3月31日，bioRxiv预印本平台发表了来自宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学等机构的研究团队的题为“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”的文章。该文章指出，SARS-CoV-2在进化论上存在着悬而未决的问题，包括：（1）该新型病毒与SARS相关的冠状病毒的关系；（2）蝙蝠作为储存宿主物种的作用；（3）其他哺乳动物在事件中的潜在作用；（4）重组在病毒出现中的作用。
该研究发现，SARS-CoV和SARS-CoV-2的出现的病毒亚属sarbecovirus表现出频繁的重组，但SARS-CoV-2谱系本身并不是迄今为止检测到的任何病毒的重组体。为了采用系统发育学方法来确定SARS-CoV-2与蝙蝠sarbecovirus之间的分化事件的日期，该研究用三种独立的方法对sarbecovirus 68个基因组的的对位排列后的重组区域进行了剔除。贝叶斯进化率和发散日期的估计对所有三个无重组配位都是一致的，而且对基于HCoV-OC43和MERS-CoV进化率的两种不同的先验规范也是稳健的。研究发现，SARS-CoV-2和蝙蝠sarbecovirus之间的分化日期估计为1948年（95% HPD：1879-1999）、1969年（95% HPD：1930-2000）和1982年（95% HPD：1948-2009）。文章指出，尽管自SARS以来，对sarbecovirus的特征进行了强化鉴定，但产生SARS-CoV-2的谱系在蝙蝠中数十年而不被注意，并被传染给其他宿主如穿山甲等。该文章指出，在十七年内第三种重大的冠状病毒的出现，加上高流行率和蝙蝠病毒的多样性，意味着这些病毒很可能再次跨越物种界限。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
