《Nature子刊 (细胞死亡和疾病):一种p53异形体调节条件性细胞重编程》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2018-07-25
  • 肿瘤抑制蛋白p53是一种序列特异性转录因子,通过抑制或激活下游的靶基因来调节细胞增殖和凋亡。功能性p53的缺乏导致致瘤性转化, p53基因的突变也是目前人恶性肿瘤中最常见的基因变异之一, 40多年来一直是肿瘤研究领域中最重要和最活跃的分子之一。近几年来,科学家们对p53的异形体越来越多。迄今为止,人们已鉴定出14种天然的p53异形体(isoform):p53α、p53β、p53γ、Δ40p53α、Δ40p53β、Δ40p53γ、Δ133p53α、Δ133p53β、Δ133p53γ、Δ160p53α、Δ160p53β、Δ160p53γ、Δp53和 p53ψ,而且其中的很多p53异形体能够导致不同的生物学表型。

    尽管野生型全长p53的功能已得到很好的确定,但是各种p53异形体在衰老、生长率和凋亡中的生理作用以一种复杂的经常明显存在冲突的方式关联在一起。美国乔治城大学医学中心细胞重编程实验室主任、细胞永生化科学家,病理学系刘学锋(Xuefeng Liu)教授及其同事们之前已在体内和体外证实两种p53异形体---Δ133p53α和p53β---潜在地调节人细胞的增殖并可能调节细胞重编程。

    在一项最新发表在Nature子刊(细胞死亡和疾病)的研究[1]中,刘学锋教授及其团队报道了一种以前未有见过报道的有关Δ133p53α新功能----调节条件性细胞重编程过程和端粒酶的活性。利用他们在2011年开发出的条件性重编程细胞(conditional reprogramming cell, CRC)技术对两种在体外培养时具有有限增殖寿命(replicative lifespan)的原代人细胞---从新生儿包皮中分离出的人包皮角化细胞(human foreskin keratinocyte, HFK)和从正常的成年人前列腺组织中分离出的人前列腺上皮细胞(human prostate epithelial cell, HPEC)---进行条件性重编程,结果证实Δ133p53α在这些条件性重编程的HFK和HPEC细胞中调节细胞增殖。过度表达Δ133p53α一致性地延缓细胞衰老并且让原代培养的HFK和HPEC细胞在一种Rho相关激酶(ROCK)抑制剂的存在下能够在体外无限地增殖(如图1所示)。这种Δ133p53α延长的细胞增殖寿命涉及上调hTERT表达和它的端粒酶活性。

    鉴于这种CRC技术发挥的重要作用,那么到底什么是CRC技术呢?让我们先回顾一下这个领域的研究背景。

    在此之前,绝大多数癌细胞系是利用高分级或转移性肿瘤建立的,而且其中的不少癌细胞系经证实与其来源的肿瘤存在遗传上的不同。大多数原代细胞系具有有限的增殖次数,最终都因细胞衰老而具有有限的寿命。迄今为止,科学家们利用了多种方法来维持原代细胞的增殖能力。

    一种可能是最为常见的维持方法是利用病毒癌基因转化原代细胞。特别地,利用SV40大T抗原或致癌性人乳头瘤病毒E6/E7蛋白的编码基因加以转化能够导致很多类型的细胞永生化。但是,这种基因操纵导致基因组不稳定,因此在经过几次传代后,体外培养的转化细胞渐进性地积累着基因组变异,这就会导致它们具有不同于它们起源的原代细胞的表型,比如可能具有异常的p53和Rb调节通路。

    另一种永生化方法让一些原代细胞表达人端粒酶逆转录酶亚基(hTERT)等外源性细胞基因就能够阻止它们的染色体变短,让它们逃避细胞衰老,从而导致永生化。尽管过度表达hTERT并不会导致正常的细胞发生癌变,但是所形成的细胞在经过多次传代后也表现出异常的细胞特性。

    此外,通过导入外源性基因让皮肤细胞或血细胞等体细胞退回到一种类似于胚胎干细胞的状态,所形成的细胞被称作诱导性多能干细胞(iPS细胞)。这种ips细胞技术也能够延长细胞寿命,但是它的效率相对较低,而且导入外源性基因会诱导细胞基因组发生变化,甚至可能诱发肿瘤产生。

    针对现有技术的这些缺点,2010年,刘学锋教授等人发现在体外利用ROCK抑制剂Y-27632处理三种人原代角化细胞---人新生儿包皮角化细胞、成年人阴道角化细胞和成年人子宫颈外角化细胞(ectocervical keratinocyte)---能够极大地增加这些在体外培养时具有有限寿命的人原代角化细胞的增殖能力,高效地导致它们永生化[2]。更重要的是,这些永生化细胞表现出典型的原代角化细胞特征,而且它们具有正常的二倍体核型和完整的DNA损伤反应,此外还能够经分化后产生复层上皮(stratified epithelium)。这有助于研究很多不同的皮肤上皮和黏膜上皮疾病的致病过程。

    在此基础上,刘学锋教授等人在2011年底发现组合使用ROCK抑制剂Y-27632和经过照射的小鼠成纤维细胞(作为饲养细胞层)可诱导来自人体很多组织(比如前列腺和乳腺)的正常上皮细胞和肿瘤上皮细胞在体外无限地增殖,而无需导入外源性的病毒基因或细胞基因[3],如图2所示。在这种生长条件下,在5至6天内可从针刺活组织中培养出2 × 106个细胞,能够从低温保存的组织中培养出大量的细胞,而且还能够利用不到4个活细胞培养出大量的细胞。持续的细胞增殖依赖于饲养细胞和Y-27632,因此将这种组合使用产生的细胞称为条件性重编程细胞(conditionally reprogrammed cell, CRC)。此外,这些CRC细胞保持正常的二倍体核型,而且没有致癌性。这种CRC技术也适用于来自人类和啮齿类动物的肿瘤上皮细胞。

    也正是这种CRC技术具有以上优点,它一经问世就引发人们的极大关注,并被全世界不少实验室采用。基于此,刘学锋教授等人在2017年将这种CRC技术的详细步骤发布在Nature Protocols期刊[4]上,供人们参考。

    谈了这么多,那么CRC方法的作用机制什么呢?或者说,在这种方法中,作为饲养细胞的小鼠成纤维细胞和Y-27632到底起着什么作用呢?

    针对这一点,美国耶鲁大学医学院的Seema Agarwal和David L. Rimm在一篇评论文章中进行了总结[5]。在这种CRC方法中,经过照射而没有增殖能力的成纤维细胞诱导和维持原代上皮细胞表达hTERT。这种影响很可能是通过细胞间的直接相互作用或者通过分泌可扩散的生长因子和细胞因子(比如IL-6、HGF和TGFβ等)加以实现的。它也可能是通过提供一种不可溶的胞外基质(ECM)或者通过分泌ECM重塑蛋白(比如MMP-9和MMP-3)加以调节的。

    经过照射的非增殖性成纤维细胞分泌的生长因子、细胞因子和ECM重塑蛋白的不确定性组合似乎在维持与饲养细胞和Y-27632一起培养的原代上皮细胞的不受限制的增殖潜力中起着至关重要的作用。此外,另一个潜在地影响这种无限制增殖的变量是将小鼠成纤维细胞用作饲养细胞的事实。尽管这些小鼠成纤维细胞分泌的蛋白因子可能与人细胞产生的蛋白因子是相类似的,但非人细胞微环境对人原代上皮细胞的影响仍未得到充分理解。

    这种CRC方法的另一个关键部分是使用一种ROCK抑制剂来协助维持原代上皮细胞的未分化状态和增殖状态。尽管这种ROCK抑制剂的使用不是新的,但是它与饲养细胞的组合使用似乎在阻止这些体外培养的细胞衰老方面起着关键性的作用。

    为了验证这一点,刘学锋教授等人[3]通过对起源自正常的前列腺和乳腺组织的上皮细胞进行核型分析,证实它们仍然保持二倍体核型,而且当被注射到小鼠体内时,它们也不会产生肿瘤。因此,刘学锋教授等人[3]证实组合使用经过照射的小鼠成纤维细胞和这种ROCK抑制剂是它们的初期存活和无限制增殖所必不可少的。移除两种组分中的任何一种都会导致所形成的CRC细胞分化,并最终导致细胞衰老。

    利用CRC技术实现的成体哺乳动物非角化细胞上皮细胞无限增殖也为基因疗法、细胞疗法、再生医疗和个性化医疗提供令人激动的机会。

    比如,2012年,刘学锋教授等人利用CRC方法产生源自一名患者的正常肺部组织和肺部肿瘤组织的细胞培养物[6],其中这名患者患上20年的复发性呼吸道乳头瘤病,并且具有进行性的双侧肿瘤浸润肺实质。分析结果表明喉部肿瘤细胞含有一个长7.9kb的野生型人乳头瘤病毒11型(HPV-11)基因组,而肺部肿瘤细胞含有一个长10.4kb的HPV-11基因组。 肺部肿瘤细胞中的病毒基因组的大小增加是由于它的启动子和致癌基因区域发生复制。化学敏感性测试鉴定出伏立诺他(vorinostat)是一种潜在的治疗药物。在开始治疗3个月后,这名患者的肿瘤大小保持稳定,而且在15个月时,这种效果仍是持续性的。

    总之,这种CRC方法具有快速地产生患者来源的原代细胞的巨大潜力,所产生的原代细胞可用于多种用途,包括构建活的生物库,探究基本肿瘤生物学特性,药物靶标识别和药物发现等,如图3所示。特别值得一提的是,今年4月美国国立卫生研究院(NIH)将CRC技术列为两种重要的人源癌症细胞模型之一 (7),作为最接近患者的癌症生物学/精准医学/个体化治疗和新药发现工具之一, NCI执行所长James Doroshow是该项目的倡议和发起人。

  • 原文来源:http://news.bioon.com/article/6725211.html
相关报告
  • 《述评 | 细胞化学重编程》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-09-26
    • 2023年8月7日,浙江大学祝赛勇团队在Nature Cell Biology上发表题为A fast chemical reprogramming system promotes cell identity transition through a diapause-like state的论文。该研究通过大规模的小分子筛选,对重编程步骤加以进一步细分,让化学重编程的速率得到大幅提升,甚至接近转录因子重编程的速率,借此提供了一个全新的快速化学重编程体系(FCR,fast chemical reprogramming)。 一方面,这有助于探索化学重编程乃至细胞命运重塑的机制;另一方面,他们也成功找到多个调控细胞命运转换的小分子药物,从而有望用于再生、抗纤维化甚至抗衰老。其中,FCR 的建立能够极大加速对于细胞命运决定与转换分子机制的研究。多能性重编程作为细胞命运调控的核心体系,对其进行深入研究和理解,可以揭示细胞命运决定与细胞命运转换的底层逻辑,从而破解细胞身份密码、逆转发育时钟,有望实现多重应用场景。就重编程技术本身而言,此次筛选出来的小分子有望促进人细胞化学重编程或其他细胞类型之间的转变,从而帮助获得效率更高、质量更高的种子细胞或功能细胞,进而用于再生医学、疾病建模和药物筛选。此外,就小分子本身而言,其中一部分小分子或小分子鸡尾酒可以提高细胞的可塑性,故可用于向损伤部位进行局部用药,通过刺激细胞再生来实现治疗目的。同时,基于细胞重编程原理衍生的抗衰老应用也很值得期待。 化学重编程有何不同? 细胞重编程,是细胞生物学和发育生物学的核心科学问题之一,近百年以来,该领域诞生了众多激动人心的划时代科技进展,比如克隆、诱导多能干细胞、化学重编程等。目前,人们对于细胞重编程分子机理的认知仍然存在很多不清晰的地方。虽然传统转录因子重编程和化学因子重编程的起点和终点是一致的,例如从皮肤细胞重编程到诱导多能干细胞(Induced pluripotent stem cell, iPSC)。但是,传统转录因子重编程和化学因子重编程两者之间的路径却不尽相同。打个比方,一个人从杭州到北京,既可以通过京杭大运河坐船到达,也可以乘飞机或坐高铁。转录因子重编程,采用直接过表达外源多能性转录因子的方式,比如 Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc 等转录因子。这些转录因子具有结合 DNA 能力,会结合到基因组的很多位点,从而能够关闭起始细胞的基因表达网络,同时能激活内源的多能性基因表达网络,进而实现 iPSC 的诱导。而化学重编程使用的是靶向信号通路、表观遗传和细胞代谢的化学小分子组合,借此模拟外界环境的刺激,进而逐步激活内源多能性基因表达网络。当利用这种手段时, 细胞的命运重塑较为曲折。也有观点认为,化学重编程与蝾螈等肢体再生过程十分类似。 而该团队提出的快速化学重编程(Fast chemical reprogramming, FCR)体系,其基于更加精准动态的诱导方式,总共采用 6 步法。当采用这种方法时,该课题组观察到很多早期发育相关基因会被激活,进而参与目标细胞的基因激活、以及细胞命运的转换过程,这一过程更加类似于发育程序的细胞身份转变。 化学重编程发展现状如何? 从技术角度而言,化学重编程已被证明是可行的,并且能够用于不同胚层来源细胞或用于不同遗传背景的细胞。而该团队此次提出的新方法,首次实现并证明化学重编程在速率上能够接近传统转录因子重编程。从机制角度而言,此前已有研究报道过化学重编程的单细胞转录组数据或表观组数据。而本次研究则系统性地整合了转录组学、以及包括多个组蛋白修饰和 DNA 甲基化修饰的表观组学数据,从宏观层面为化学重编程机制研究打下了基础。然而,由于小分子靶点的多样性以及细胞命运重塑的复杂性,多个小分子组合到底以怎样的方式产生协同作用?以及如何正确地将细胞引向多能性重编程?对于背后的具体机制,学界依然不甚清晰。目前,化学重编程实验的对象主要是小鼠成纤维细胞,所以该类实验需要在细胞水平进行。由于技术原因、以及动物体内环境的复杂性,当前很难在动物体内实现精准的小分子组合靶向递送。有意思的是,早年已有学者利用转录因子,在小鼠体内进行部分重编程。另有学者利用病毒载体向小鼠眼部,以特异性的方式实现重编程因子瞬时过表达,从而成功逆转小鼠视网膜神经细胞的衰老,并恢复了衰老小鼠和青光眼小鼠的视力,证明多能性重编程本身具有激活细胞潜能的作用。那么,类比到化学重编程,或许也能针对衰老或损伤部位,以药物组合靶向递送的方式,来增加细胞的可塑性,从而刺激细胞再生,进而实现原位组织再生。 从国内到国外,跨越 15 年的一系列研究 事实上,早在 2008 年即在诱导多能干细胞(iPSC)技术诞生不久之后,祝赛勇就投身到细胞重编程的化学小分子筛选之中,并于 2010 年在 Cell Stem Cell 上发表论文,率先报道了利用单个转录因子和小分子组合实现细胞重编程的成果。2015 年,回国建立独立实验室之后,他立马搭建实验平台,就是希望能够建立高效、快速的化学重编程。 2016 年,刚启动筛选测试的时候,他和团队就遇到一个棘手难题。实验所需的细胞严重不足,于是他们赶紧从外部公司购买 Oct4-GFP 小鼠。然而当他们第一次取出成纤维细胞并进行化学重编程时,却几乎没有出现荧光,这让课题组既着急又困惑。一开始,他们怀疑是技术不稳定的原因。后来,才发现相比 OG2 品系小鼠,Oct4-GFP 品系小鼠由于报告基因拷贝数较少的原因,因此荧光会弱很多。但在当时他们已经开始进行大规模小分子筛选,原有的 OG2 成纤维细胞数量告急,眼看着课题即将停滞。后来经过多方努力,他们才解决了细胞来源问题。时间很快来到 2018 年,当时课题已经取得了不错进展。这时,重编程的优化已经接近 14 天。与此同时,也面临竞争压力。“好在课题组一起积极调整心态,坚持自己的步伐,又经过一年的筛选和优化,建立了时间周期为 12 天的体系。这时,大家反而沉下心,又花了大半年时间,尝试了所有能做的测试和优化,才建立了目前时间周期最快为 1 周的 FCR 体系。”祝赛勇说。 2019 年,在 FCR 系统构建成功之后,课题组成员非常好奇系统之中具体发生了什么。为此,他们先是进行了转录组测序。可是,在对转录组测序进行常规分析之后,还是一直理不出头绪。于是,在对重编程过程中的转录组数据进行两两比较之后,他们意外发现 FCR 后期经历了一个“滞育”类似状态。胚胎滞育,是指哺乳动物的胚胎在应对外源环境或激素作用下,发生胚胎的新陈代谢减缓甚至停滞,期间伴随着胚胎植入的滞后。而在退出滞育状态之后,胚胎仍然可以正常发育成为完整个体。此次研究发现:在 FCR 后期细胞的基因表达模式,类似于体内滞育囊胚的基因表达模式,包括下调与细胞分裂和蛋白质合成的相关通路。实验中,课题组证明 FCR 后期细胞的 DNA 和蛋白质的合成速率显著下调,这证明了滞育类似状态的存在。有趣的是,在对相关数据进行对比之后,他们发现滞育类似状态是 FCR 后期一种独特的状态。当对滞育类似状态进行抑制之后,则会导致重编程效率的显著下降。 此后,如何分析和关联大规模多组学数据成了最大的难题。2021 年底,经过所有组员的努力终于发现了 H3K9me3 修饰的独特之处,并分析得出如下结论:H3K9me3 会抑制多能性相关的 ERV,从而调控重编程的机制。H3K9me3,是一种可以抑制细胞多能性重编程的异染色质修饰。然而,以往关于 H3K9me3 在细胞重编程的研究,主要集中于研究它对基因的调控作用。而在本次研究之中,他们发现 H3K9me3 主要能够修饰基因组上 ERV 富集的基因稀疏区域。通过一番筛选,他们找到多个受到 H3K9me3 抑制的多能性相关 ERV,这些 ERV 在 FCR 后期会被显著激活。 实验中,该团队进一步证明 H3K9me3 会通过抑制多能性相关 ERV,从而形成重编程的障碍。这一机制的发现,再次说明在细胞命运转变过程之中,表观遗传修饰可以通过调控 ERV 表达,从而影响细胞身份的建立。此外,通过研究化学重编程的全过程,该团队提供了高质量的转录组学数据和表观组学数据。通过这些数据他们系统性地描绘了 FCR 过程中细胞基因表达动态和表观遗传动态。 再生研究,永无止境 除本次成果之外,该团队在过去也积累了不少其他成果。课题组还表示:“近年来,我们实验室深耕化学重编程领域,在 Nature Cell Biology、EMBO J、PNAS 上连发多篇论文。下一步我们将集中精力,针对在这些研究中最新筛选的多个小分子,对其作用机制进行探究。”与此同时,该团队在干细胞基因编辑和胰岛前体细胞高效扩增及分化(ePP-islet)上也取得了一些进展,相关论文此前相继发表在 Science 子刊和 Nature 子刊。在这一系列研究中,课题组采用了多种筛选方法,一方面他们参考已有文献中报道的小分子,另一方面则大规模地自行筛选小分子文库。 目前,利用直接模仿转录因子的方法,来设计化学小分子依旧比较困难。不过,利用化学小分子直接或间接调控转录因子,是一个可行的有效方案。例如,利用小分子可以直接激活内源转录因子,从而促进化学重编程。在实践中,尽管广谱盲选的手段既耗时又耗力,不过这依然是目前比较有效的手段,并能帮助发现一些有趣的分子机制。未来,随着人工智能、虚拟筛选等新技术的发展,必将助力实现通量更高、效率更高的小分子高通量筛选。可以想象的是,将来只需从病人身上取少量血液细胞,利用快速化学重编程技术,即可将其转变成可无限扩增的种子细胞,甚至可以通过基因编辑技术进行改造,再定向分化到具备生理功能的胰岛,从而有望治愈糖尿病。 整体来看,细胞重编程是一个非常神奇的生物学过程,蕴含着无限潜能,但是仍有很多未解的奥秘。再生和返老还童,是古老而又永恒的人类梦想与追求,这条道路永无止境,等待科学家们进一步的探索。 本文内容转载自“ DeepTech深科技”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/LfOTtL5bwFfXJN2UWzSHaQ
  • 《氧化铁磁性纳米粒子与阿叶蛋白结合,抑制非小细胞肺癌的生长,以一种p53的方式》

    • 来源专题:纳米科技
    • 编译者:郭文姣
    • 发布时间:2017-10-23
    • 阿叶蛋白(AT)是一种与Cimicifuga foetida分离的三萜苷,由于其抗肿瘤作用而被研究。在治疗中,通过调节不同的信号传导途径,导致包括乳腺癌细胞在内的各种类型的细胞凋亡。氧化铁(Fe3O4)磁性纳米粒子(MNPs)是具有生物相容性和低毒性的纳米材料。在目前的研究中,在体外和活体研究中探讨了与非小细胞肺癌(NSCLC)结合的可能的好处。at-mnp治疗对nclc细胞的凋亡造成了影响,这是casp酶3信号通路的激活,伴随着对抗凋亡蛋白Bcl2和BclXL的抑制,以及Bax和坏的细胞凋亡信号的upreg调节。在以p53的方式治疗后,追踪的死亡受体也被提升了。此外,小鼠体内的异种移植物模型显示,与在或MNP单一疗法中相比,在MNP治疗中没有表现出毒性和抑制NSCLC的生长。总之,本研究提出了一种新的治疗方法,通过与Fe3O4的结合,以一种p53依赖的方式抑制非细胞生长的细胞凋亡。 ——文章发布于2017年10月17日