《上海交通大学团队通过亚基因组RNA分析揭示SARS-COV-2与其他冠状病毒的转录差异》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-05-07
  • 4月18日,bioRxiv发表了题为“Transcriptional Difference between SARS-COV-2 and other Human Coronaviruses Revealed by Sub-genomic RNA Profiling”的文章。
    SARS-COV-2以及其他冠状病毒进入宿主细胞后,是通过形成“亚基因组RNA”(sgRNA)来表达合成其所需的3个主要基因的(如Spike蛋白等)。由于这些病毒的基因组以RNA的形式存在,只有通过分析这些sgRNA的相对丰度,才能揭示病毒的转录组。
    文章中从NCBI SRA数据库中共获得来自8个研究项目、42个患者样本的共计6.98亿个Illumina reads的公开元转录组数据,以此能够推断出体内的病毒转录组,这与细胞培养的体外转录组不同。文章分析结果还观察到样本间的多样性,并鉴定了样本特异性转录本。通过与MERS病毒和SARS病毒数据进行同样的分析,文章比较了三种病毒在转录方面的差异。结果表明,在这些差异中,SARS-COV-2显著提高了Spike基因的表达,这可能是其高遗传性的原因之一。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.16.043224v1
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    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-04-19
    • 信息名称:上海交通大学团队通过亚基因组RNA分析揭示SARS-COV-2与其他冠状病毒的转录差异 1.时间:2020年4月18日 2.机构或团队:上海交通大学 3.事件概要: 4月18日,bioRxiv发表了题为“Transcriptional Difference between SARS-COV-2 and other Human Coronaviruses Revealed by Sub-genomic RNA Profiling”的文章。 SARS-COV-2以及其他冠状病毒进入宿主细胞后,是通过形成“亚基因组RNA”(sgRNA)来表达合成其所需的3个主要基因的(如Spike蛋白等)。由于这些病毒的基因组以RNA的形式存在,只有通过分析这些sgRNA的相对丰度,才能揭示病毒的转录组。 文章中从NCBI SRA数据库中共获得来自8个研究项目、42个患者样本的共计6.98亿个Illumina reads的公开元转录组数据,以此能够推断出体内的病毒转录组,这与细胞培养的体外转录组不同。文章分析结果还观察到样本间的多样性,并鉴定了样本特异性转录本。通过与MERS病毒和SARS病毒数据进行同样的分析,文章比较了三种病毒在转录方面的差异。结果表明,在这些差异中,SARS-COV-2显著提高了Spike基因的表达,这可能是其高遗传性的原因之一。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.16.043224v1
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    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-03-22
    • 新型冠状病毒SARS-CoV-2(2019-nCoV)是冠状病毒科的成员,包含具有正极性的单链RNA基因组。为了揭示SARS-CoV-2基因组的进化机制,我们对新测序的SARS-CoV-2菌株和20个紧密相关的冠状病毒菌株进行了全面的基因组分析。在不同SARS-CoV-2菌株之间的基因组93个位点的98个核苷酸突变中,其中58个引起氨基酸变化,表明是中性进化的结果。然而,SARS-CoV-2 WIV04和Bat-SARSr-CoV RaTG13之间的刺突基因的核苷酸取代与氨基酸取代的比率(9.07)远高于其他冠状病毒之间的比较(范围1.29-4.81)。 SARS-CoV-2和RaTG13之间的同义突变升高,表明它们经历了更强的纯化选择。此外,它们的核苷酸取代富含T:C过渡,这与RNA 3'至5'外切核糖核酸酶(ExoN)失活引起的突变特征一致。 SARS-CoV-2与其他菌株在冠状病毒谱系B中的密码子用法相似,这表明它对突变模式的影响很小。在SARS-CoV-2 WIV04与Bat-SARSr-CoV RaTG13的比较中,在所有进行的比较中,非同义替换率与同义替换率(dN / dS)的比率最低,这再次确认了SARS-CoV-2在严格的选择压力。此外,某些刺突蛋白的位点可能会受到阳性选择。因此,我们的结果将有助于了解有助于病毒致病性及其与宿主适应性的进化机制。