在栖息地丧失速度加快和全球气候变化情况下如何最大限度地保护生物多样性对于生物资源开发、环境保护等方面起着至关重要的作用。系统发育多样性由于其一定的优势（如与传统分类学相比能够识别进化历史对当代物种组合模式的某些影响等），成为生物多样性保护中的一个重要方面。近年来，植物系统学的发展及区域性生命之树的构建，为从进化历史的角度开展植物区系研究提供了良好的契机。
2019年8月27日，中国科学院昆明植物所在Journal of Systematics and Evolution发文，以中国植物多样性最为丰富的地区云南为例，结合该地区野生被子植物的地理分布及其系统发育关系，探讨了分类群丰富度、系统发育多样性及系统发育多样性残差的空间分布格局，并在此基础上，融合历史生物地理学信息，揭示了云南被子植物区系的形成原因。结果表明：在属种水平上，云南被子植物区系的系统发育多样性与分类群丰富度相关性较高，其中，滇西北与滇南地区的植物区系具有较高的分类群丰富度与系统发育多样性；相对于分类群丰富度来说，滇西北植物区系的系统发育多样性比期望值低，且具有丰富的温带植物谱系，表明该区域植物区系的形成以就地演化（in situ diversification）为主；滇南植物区系的系统发育多样性比期望值高，并具有丰富的热带植物谱系，表明该地区植物区系的形成以迁移扩散为主。研究进一步提出为有效保护生物的多样性，不同进化过程的植物区系应采取不同的保护策略的观点。
