由于药物选择具有局限性且现有的诊断方法也比较有限,因此耐药结核病的治疗具有一定的挑战性。基于此,来自伦敦大学圣乔治医学院及圣乔治医疗保健国民健康服务(NHS)信托的研究人员以2008至2014年到伦敦一家教学医院就诊的6名疑似广泛耐药结核病患者为分析样本,探讨了全基因组测序在临床结核病诊治中的应用情况,其相关成果于2015年2月11日发表在临床微生物杂志上。
研究人员从6名患者体内提取16个菌株,并对其进行测序:5名患者是在临床相关期间时限内接受的分析,另外1名是在回顾期间接受的测序;利用全基因组测序能够鉴定出与抗生素耐药性(可能与表型耐药有关)相关的结核杆菌基因的突变状况,进而可用于辅助与抗生素治疗相关的临床决策;研究涉及的所有菌株均属于东亚(北京)系谱,且这些菌株的同源性与病历中的预期结果相一致,从而可证实这些患者均是通过同一次接触传播事件而感染。
研究人员表示,在获得药敏试验数据数周之前便可得到全基因组数据,且这些数据可通过评价以下3方面信息来辅助临床决策的制定:
1. 临床菌株是否存在一个通过药敏试验未发现或试验结果存在矛盾之处的特定耐药性突变;
2. 是否可通过耐药性标志物的有无来判定临床菌株与广泛耐药结核病之间的关联关系;
3. 是否可将一个临床菌株与一个已知的耐药菌株进行匹配(比如通过一次传播事件)。
此外,研究人员还对基因型预测结果与表型药敏试验结果之间的差异之处进行了讨论,并在文中报道了针对此次提取的结核杆菌菌株的全基因组测序结果。