《科学家们提出了生物法合成萜烯类化合物的新机制》

  • 来源专题:可再生能源
  • 编译者: pengh
  • 发布时间:2020-05-15
  • 萜烯广泛应用于医药、食品添加剂、化妆品、生物防治、能源工业等诸多领域。近年来,萜烯类化合物因其具有高能量密度、低冰点、低碳排放等优点而受到越来越多的关注,可用于制造高性能、高密度的航空燃料。

    萜烯的传统生产方法是从天然植物中提取或化学合成。但两种方法均存在收率低、能耗高、工艺复杂、污染严重等问题。随着合成生物学的发展和对绿色能源和可持续能源需求的不断增加,利用可再生糖作为原料和转基因微生物作为宿主生产所需产品成为新的研究热点。

    青岛生物能源与生物处理技术研究所(QIBEBT)的张海波教授说:“相当多的微生物发酵产品都是有机溶剂,对宿主细胞有一定的毒性。”“然而,大多数关于微生物工程产生各种化学物质的研究集中在提高宿主菌株的代谢效率,而相对较少的研究集中在提高宿主菌株对有毒产品的耐受性。”

    为了提高大肠杆菌BL21(DE3)对sabinene(一种双环单萜)的耐受性,张教授的团队通过适应性实验室进化(ALE)对该菌株进行了进化,获得了一个耐sabinene的突变体XYF(DE3)。XYF(DE3)的sabinene产量达到191.76 mg/L,是亲本的8.43倍。

    该小组还通过基因组重测序、转录组分析和横向工程揭示了与提高XYF(DE3)耐受性相关的关键通路和基因。首次发现ybcK、ygiZ和scpA基因对大肠杆菌BL21(DE3)的萜烯类耐药有重要影响。

    本研究为合理设计sabinene甚至其他萜类化合物的微生物合成系统提供了有价值的信息。

    相关进展发表在《生物燃料的生物技术》杂志上。这项工作得到了中国科学院青年创新促进会、海南省研发计划重点项目和中国科学院大连清洁能源国家实验室的支持。

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  • 《研究阐明利福霉素生物合成新机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-06-25
    • 结核病不仅有导致大量人类死亡的历史事件,而且至今仍是危害公共健康的顽固性呼吸道传染病。利福霉素类化合物是由地中海拟无枝酸菌产生的一类具有广谱抗菌作用的抗生素,对结核杆菌、麻风杆菌、链球菌、肺炎球菌等革兰氏阳性细菌,特别是耐药性金黄色葡萄球菌具有很强的拮抗作用,同时对某些革兰氏阴性细菌也有效果。由天然产物利福霉素SV或利福霉素B进行化学半合成的利福平、利福喷丁、利福布丁等药物进入了世界卫生组织的基础药物目录,作为一线抗结核药物挽救了数以万计结核病人的生命。自1957年首次发现以来,利福霉素的生物合成途径一直是生物化学家们的研究热点。尽管前期利用同位素标记和基因敲除(敲入)等方法已阐明其生物合成途径中的大部分环节,但利福霉素SV是如何转化为利福霉素B的这个关键环节却长时间困扰着科学界。 日前,由中国科学院青岛生物能源与过程研究所研究员李盛英带领的酶工程研究组,与中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所赵国屏和肖友利研究组,以及中国科学院上海有机化学研究所唐功利团队的多名学者合作,在国际上首次阐明了利福霉素SV转化为利福霉素B的详细生物合成途径及酶催化反应机制,相关成果已在线发表于最新出版的《自然-通讯》(Nature Communications)期刊上。 基于2011年赵国屏研究组通过分子遗传学方法确认关键基因Rif15/16负责利福霉素SV到B转化的体内研究工作基础,该工作中研究人员成功在大肠杆菌中异源表达得到可溶性的转酮酶Rif15和细胞色素P450单加氧酶Rif16,在体外通过酶活重建、产物结构表征、13C标记实验和Rif16晶体结构解析彻底阐明了利福霉素SV转化为利福霉素B的生物合成途径及这两个酶的功能和催化机制,改写了Ghisalba等在36年前提出的“旧模型”(J. Antibiot. 35, 1982: 74-80)。研究团队发现,利福霉素SV首先在有氧条件下可自发被氧气化学氧化成利福霉素S,进而在转酮酶Rif15的作用下将2-酮糖的一个C2基团转移至利福霉素S上并重排生成含有C-O酯键结构的利福霉素L。接着P450单加氧酶Rif16拔取利福霉素L C-39位羟基上的氢原子,形成的氧自由基进攻临近芳环C-4位形成五元环结构,然后再经一系列电子重排和第二次C-1位置酚羟基上氢原子的拔取,生成不稳定的中间体化合物利福霉素O。该化合物在电子供体NADPH存在条件下,迅速被水解还原形成稳定的终产物利福霉素B。在此过程中,转酮酶Rif15表观上催化一个独特的C-O成键反应(通过常规的C-C成键和非常规重排形成);而P450单加氧酶Rif16则通过一个五元环的介导,成功实现了一种十分罕见的“酯醚转化”反应。这两个全新催化机制的发现,进一步拓宽了转酮酶和P450单加氧酶这两种常见生物催化剂的催化反应类型,加深了领域内对这两种酶的认识。该项研究的成功还将为进一步利用合成生物学方法有效进行新型利福霉素发现和工业菌种改造,进一步提升利福霉素的产量提供全新的理论依据。 青岛能源所助理研究员齐飞飞和植生生态所博士雷超为该论文的共同第一作者。李盛英和肖友利为论文的共同通讯作者。该研究获得了山东省合成生物学重点实验室、山东省自然科学基金重大基础研究计划、中国科学院前沿重点研究项目和大科学计划培育项目、国家自然科学基金以及上海市科学技术委员会基金的支持。
  • 《微生物所叶健团队揭示红光调控植物抗虫媒病毒新机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-01-13
    • 病害三角(disease triangle)是描述疾病流行规律的理论,该理论指出“病害三要素”为致病病原生物、易感宿主和适合的环境条件三者相互作用才能引起侵染性病害。已知超过1480种植物病毒中,近80%由媒介昆虫传播,植物虫传病毒是制约我国农作物高产稳产的主要因素之一。以往作物病毒病害的研究注重于病毒和植物宿主两个方面,而实际上参与病毒传播、病害发生的因子还有传毒媒介昆虫以及光照、温度、气候、生物周期节律等环境因子。作为人类赖以生存的最重要生化反应,植物光合作用主要吸收红光和蓝紫光并存储为化学能,最终为人类和其他动物提供必需的食物和能量。光作为主要的环境因子,不仅调控植物生长发育的每个环节,而且同病害的流行爆发紧密相关。然而光是如何影响植物抗病性,病原微生物又是如何适应宿主抗性机制从而促进自身的传播等问题,尚亟待得到科学解答。 近日,中国科学院微生物所叶健课题组在PLoS Pathogens在线发表了题为Red-light is an environmental effector for mutualism between begomovirus and its vector whitefly的研究论文。该研究发现植物双生病毒卫星DNA编码的βC1蛋白可以通过靶向光信号途径的PIF转录因子家族调控的虫媒病毒抗性,促进虫媒病毒的快速传播,揭示了光调节双生病毒-烟粉虱-植物三者互惠共生的新机制。   本研究在前期工作的基础上,进一步以双生病毒中国番茄黄化曲叶病毒TYLCCNV与卫星DNA形成的侵染复合物为研究对象,发现双生病毒卫星感病植物和对媒介昆虫烟粉虱的吸引作用只有在光照条件下才会发生,而在黑暗条件下不会发生(图1A和1B)。已有研究表明βC1是病毒编码的关键决定因子,进一步利用单色光LED灯箱进行昆虫双选择实验,发现βC1转基因植物只有在红光和含有红光的白光条件下发生,而在黑暗、远红光和蓝光条件下没有显著差异 (图1C)。烟粉虱等大多数昆虫的视觉系统缺乏红光受体,是“红色色盲”,所以这种光依赖的烟粉虱选择行为改变主要是病毒感染植物后影响了昆虫嗅觉识别植物。 当植物受到昆虫取食后,会产生一系列的化学挥发物来调控昆虫的行为来趋避食草昆虫,其中萜烯类化合物 (Terpenes) 是植物挥发物中最丰富的一类化合物,研究报道部分倍半萜和单萜会趋避昆虫。该研究通过酵母双杂交筛选实验鉴定到光信号中的关键蛋白光敏色素互作蛋白 (PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR 3, PIF3) 可以与βC1蛋白互作,进一步Co-IP实验证明PIF3与βC1在光照和黑暗条件下均可以在植物体内互作 (图2A)。PIFs蛋白可以直接结合萜烯合酶 (Terpene synthase,TPS) 基因的启动子促进其转录 (图2B和2C),因此在PIF过表达的植物中,介体昆虫烟粉虱的产卵量减少、伪蛹发育缓慢 (图2D和2E),说明PIFs蛋白具有直接的抗虫作用。通过竞争性BiFC和pull-down实验发现βC1蛋白可以通过干扰PIF蛋白二聚体的形成不同程度的抑制其转录激活活性 (图2C)。 植物激素茉莉酸(jasmonic acid, JA)是一种介导植物抗虫的重要激素,转录因子MYCs是JA途径中的关键调控因子。MYC家族转录因子调控下游多种抗虫相关次生代谢物质的合成代谢相关基因,包括TPS基因。该课题组早期研究发现双生病毒βC1可以靶标MYC2, 通过干扰其二聚体的形成抑制MYC2-介导植物抗虫反应,与其媒介昆虫烟粉虱形成的互惠共生关系(Li et al. Plant Cell 2014)。PIF蛋白参与植物多个信号通路以参与发育过程以及不同的胁迫响应,包括光和JA途径。研究报道AtPIF4与AtMYC2相互作用,该研究还发现AtPIFs-AtMYC2的互作在一定程度上抑制了TPS基因的表达,而βC1可以促进AtPIF4-AtMYC2异源二聚体的互作进而进一步抑制TPS的表达,促进昆虫的取食。结合以上研究结果该论文提出以下工作模型:在健康植物中,PIFs和MYC2形成同源二聚体,结合在TPS基因启动子的不同区域,共同调节TPS基因表达,从而趋避烟粉虱;当植物受到双生病毒感染后,βC1一方面可以抑制PIFs或MYC2同源二聚体的形成,一方面又可以促进PIF- MYC2异源二聚体的形成,最终抑制了植物对烟粉虱的抗性反应,促进烟粉虱的取食,促进病毒的传播与扩散。本研究解析了光和JA信号共同调节病毒-昆虫-植物三者互作的新机制,为防控虫媒病害提供新的靶点,也为实现利用单色LED灯绿色防控双生病毒病害提供理论依据。 该文章由叶健课题组的副研究员赵平芝、助理研究员张璇和已毕业硕士研究生龚雨晴为共同第一作者,课题组王端、王宁、孙艳伟、高连博为文章的共同作者。值得一提的是,该研究得到了方荣祥院士、北京大学邓兴旺院士、美国加州大学戴维斯分校Daniel J. Kliebenstein教授、中国农业科学院植物保护研究所周雪平教授、南京农业大学教授许冬清、浙江大学刘树生教授的大力支持,也为该文的共同作者,叶健研究员为通讯作者。感谢清华大学陈浩东教授和中国农业大学李继刚教授提供了宝贵的抗体材料。该研究受到国家自然科学基金重点项目、国家重点研究和发展计划生物安全专项、国家相关人才计划等项目的支持。