《Oncogene|上海药物所李佳课题组揭示新颖内核膜蛋白TMEM201对乳腺癌转移的正向调控作用》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-12-08
  • 核膜蛋白是核膜各项功能职责的行使者,根据分布位置不同,被分为外核膜蛋白、内核膜蛋白以及核孔复合物三大类。目前已有功能报道的核膜蛋白不足百个,主要功能报道集中在细胞迁移与转移、核运动、有丝分裂、DNA 损伤修复、衰老,以及基因组稳定性调控等多种肿瘤发生发展相关领域,但具体调控机制并不清晰。新颖内核膜蛋白transmembrane protein 201 (TMEM201) 是新发现的位于内层核膜的多次跨膜整合蛋白,自被鉴定发现以来,在多项组学研究中被检测到,但尚未有任何关于其结构和功能的介绍。
      2021年11月19日,中国科学院上海药物研究所李佳团队在国际知名期刊Oncogene杂志上在线发表了题为Inner nuclear membrane protein TMEM201 promotes breast cancer metastasis by positive regulating TGFβ signaling的研究成果。该项研究首次揭示TMEM201在乳腺癌转移过程中的正面调控作用和分子机制,即TMEM201通过直接相互作用促进TGFβ信号通路核心蛋白SMAD2/3的磷酸化,进而促进乳腺癌中EMT过程的发生,最终导致乳腺癌转移加重。
      该研究中,科研人员首先通过包括TCGA在内的多个肿瘤表达数据库筛选发现表达水平与三阴性乳腺癌恶化显著性正相关的内核膜蛋白TMEM201,就此展开针对该蛋白对三阴性乳腺癌转移调控的系统性研究。结果显示,不论体外还是体内实验,TMEM201均表现出对乳腺癌肺转移的显著促进作用。
      进一步的组学研究提示TMEM201参与介导乳腺癌转移重要信号通路——TGFβ信号通路,对TGFβ上下游核心介导因子的系统性考察结果显示,TMEM201的缺失可显著降低SMAD2/3的磷酸化水平,但并不影响其本底蛋白的表达水平。激光共聚焦实验和免疫共沉淀实验共同表明,TMEM201与SMAD2/3存在直接相互作用。
      该项研究首次揭示了内核膜蛋白TMEM201的生物学功能,发现TMEM201通过与R-SMADs直接相互作用正向调控乳腺癌转移的发生与发展,进一步完善了对内核膜蛋白这类“神秘蛋白”功能调控网络的认识。
      上海药物所博士后孔亚为本文独立第一作者,李佳研究员和臧奕研究员为本文共同通讯作者。上海药物所为该研究的第一完成单位。特别感谢复旦大学附属肿瘤医院柳素玲教授和上海药物所谭敏佳研究员提供的支持与帮助。该项研究获得了国家自然科学基金、上海市“超级博士后”激励计划和上海市科学技术委员会的资助。
      全文链接:https://www.nature.com/articles/s41388-021-02098-5#Sec15

  • 原文来源:http://www.simm.ac.cn/web/xwzx/kydt/202112/t20211207_6290165.html
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  • 《上海药物所李佳课题组揭示AMPK促进DNA双链损伤修复的新机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-03-04
    • 2021年2月16日,中国科学院上海药物研究所李佳研究员和臧奕研究员共同在国际知名期刊Cell Reports杂志上在线发表了题为“AMPK-Mediated Phosphorylation on 53BP1 Promotes c-NHEJ”的研究成果。该项研究首次深入阐明了AMPK促进DNA双链损伤修复的作用方式以及具体机制,发现了AMPK通过对新底物53BP1的磷酸化修饰促进c-NHEJ修复,从而维持基因组的稳定性。   单磷酸腺苷激活的蛋白激酶AMPK是细胞中重要的能量感受器和调节器,在调控糖脂代谢、细胞生长、细胞极性、细胞有丝分裂和细胞凋亡等多种生命活动中发挥着重要作用。近年来,陆续有报道指出AMPK可能参与DNA损伤修复这一重要的生命过程,但具体作用机制不明。 DNA双链断裂(DSB,DNA double-strand break)是所有DNA损伤类型中最为严重的损伤,能引起细胞凋亡与染色体结构变化。DNA双链断裂损伤修复(DSBR,DNA double-strand break repair)的调控与肿瘤发展、肿瘤化疗与耐受息息相关。在本项研究中,科研人员在此修复类型中对AMPK的生物学功能进行了进一步细致的考察。   研究团队发现,在DSB发生时,AMPKα2催化亚基会被迅速招募到损伤位点,且AMPKα1/α2双催化亚基的敲除会引起DSB修复效率下降以及细胞电离辐射敏感性增高,进一步确证了AMPK参与DSBR。深入研究其参与的具体修复方式,科研人员发现AMPKα催化亚基的缺失会导致非同源末端连接(c-NHEJ)修复活性下降,以及在B细胞成熟过程中的依赖于c-NHEJ的抗体类别转换重组(CSR)的缺陷。在进一步的机制研究中,科研人员发现,AMPK可通过磷酸化调控DSB损伤修复中的关键蛋白53BP1,促进其在损伤修饰位点H4K20me2的稳定聚集,以及招募下游效应蛋白RIF1启动通路,该磷酸化调控在促进修复完成和维持基因组稳定性中发挥重要作用。 本研究不仅揭示了AMPK参与DNA损伤修复调控的新机制,并且丰富了AMPK的下游调控网络和53BP1的上游修饰调控,激励着科研团队进一步探索AMPK在能量代谢和DNA损伤修复之间的联系。   上海药物所的博士研究生江越菁、董莹为本文的共同第一作者。上海药物所是本研究的第一完成单位。该项工作得到了中国科学院生物化学与细胞生物学研究所孟飞龙研究员,上海药物所谭敏佳研究员、黄敏研究员以及浙江大学黄俊教授的帮助。该研究获得了国家自然科学基金、国家相关人才计划、上海市“科技创新行动计划”和中国科学院王宽诚人才奖的资助。
  • 《Cell Discov | 上海药物所合作揭示HDAC1/2/3为组蛋白去琥珀酰化酶》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-08-21
    • 赖氨酸琥珀酰化修饰 (Lysine succinylation,Ksu)是以琥珀酰辅酶A为底物受酶或非酶催化形成的赖氨酸酰化修饰家族的重要成员之一,广泛存在于各个物种间,主要分布在细胞线粒体、细胞核和细胞质中。目前,已报道KAT2A和HAT1作为琥珀酰化转移酶,分别催化H3K79su和H3K122su,而CBP/p300也被报道参与催化组蛋白琥珀酰化,并且组蛋白琥珀酰化修饰可以促进转录表达、肿瘤细胞增殖和发展等。同时,SIRT5是目前已报道主要的去琥珀酰化酶。SIRT5是Sirtuin家族NAD+依赖的去酰化酶,主要存在于线粒体中,SIRT5缺失会导致线粒体蛋白高度琥珀酰化,参与调控脂肪酸代谢和TCA循环等生物过程。最近发现SIRT7可以去除H3K277su,但是主要的组蛋白去琥珀酰化酶是否是Sirtuin家族尚不清楚。   为解决上述问题,华东师范大学翁杰敏教授、魏伟副研究员与中国科学院上海药物研究所黄河研究员于2023年8月15日在Cell Discovery杂志在线发表了题为“HDAC1/2/3 are major histone desuccinylase critical for promoter desuccinylation”的研究论文,首次揭示I类HDACs (HDAC1/2/3) 而非Sirtuin家族是主要的组蛋白去琥珀酰化酶,参与调控基因启动子区域的组蛋白琥珀酰化修饰从而影响转录调控。   为了探究主要的组蛋白去琥珀酰化酶是SIRTs还是HDACs,研究人员在不同细胞系中使用广谱HDACs抑制剂TSA和广谱SIRTs抑制剂NAM处理,发现TSA处理可以显著增强不同细胞系中整体组蛋白琥珀酰化修饰水平,而NAM处理对整体组蛋白琥珀酰化修饰影响不大,仅增强H3K122su修饰水平,与之前报道SIRT7负责去除H3K122su相符。上述结果表明,HDACs负责调控更广泛的组蛋白琥珀酰化位点,而SIRTs可能只负责调控某个特定的组蛋白琥珀酰化位点,如H3K122su。此外,通过分离细胞核、细胞质和线粒体蛋白发现,HDACs去琥珀酰化底物蛋白主要是组蛋白,而SIRTs尤其是SIRT5可能主要负责线粒体蛋白的去琥珀酰化。   由于MS275(HDAC1/2/3选择性抑制剂)和TSA处理后组蛋白琥珀酰化增强效果相近,研究人员猜想HDAC1/2/3是HDACs中主要的组蛋白去琥珀酰化酶。通过单独敲除HDAC1、HDAC2或HDAC3发现,组蛋白琥珀酰化修饰未见显著升高,说明HDAC1/2/3可能存在代偿作用。然而,共敲除HDAC1/2/3可以显著增强组蛋白琥珀酰化修饰,包括H3K14su和H3K23su。过表达HDAC1/2/3而非其酶失活突变体显著降低组蛋白琥珀酰化修饰,包括H3K23su。此外,通过体内纯化HDAC1/2/3进行体外酶活实验发现,HDAC1/2/3展现显著的组蛋白去琥珀酰化能力,而酶失活突变体HDAC1/2/3不能。上述结果表明HDAC1/2/3是哺乳动物细胞中主要的组蛋白去琥珀酰化酶。   最后,研究人员通过对是否经过TSA处理的细胞采用Pan-Ksu和H3K23su抗体进行ChIP-seq来获取整体的组蛋白琥珀酰化基因组分布情况。研究发现,TSA处理可以显著增强基因启动子区域的琥珀酰化水平。同时,结合转录组分析发现TSA处理后转录上调的基因,其启动子区域组蛋白琥珀酰化经TSA处理后也增强,说明HDAC1/2/3可以通过调控基因启动子区域组蛋白琥珀酰化水平参与转录调控,并且组蛋白琥珀酰化水平与转录激活正相关。   综上,该研究首次揭示HDAC1/2/3而非SIRTs是主要的组蛋白去琥珀酰化酶,并首次在体外验证了HDAC1/2/3强大的组蛋白去琥珀酰化能力。除此之外,该研究还发现HDAC1/2/3通过影响基因启动子区域的琥珀酰化水平调控基因转录,为组蛋白琥珀酰化的生理功能和病理研究提供了新思路。   华东师范大学翁杰敏教授、魏伟副研究员和上海药物所黄河研究员为本文的共同通讯作者。华东师范大学附属芜湖医院博士后李佳伦、华东师范大学生命科学院博士研究生卢璐和中国科学院上海营养与健康研究所博士研究生刘玲玲为该论文的共同第一作者。本研究得到国家自然科学基金委、上海市科技委员会资助。   全文链接:https://www.nature.com/articles/s41421-023-00573-9