《Cell|单细胞分辨率下的循环和衰老小鼠雌性生殖道》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-02-08
  • 2024年2月6日,德国癌症研究中心等机构的研究人员在Cell上发表题为The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution的文章。

    女性生殖道 (FRT) 在生殖周期中经历了广泛的重塑。这种反复的重塑以及它如何塑造器官特异性衰老仍然很少被探索。

    使用单细胞和空间转录组学,该研究系统地表征了在小鼠发情周期的每个阶段、蜕膜化和衰老期间卵巢、输卵管、子宫、子宫颈和阴道中发生的形态学和基因表达变化。这些分析表明,成纤维细胞通过协调细胞外基质 (ECM) 重组和炎症,在 FRT 重塑中发挥核心和高度器官特异性作用。该研究结果提出了一个模型,其中生殖寿命中的复发性FRT重塑驱动了纤维化和慢性炎症的逐渐,与年龄相关的发展。使用循环的化学消融直接测试了这一假设,该消融减少了衰老过程中的纤维化积累。该研究的图谱提供了关于发情、怀孕和衰老如何塑造女性生殖道器官的广泛细节,并揭示了生殖所需的反复重塑的意外成本。

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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-11-20
    • 本文内容转载自“ CNS推送BioMed”微信公众号。原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/h2bfRORefRZYwtO9svZ6fA 2023年11月15日,华盛顿大学西雅图分校等机构的研究人员在 Nature 期刊发表了题为Embryo-scale reverse genetics at single-cell resolution的研究论文。 单细胞转录组学技术的成熟促进了全胚胎全面细胞图谱的产生。然而,这些数据中的大多数是从野生型胚胎中收集的,没有对发育过程中存在的潜在变异进行评估。 该研究展示了“受干扰胚胎的斑马鱼单细胞图谱”:来自1812个独立解决的发育中的斑马鱼胚胎的单细胞转录组数据,包括19个时间点,23个遗传扰动和总共320万个细胞。在该研究中,高度复制(每种条件下8个或更多胚胎)使研究人员能够估计细胞类型丰度在生物体范围内的差异,并检测相对于野生型胚胎的细胞类型组成的扰动依赖偏差。研究人员的方法对罕见的细胞类型很敏感,解决了脑神经节神经元的发育轨迹和遗传依赖性,脑神经节神经元的细胞群占胚胎的比例不到1%。 此外,单个突变体的时间序列分析鉴定了一组与脊索鞘细胞具有惊人相似转录组的短轴独立细胞,这导致了关于头骨早期起源的新假设。研究人员预计,来自大量个体胚胎的高分辨率、生物体尺度单细胞数据的标准化收集将使斑马鱼细胞类型的遗传依赖性制图成为可能,同时也解决了发育遗传学中长期存在的挑战,包括个体表型多样性背后的细胞和转录可塑性。
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-10-01
    • 2023年9月27日,MIT化学系、Broad 研究所的王潇研究组在Nature上发表了题为Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution的文章。研究人员采用原位测序技术STARmap PLUS,以194 X 194 X 345 nm3体素尺寸在亚细胞分辨率水平上对成年小鼠全脑和脊髓中17个冠状切面和3个矢状切面组织切片中的1,022个基因进行了检测,使用细胞分割算法ClusterMap得到了109万个高质量空间分辨单细胞基因表达。通过大规模的单细胞分析注释,用空间基因表达定义了更精细的组织区域。 这项工作为理解小鼠中枢神经系统提供了一个大规模的分子空间图谱,囊括了超过一百万个细胞,以及他们的基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分子组织区域类型,以及遗传操作可及性。这项工作为建立分子空间图谱提供了实验和计算的框架,涵盖了从单个RNA分子到单细胞再到器官组织区域的跨越多个空间尺度的分析,为神经科学研究提供了重要的数据和工具。作者们已将这套图谱开放共享(http://brain.spatial-atlas.net/),供研究者探索。 本文内容转载自“BioArt”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/u5Q6AL3JL83XDEiLJjKKuQ