在温室农业土壤中长期使用有机肥料(OM)引起的抗生素污染对土壤环境产生潜在的不利影响。在实验室土壤条件下,连续十次施用含有金霉素(CTC)和/或环丙沙星(CIP)的有机肥料(OM),我们研究了土壤中CTC和CIP消散和累积特征、微生物污染引起的生态群落耐受性(PICT)的变化、以及土壤微生物组中抗生素抗性基因(ARGs)的多样性和丰度。CTC的消散速度很快,而CIP在反复处理的土壤中不断累积;而且,CIP可以抑制CTC的消散。同时,与第一次施肥相比,经过十次连续施肥,针对CTC和/或CIP引起的生态群落耐受性(PICT)增长了15倍。随着施肥频次的不断增加,经过元基因组和定量聚合酶链反应分析发现,四环素抗性基因tetA(G)、tetX2、tetX、tetG、tetA(33)、tetA、tetW和tetA(P),氟喹诺酮耐药基因qnrA6和多重抗性基因组mexF的丰度存在显着上升趋势。研究结果表明,重复施用CTC和/或CIP可以改变消散率、增加CTC和/或CIP引起的生态群落耐受性(PICT),并逐步增加抗生素抗性基因(ARGs)的丰度。