《3月31日_SARS-CoV-2 的sarbecovirus谱系的进化起源》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangmin
  • 发布时间:2020-04-02
  • 1.时间:2020年3月31日

    2.机构或团队:宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学、香港大学、德州大学、英国爱丁堡大学、英国格拉斯哥大学

    3.事件概要:

    3月31日,bioRxiv预印本平台发表了来自宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学等机构的研究团队的题为“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”的文章。该文章指出,SARS-CoV-2在进化论上存在着悬而未决的问题,包括:(1)该新型病毒与SARS相关的冠状病毒的关系;(2)蝙蝠作为储存宿主物种的作用;(3)其他哺乳动物在事件中的潜在作用;(4)重组在病毒出现中的作用。

    该研究发现,SARS-CoV和SARS-CoV-2的出现的病毒亚属sarbecovirus表现出频繁的重组,但SARS-CoV-2谱系本身并不是迄今为止检测到的任何病毒的重组体。为了采用系统发育学方法来确定SARS-CoV-2与蝙蝠sarbecovirus之间的分化事件的日期,该研究用三种独立的方法对sarbecovirus 68个基因组的的对位排列后的重组区域进行了剔除。贝叶斯进化率和发散日期的估计对所有三个无重组配位都是一致的,而且对基于HCoV-OC43和MERS-CoV进化率的两种不同的先验规范也是稳健的。研究发现,SARS-CoV-2和蝙蝠sarbecovirus之间的分化日期估计为1948年(95% HPD:1879-1999)、1969年(95% HPD:1930-2000)和1982年(95% HPD:1948-2009)。文章指出,尽管自SARS以来,对sarbecovirus的特征进行了强化鉴定,但产生SARS-CoV-2的谱系在蝙蝠中数十年而不被注意,并被传染给其他宿主如穿山甲等。该文章指出,在十七年内第三种重大的冠状病毒的出现,加上高流行率和蝙蝠病毒的多样性,意味着这些病毒很可能再次跨越物种界限。

    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

    4.附件:

    原文链接https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.015008v1

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.015008v1
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    • 3月31日,bioRxiv预印本平台发表了来自宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学等机构的研究团队的题为“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”的文章。该文章指出,SARS-CoV-2在进化论上存在着悬而未决的问题,包括:(1)该新型病毒与SARS相关的冠状病毒的关系;(2)蝙蝠作为储存宿主物种的作用;(3)其他哺乳动物在事件中的潜在作用;(4)重组在病毒出现中的作用。 该研究发现,SARS-CoV和SARS-CoV-2的出现的病毒亚属sarbecovirus表现出频繁的重组,但SARS-CoV-2谱系本身并不是迄今为止检测到的任何病毒的重组体。为了采用系统发育学方法来确定SARS-CoV-2与蝙蝠sarbecovirus之间的分化事件的日期,该研究用三种独立的方法对sarbecovirus 68个基因组的的对位排列后的重组区域进行了剔除。贝叶斯进化率和发散日期的估计对所有三个无重组配位都是一致的,而且对基于HCoV-OC43和MERS-CoV进化率的两种不同的先验规范也是稳健的。研究发现,SARS-CoV-2和蝙蝠sarbecovirus之间的分化日期估计为1948年(95% HPD:1879-1999)、1969年(95% HPD:1930-2000)和1982年(95% HPD:1948-2009)。文章指出,尽管自SARS以来,对sarbecovirus的特征进行了强化鉴定,但产生SARS-CoV-2的谱系在蝙蝠中数十年而不被注意,并被传染给其他宿主如穿山甲等。该文章指出,在十七年内第三种重大的冠状病毒的出现,加上高流行率和蝙蝠病毒的多样性,意味着这些病毒很可能再次跨越物种界限。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
  • 《3月3日_关于SARS-CoV-2的起源和进化》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
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    • 1.时间:2020年3月3日 2.机构或团队:北京大学、中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院生物安全大科学中心、中国科学院大学、上海大学生命科学学院、中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所 3.事件概要: 北京大学等于2020年3月3日在National Science Review上发表题为“On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”的文章,研究了SARS-CoV-2与其他相关冠状病毒之间的分子差异程度。 文章指出,尽管他们发现SARS-CoV-2与蝙蝠SARS相关冠状病毒(SARSr-CoV; RaTG13)之间仅4%的基因组核苷酸有差异,但中性位点有17%的差异,表明这两种病毒之间的差异要比以前估计的大得多。作者指出,SARS-CoV-2和穿山甲SARSr-CoVs病毒中刺突蛋白受体结合域(RBD)功能位点的新变异,除了重组外,还可能是由突变和自然选择引起的。研究人员对103个SARS-CoV-2基因组进行的群体遗传学分析表明,这些病毒进化成两种主要类型(命名为L和S),它们显示了迄今为止测序的病毒株之间都相关。虽然L型(?70%)比S型(?30%)更为普遍,但S型是原始版本。虽然L型在武汉暴发的早期阶段更为普遍,但在2020年1月初之后,L型的出现频率有所下降。人类的干预可能对L型施加了更严重的选择压力,L型可能更具侵略性,传播速度更快。另一方面,S型的进化年龄更大,攻击性更弱,可能由于相对较弱的选择压力而增加了相对的出现频率。作者总结,这些发现有力地支持迫切需要对COVID-19患者的临床症状结合基因组数据、流行病学数据和图表记录进行进一步的、即时的、全面的研究。 4.附件: 原文链接: https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463?searchresult=1