以前关于水稻土长期施用粪肥的研究主要集中在对反硝化作用、抗生素和抗生素抗性基因（ARGs）的影响，而没有考虑对厌氧氨氧化（anammox）的影响。因此我们调查了全国六个水稻长期试验点，三种施肥方式（C，不施肥；N，矿物肥料，NM，N加猪粪）对厌氧氨氧化和反硝化的潜在作用率，抗生素和AGR的发生率。厌氧氨氧化（0.11-3.64nmolNg-1h-1）和反硝化（1.5-29.05nmolNg-1h-1）的潜在比率与厌氧氨氧化基因（hzsB）和反硝化作用基因（narG ，nirK，nirSand nosZ）相关。厌氧氨氧化和反硝化速率受土壤有机碳（SOC）影响，且与N处理相比，NM处理的厌氧氨氧化和反硝化速率显着（p <0.05）增加。尽管与N处理相比，猪粪施用增加了抗生素浓度和ARG的丰度，但增加的抗生素并不直接影响厌氧氨氧化和反硝化速率。研究结果表明，长期施用猪粪显着提高了抗生素浓度、ARGs丰度以及厌氧氨氧化和反硝化作用的速率，并且猪粪来源的抗生素对厌氧氨氧化和反硝化作用的影响很小。这是第一份调查长期施用猪粪对稻田土壤厌氧氨氧化影响的报告。应更加重视稻田土壤猪粪施用引起ARGs增加的潜在生态风险。
