月9日,中国科学院生物物理研究所研究员高璞团队在《细胞》(Cell)上,在线发表了题为Molecular basis of RADAR anti-phage supramolecular assemblies的研究论文。该研究发现了RADAR不同组分间的互作关系,揭示了其通过形成新型超分子复合体来实现RNA装载、运输和脱氨修饰的精妙偶联机制,拓展了科学家对细菌-病毒博弈复杂性的认知,并为开发基于RADAR的多种生物学工具提供了思路。   此前已知能催化RNA A-to-I脱氨的酶只有ADAR和ADAT两类,从进化上均属CDA超家族。而RADAR中的脱氨酶组分RdrB,在进化上却属于差别巨大的ADA超家族。RdrB的大小近3倍于经典ADA成员,除催化结构域外还存在多个作用未知的插入区域。为更好地剖析RdrB的功能,研究人员解析了RdrB的高分辨率冷冻电镜结构,发现了12个RdrB按照特定方式组装成一个闭合的笼状结构(~1.1 MDa)。该笼状结构拥有典型的正六面体排列,这在ADA和CDA超家族中均未被报道。这种精巧的组装依赖于催化结构域和多个插入区域的协同作用。进一步的功能实验表明,RdrB亚基间的互作对抗病毒功能至关重要。所有RdrB的催化口袋都朝向笼子的外侧,暗示其随时准备识别和催化临近的底物。   研究通过结构分析和生化验证发现,RdrB并不能有效结合含Stem-Loop元件的底物RNA。那么,对RADAR功能同样关键的另一个组分RdrA,是否会协助RdrB对RNA的修饰?科研人员解析了RdrA的结构发现,RdrA同时组装成单层的7聚体环(~0.75 MDa)和由两个7聚体环叠合而成的双层14聚体环(~1.5 MDa)。每个7聚体环都呈现为顶部结构稳定、而底部结构动态多变的特点,提示这两个区域潜在的不同功能。更重要的是,RdrA环中心形成了一个独特的通道,其直径和表面电荷均符合底物RNA的特点,提示该通道可能用于底物运输。后续生化实验表明,RdrA环与Stem-Loop RNA存在特异性结合,且RNA的存在可显著促进RdrA的ATPase酶活性。接下来,研究人员解析了RdrA与Stem-Loop RNA复合物的结构,捕捉到RNA装载到RdrA环的动态底部的构象。同时,研究发现RNA的装载与ATP的结合存在联动关系,提示RdrA可通过控制ATP水解来发挥其底物的装载和运输功能。   基于上述工作,科研人员基本确定了RdrA负责底物装载和运输,而RdrB负责底物脱氨的功能分工,但不清楚两者如何实现酶活偶联。研究人员通过生化实验确定了RdrA和RdrB之间存在直接互作,并进一步通过结构解析阐明了两者互作的分子细节。RdrA的7聚体环通过其结构稳定的顶部与RdrB笼进行对接,且RdrA环的底物运输通道恰好与RdrB的活性中心对齐,从而实现了底物装载、运输和修饰的巧妙偶联。结构分析还表明,1-12个RdrA 7聚体环可以通过动态的方式与RdrB笼对接。完整组装的RADAR复合体包含96个蛋白亚基,颗粒直径40 nm,仅蛋白部分的分子量达10.1 MDa。   除了RNA类底物,研究还发现RdrB及RdrA-RdrB复合物也可以催化多种小分子代谢类底物(ATP/dATP/ADP/dADP/AMP/dAMP/ adenosine)的脱氨反应。近期有工作表明,细胞内的小分子类inosine大量聚集,也会对细胞产生毒性并使其生长停滞。因此,RADAR对RNA类底物和小分子类底物的脱氨修饰,可能共同推动了其有效的抗病毒功能。   综上,该研究报道了RADAR系统复杂且新颖的超分子复合体组装细节,发现了RADAR实现底物装载、运输及修饰的多酶偶联机制,并为开发基于RADAR的base-editing工具、纳米颗粒载体和新型抗菌疗法等奠定了基础。
  • 《植物所等在红藻光系统I三维结构解析方面取得进展》

    • 来源专题:中国科学院亮点监测
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2018-07-30
    •         光系统I(Photosystem I,PSI)是执行光合作用光反应的一个重要的超大色素-蛋白复合体。它通过一系列复杂的色素网络捕获太阳能,并通过驱动跨膜电子转移从而将光能转化成化学能,被称作自然界中最高效的光能转化装置。目前,国际上已经解析了原核生物蓝藻PSI以及高等植物豌豆PSI的捕光色素蛋白复合体I(LHCI)高分辨率结构,但关于红藻等从原核生物向真核生物过渡的真核藻类的PSI高分辨率三维结构研究还是一个空白。   中国科学院植物研究所研究员、中国科学院院士匡廷云与研究员沈建仁领导的研究组长期从事光合膜蛋白超大复合体的结构与功能研究。近期,研究组通过与清华大学教授、中国科学院院士隋森芳团队开展合作,利用单颗粒冷冻电镜技术首次解析了红藻PSI核心与捕光天线复合物(PSI-LHCR)的3.63 Å分辨率的三维结构。研究发现,红藻中存在2种PSI-LHCR结构状态,分别结合了5个和3个LHCR;与高等植物全部LHCI位于PSI核心一侧不同的是,结合5个LHCR的红藻PSI-LHCR的两个额外LHCR蛋白位于相反一侧,展现了与高等植物PSI-LHCI明显不同的结构,显示了处于原始形态的红藻PSI-LHCR的特征。研究表明,红藻PSI核心既具备了蓝藻PSI的部分特征,也带有高等植物PSI的部分特征,证实了红藻PSI是从原核生物向真核生物进化的中间类型。研究人员还首次确认了真核PsaO亚基在PSI中的位置和结合色素的情况,并确认了红藻LHCR中独特的色素组成。   该研究不仅揭示了红藻PSI-LHCR的独特结构和能量传递特征,显示了红藻PSI结构对环境变化的适应性,以及PSI从原核生物向真核生物进化过程中的结构变化,对于阐明PSI的进化和功能具有重要意义。这是该研究组继2015年解析了高等植物PSI-LHCI高分辨率三维结构之后的又一重要进展。   该研究成果于4月9日在线发表于国际学术期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)。清华大学博士研究生皮雄和植物所沈建仁研究组博士后田立荣为论文共同第一作者,沈建仁和隋森芳为共同通讯作者,匡廷云参与了该研究的整体设计。该研究得到了科技部国家重点研发计划、国家自然科学基金委、中国科学院先导项目、前沿重点项目和院长基金的共同资助。