欢迎来到2019年10月18日的研究综述报告，这是Broad Institute的科学家及其合作者发表的近期研究的重复快照。
通过更大的遗传多样性改善生物学
GWAS数据集中的祖先多样性水平较低，可能会限制科学家对疾病生物学的了解，并加剧全球健康差异。斯坦利精神病学研究中心的黄海亮和他的同事在《细胞》杂志的一篇入门文章中，概述了研究方法上的陷阱以及对那些研究来自更多不同人群的数据的建议。这些考虑因素包括基因分型技术，数据质量控制标准，统计方法等等。作者还提供了各种全基因组序列数据来源的目录，并描述了需要改进分析方法的领域。在此新闻稿中，阅读更多来自弗吉尼亚联邦大学的新闻。
获得它的GIST
大多数胃肠道间质瘤（GIST，一种常见的胃肠道癌）可以用靶向激酶抑制剂治疗，但是大约有10％到20％的人缺乏必要的突变。在《自然》杂志上，威廉·弗拉瓦汉（William Flavahan），约坦·德勒（Yotam Drier），萨拉成员约翰·史东（Sarah Johnstone），表观基因组学计划主任布拉德利·伯恩斯坦（Bradley Bernstein）及其同事表明，其中一些肿瘤具有表观遗传学改变，这些改变打破了基因组中的结构障碍，从而使基因远离其他基因的增强子（ “打开”开关）。分子错误激活了称为FGF4的致癌基因，并使肿瘤易受称为FGFR抑制剂的药物的影响，无论是单独使用还是与标准GIST治疗舒尼替尼一起使用。在马萨诸塞州综合医院的新闻稿中了解更多信息。
一两拳给肿瘤
弥漫性固有桥神经胶质瘤（DIPG）（一种无法治愈的小儿癌症）中的染色质调节发生改变。包括杰米·阿纳斯塔斯（Jamie Anastas）（波士顿儿童医院/ HMS），准成员Mariella Filbin和Yang Shi以及核心研究所成员和癌症计划主任Todd Golub在内的一个团队使用CRISPR筛选显示了抑制组蛋白脱乙酰基酶（HDAC）使细胞对脱甲基酶LSD1敏感。他们在《癌细胞》杂志上的报道显示，Corin是HDAC和LSD1的双重抑制剂，在体外和异种移植物中均能有效抑制DIPG的生长。它会引起转录变化，与患者的生存时间增加有关，这表明表观遗传学疗法可以帮助治疗这些肿瘤。
基因组的基因计数：仍在上升
解密人类基因组所面临的主要挑战是精确识别包含蛋白质编码序列的所有区域。由机器学习工具PhyloCSF比较多个物种的基因组以预测功能性，保守的蛋白质编码序列，由Irwin Jungreis，副成员Manolis Kellis和同事领导的小组报告了对人类蛋白质编码DNA的新见解，老鼠，鸡，苍蝇，蠕虫和蚊子的基因组。在他们的发现中，研究人员报告了70个以前未检测到的蛋白质编码基因，并揭示了118个GWAS变体以前被认为是非编码的，实际上是在改变蛋白质。阅读Genome Research中的完整故事。
现在正在筛选：基于图像的表型
科学家利用基因筛选扰动哺乳动物细胞中的基因，以了解这些基因的作用。汇集的屏幕采用相同的方法，可以按常规缩放以分析更多的遗传扰动，但与成像不兼容，因此无法同时对许多细胞特征进行高分辨率测量。大卫·费尔德曼（David Feldman），阿夫塔·辛格（Avtar Singh），核心研究所成员保罗·布莱尼（Paul Blainey）及其同事开发了一项新技术，该技术将大规模的混合遗传筛选与基于图像的表型结合起来，以研究基因如何影响复杂的细胞过程，并正在继续开发和应用该方法。通过与癌症计划，成像平台，克拉曼细胞天文台和斯坦利中心的合作。
