《34份人类癌症和对应的正常组织中的ACE2和TMPRSS2表达的临床、HLA、免疫和微生物相关性:对SARS-COV-2和COVID-19的启示》

  • 来源专题:实验室生物安全
  • 编译者: 张虎
  • 发布时间:2020-06-16
  • 背景:ACE2受体和蛋白酶TMPRSS2促进了SARS-COV-2感染引起的大流行COVID-19。大小适中的病例系列已描述了与COVID-19相关的临床因素,而ACE2和TMPRSS2表达分析已在某些细胞类型中进行了描述。癌症患者对COVID-19的预后可能更差。方法:我们通过几个现有数据库(癌症基因组图谱,免疫单细胞表达图谱普查,人类细胞分布图等),通过正常与肿瘤进行了跨器官系统内部和内部的ACE2和TMPRSS2基因表达的综合研究。 。我们将基因表达与临床因素(包括但不限于年龄,性别,种族,BMI和吸烟史),HLA基因型,免疫基因表达模式,细胞亚群,单细胞测序以及共生微生物组相关联。结果:相匹配的正常组织通常显示出比癌症更高的ACE2和TMPRSS2表达,而来自消化器官的正常和肿瘤表达水平最高。尽管观察到某些因素导致器官系统异常,但没有一致地确定与基因表达水平显着相关的临床因素。同样,没有HLA基因型始终与基因表达水平相关。观察到ACE2表达水平与多个免疫基因标志之间存在强相关性,包括干扰素刺激基因和T细胞发炎的表型,以及与血管生成和转化生长因子-β标志的负相关。 ACE2与跨肿瘤类型的巨噬细胞亚群呈正相关。 TMPRSS2较少与免疫基因表达相关,但与上皮细胞丰度强烈相关。九项独立研究中的单细胞测序分析表明,淋巴细胞或巨噬细胞中几乎没有ACE2或TMPRSS2表达。 ACE2和TMPRSS2基因表达与匹配的正常组织(特别是大肠癌)的共生菌群相关,不同的细菌群体显示出很强的关联性。结论:我们在临床,遗传和微生物组领域进行了ACE2和TMPRSS2基因表达的大规模整合。我们确定与微生物群的新型关联,并确认与基因表达的宿主免疫关联。我们建议在从较小病例系列中提出的与ACE2表达的遗传关联的解释中谨慎行事。

  • 原文来源:http://medrxiv.org/content/early/2020/04/30/2020.04.29.20082867.abstract
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    • 编译者:zhangmin
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    • 1.时间:2020年4月25日 2.机构或团队:迈阿密大学米勒医学院、斯克里普斯研究所计算生物学和生物信息学中心 3.事件概要: 4月25日,Inflammatory Bowel Diseases期刊发表了来自迈阿密大学米勒医学院,斯克里普斯研究所计算生物学和生物信息学中心研究团队的题为“Expression of SARS-CoV-2 Entry Molecules ACE2 and TMPRSS2 in the Gut of Patients With IBD”的文章。 文章指出,炎症性肠病(IBD)患者患有肠道炎症,并接受免疫调节药物治疗。该文章旨在研究IBD患者是否会更容易感染COVID-19。研究通过定量聚合酶链反应在IBD的动物模型中检查了Ace2和Tmprss2的表达。该文章检查了来自IBD患者的类器官和黏膜活检组织的公开可用数据,以检测ACE2和TMPRSS2的表达。文章还对来自注释良好的患者样品中富含CD11b的细胞以及外周和固有层T细胞进行了RNA测序。 该文章报道的结果如下:ACE2和TMPRSS2分子在回肠和结肠中大量表达,并在肠上皮细胞中表达程度高。在动物模型中,炎症导致上皮细胞Ace2的表达下调。与对照组的患者相比,患者样品中ACE2和TMPRSS2的表达没有增加。在富含CD11b的细(而非T细胞)中,粘膜中ACE2和TMPRSS2的表达水平与其他功能性粘膜基因相当,并且不受炎症影响。抗肿瘤坏死因子药物、vedolizumab、ustekinumab和类固醇与富含CD11b的细胞中ACE2的表达明显降低有关。 4.附件: 原文链接https://academic.oup.com/ibdjournal/advance-article/doi/10.1093/ibd/izaa085/5825063?searchresult=1
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