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《2019新型冠状病毒病患者SARS-CoV-2基因组多样性分析》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-03-12

  •     Clinical Infectious Diseases于3月4日发表了中国科学院北京基因组研究所等发表的论文“Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patients”，文章称一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)已经感染了超过75,000人，并传播到20多个国家。目前还不清楚这种病毒进化的速度有多快，以及这种病毒如何与肺部的其他微生物相互作用。
    研究人员对8例SARS-CoV-2患者，25例社区感染肺炎（CAP）患者和20例健康对照的支气管肺泡灌洗液进行了转录组测序。
        结果发现，感染SARS-CoV-2的患者中宿主内部变体的中位数为1-4，不同样本中的变异范围为0到51。基因上的变体分布与群体数据（110个序列）中观察到的相似。但是，在人群中观察到的宿主内部变体很少为多态性，这暗示了病毒传播过程中的瓶颈或纯化选择，或者是当前多态性数据显示的有限多样性的结果。虽然目前的证据不支持宿主内变体在人际中传播，但风险不应被忽视。SARS-CoV-2感染患者中的微生物群与CAP中的微生物群相似，要么是由病原体主导，要么是口腔和上呼吸道共生细菌水平升高。
        文章得出结论，SARS-CoV-2在感染后会在宿主体内发生进化，可能影响其毒力、感染性和传播性。尽管宿主内变体如何在人群中传播仍不清楚，但有必要加强对人群中病毒进化和相关临床变化的监测。

  • 原文来源：https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa203/5780800?searchresult=1
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    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-03-12
    •     深圳市第三人民医院等机构的研究人员在medRxiv预印版平台发表论文“Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019”。     文章使用免疫测定法测试了173例SARS-CoV-2确诊患者在住院期间收集的系列血浆样本（n=535）。使用免疫分析法检测样本中的抗SARS-CoV-2总抗体（Ab）、IgM和IgG。分析了抗体随疾病进展和严重程度的动态变化。在173例患者中，Ab、IgM和IgG的血清转化率分别为93.1％（161/173）、82.7％（143/173）和64.7％（112/173）。12例未血清转化的患者仅采集了早期血样。抗体、IgM、IgG依次出现血清转化，中间时间分别为11、12、14天。在发病的前7天，患者中抗体的存在率<40％，自发病后第15天起，抗体、IgM和IgG的抗体分别迅速增加至100.0％、94.3％和79.8％。相比之下，RNA的阳性率从第7天之前收集的样品中的66.7％（58/87）降低到第15天至39天的45.5％（25/55）。结合RNA和抗体检测可显著提高COVID-19患者的病原学诊断敏感性（p<0.001），甚至在发病后1周的早期（p=0.007）。此外，总抗体Ab滴度越高，临床分级越差（p=0.006）。作者认为抗体检测在SARS-CoV-2感染过程中提供了重要的临床信息。这些发现为血清学检测在COVID-19患者的诊断和治疗中的常规应用提供了有力的经验支持。     *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
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  • 《上海交通大学团队通过亚基因组RNA分析揭示SARS-COV-2与其他冠状病毒的转录差异》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-05-07
    • 4月18日，bioRxiv发表了题为“Transcriptional Difference between SARS-COV-2 and other Human Coronaviruses Revealed by Sub-genomic RNA Profiling”的文章。 SARS-COV-2以及其他冠状病毒进入宿主细胞后，是通过形成“亚基因组RNA”（sgRNA）来表达合成其所需的3个主要基因的（如Spike蛋白等）。由于这些病毒的基因组以RNA的形式存在，只有通过分析这些sgRNA的相对丰度，才能揭示病毒的转录组。 文章中从NCBI SRA数据库中共获得来自8个研究项目、42个患者样本的共计6.98亿个Illumina reads的公开元转录组数据，以此能够推断出体内的病毒转录组，这与细胞培养的体外转录组不同。文章分析结果还观察到样本间的多样性，并鉴定了样本特异性转录本。通过与MERS病毒和SARS病毒数据进行同样的分析，文章比较了三种病毒在转录方面的差异。结果表明，在这些差异中，SARS-COV-2显著提高了Spike基因的表达，这可能是其高遗传性的原因之一。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
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