《Nature | 父系微生物组紊乱影响后代健康》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-05-03
  • 2024年5月1日,欧洲分子生物学实验室(EMBL)的研究人员在国际顶尖学术期刊 Nature 上发表了题为Paternal microbiome perturbations impact offspring fitness 的研究论文。

    尽管尽管越来越多的证据表明,肠道微生物群失调会触发身体各组织的生理反应,但我们对于肠道微生物群扰动对生殖细胞的影响却知之甚少。该研究证实,雄性小鼠肠道微生物组的紊乱可能会影响其后代健康,增加后代出现出生体重较轻、严重生长受限和过早死亡的风险。该研究定义了雄性的“肠道-生殖轴”调节机制,其对环境暴露敏感,并通过影响胎盘功能来调节后代的适应性。

    在这项研究中,研究团队利用自由摄食不可吸收抗生素(nABX)在同源雄性小鼠中建立了肠道微生态失调的可诱导模型。这些nABX无法穿过胃肠上皮细胞,因此任何生殖反应都反映了肠道微生物群的急性扰乱,而不是全身药物暴露。应用16S核糖体RNA测序显示,6周的低剂量nABX治疗导致了肠道微生物群的多样性、丰度和丰富度显著下降,这种变化是可逆的,在停止nABX治疗8周后逐渐恢复。6周的nABX诱导的肠道微生态失调对雄性体重、生育力或生存没有显著影响。此外,通过质谱法检测,nABX在循环血液和睾丸中并未检出,这证实了它们在肠道中的特异性作用。

    进一步研究显示,这些肠道微生态失调的雄性小鼠的后代出现出生体重较轻、严重生长受限和过早死亡的概率更高。这些后代的疾病风险通过生殖细胞传递,是由普遍的肠道微生物群扰动引起,但可以通过在受孕前恢复父系肠道微生物群得到缓解。这一效应与雄性生殖系统对肠道微生态失调的反应有关,包括激素信号受损和睾丸代谢物特征改变。研究团队认为,这种反应可能会增加胎盘功能不全的风险。在受孕前恢复紊乱的父系微生物群能降低后代健康不良的风险。这一发现表明,与父系肠道微生物紊乱有关的后代健康状况变差是一种表观遗传效应而非遗传效应。 

    最后,研究团队表示,肠道微生物群是小鼠父系孕前环境与后代健康之间的关键界面。这些发现凸显出理解环境因素如何影响跨尺度复杂生物系统——从直接的分子反应到代际疾病易感性——的重要性。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07336-w
相关报告
  • 《Nat Neurosci:母体生殖道的微生物组或会影响后代机体的压力水平》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-07-15
    • 最近,一项刊登在国际杂志Nature Neuroscience上的研究报告中,来自马里兰大学医学院的研究人员通过研究发现,将新生小鼠暴露于经历压力的雌性小鼠的生殖道微生物中,或会将压力效应转移到新生小鼠中,这些改变或许与孕期压力过大的母亲给后代带来的影响相似;相关研究或能帮助研究人员理解诸如压力等母源性的因素如何影响后代的大脑发育。 在婴儿出生过程中,母体生殖道中的微生物会进入婴儿机体的肠道中,同时肠道微生物组的组成还会影响新生儿的大脑发育,以及后期机体对压力的反应;研究人员都知道,在小鼠中,出生前的压力会改变母体生殖道中的微生物菌群,同时也会影响小鼠出生后的大脑功能,但研究者并不清楚微生物菌群的改变如何诱发后代大脑的改变。 这项研究中,研究者Tracy Bale及其同事通过研究,将有压力及没有压力的怀孕小鼠生殖道中的微生物菌群分别移植到了通过剖腹产出生的有压力及没有压力的小鼠后代机体中,因此这些小鼠并未因出生方式而暴露于母体的生殖道微生物中,研究者发现,在母体子宫内受到压力及暴露于压力状态下母鼠的微生物群落时,幼鼠成年后的体重和生长速度会降低,且压力激素水平会增加。而且这种效应或许也会在没有压力的新生雌性小鼠后代中部分复制(从受压力影响的母体转移生殖道微生物菌群),然而,来自无压力状态母体的微生物菌群并不会减缓子宫内胎儿所受到的压力效应。 相关研究结果表明,孕期压力会在妊娠期间直接影响小鼠的健康,即通过影响胎儿机体免疫系统的发育改变,或者间接通过改变母体的生殖道微生物群落;在人类机体中,孕期母源性的压力是诱发后代出现精神障碍的风险因素,但目前研究人员并不清楚是否母体生殖道中的微生物菌群会影响后代的疾病风险。 研究者Bale说道,相关研究结果非常有意思,后期我们还需要研究确定是否在小鼠机体中发现的效应在人类机体中也存在。此前研究人员对母体胎盘进行研究发现了性别之间的差异,这或许能帮助预测雄性在出生前的疾病风险,后期研究人员还想通过研究来阐明压力与机体神经发育障碍风险之间的关联,包括自闭症和精神分裂症等。 此前,研究者发现,雄性小鼠的压力会影响后代的大脑发育,而这种压力会改变雄性小鼠的精液,进而改变后代大脑的发育状况;同时研究者指出,经历慢性轻度压力的雄性小鼠所生的后代机体激素对压力的反应水平会下降,而且这种反应与某些神经性疾病有关,比如PTSD(创伤后应激障碍),因此,即使轻微的环境改变/挑战也会对后代的健康产生明显的影响。
  • 《Nature子刊综述深度解读!如何利用微生物组的基因组特性来预测癌症的发生及进展?》

    • 来源专题:中国科学院病毒学领域知识资源中心
    • 编译者:malili
    • 发布时间:2020-06-01
    • 2020年5月28日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Cancer上题为“Microbiome genomics for cancer prediction”的综述文章中,来自魏茨曼科学研究所等机构的科学家们论述了如何利用微生物组的基因组学特征来进行癌症预测。 尽管癌症基因组学能作为一种强大的工具帮助理解癌症发病机制并帮助开发新型诊断工具,但目前研究人员却很少研究维生素组在癌症诊断和临床疗法评估中扮演的关键角色,这项研究中,研究者Elinav等人就论述了通过研究癌症的宏基因组如何能够促进不同肿瘤类型的识别、诊断和分级。 研究人员对小鼠和人类进行的大量研究表明,微生物组的改变或与癌症的发生、发展和对疗法的反应直接相关,而宿主微生物组与癌症病理学之间的一种可能性的链接就是微生物所产生的代谢产物,这些潜在的生物活性分子可以在肿瘤局部或远端产生,其能够系统性地涌入宿主体内并影响肿瘤相关的过程;微生物代谢产物的特性及其效应子功能可能也会在拥有不同微生物组或暴露于不同饮食、药物或其它环境因素的个体之间产生差异,在癌症或其疗法反应的背景下,这些微生物组衍生的分子的组合或许是有益的,也可能是有害的;同时通过分析患者机体的宏基因组特征,还能提供一种病人特殊的化学特征,并与微生物生态系统组成的分析相结合,这或许就为患者个性化的干预提供了一种新的视角。 尽管对癌症发生分子基础的全面描述主要集中在人类基因组的改变上,但最近的研究报告却发现了特殊癌症类型和特定微生物组蓝图之间的关联;然而,研究人员并不是非常清楚这种关联之间的程度,以及其对癌症诊断、预后和治疗所产生的影响;基于对细菌和病毒与特性类型癌症之间关联的了解,研究者就开始对TCGA计划中超过1万名癌症患者中涉及33种癌症类型的1.8万多份肿瘤样本进行全基因组和RNA测序数据进行分析,经过严格的筛选和分类,研究人员利用这些样本中的微生物DNA序列开发了一种新型算法,其能够有效区分15种不同的癌症组织和正常组织,并对癌症类型进行分类,同时研究者还能利用基于组织的微生物模型来区分I期和IV期癌症,这些在结肠癌、胃癌和肾脏癌症中都表现良好,而在其它类型的癌症中就表现地有限。深入分析来自结肠癌等癌症患者机体的样本就能帮助建立不同类型癌症与微生物遗传特性之间的关联,即结肠癌中存在的梭菌属、宫颈癌中存在的Alphapapillomavirus genus等。 随后研究者进一步研究利用来自TCGA血液样本的测序数据来检测微生物DNA(mbDNA)的特征并且检测是否这种新型算法能够预测不同类型癌症的存在;值得注意的是,将这种经过TCGA训练的机器学习分类技术应用于血液样本衍生的mbDNA特征上,并与不同类型癌症的存在相关联。随后研究人员将他们的研究结果与现有的ctDNA试验进行了比较,结果发现,mbDNA能有效区分Ia和IIc期的癌症及并未检测到基因组改变的肿瘤,从而就能为传统ctDNA方法提供新的工具。最后,利用从独立临床队列参与者机体的血浆样本中提取的无细胞DNA的宏基因组测序方法,研究者发现,这种方法能够区分健康个体和癌症患者,同时还能区分前列腺癌和肺癌患者等;总之,通过对肿瘤和循环mbDNA特征进行深入研究,研究人员就能提供一种创新性的方法,将癌症患者从健康个体中筛选出来,并且能区分特殊的癌症类型,在某些情况下还能识别早期和晚期癌症患者。 这项研究补充了过去一些强调微生物组在癌症中重要性的报告,来自人类微生物组研究计划的数据显示,人类机体微生物的特征会表现出时间和空间上的变化。尽管饮食、环境、宿主机体遗传因素和早期微生物的暴露都是造成这种异质性的原因,但这种多样性在很大程度上依然无法解释,最近有研究表明,不同原发性癌症(其中许多发生在胃肠道)中存在的细菌会影响癌症患者的预后表现。相关研究发现或许并不局限于原发性肿瘤,有意思的是,相同的细菌也可以在同一患者的转移性肿瘤中发现,这就表明,原发性肿瘤和转移性肿瘤之间或会表现出微生物组的稳定性。尽管目前研究人员对癌症中微生物组所扮演的生物学功能的了解仍然有限,但我们都知道,微生物组会影响患者的疗法预后以及其对常规化疗和免疫疗法的反应。 癌症诊断的金标准技术依赖于活组织检查,随后由病理学家对活组织进行显微镜检查,对患者的癌症进行遗传学分析通常会寻找遗传改变,从而就能帮助指导有关靶向疗法方案的决策;液体活检是一种新型方法,其能对循环肿瘤细胞进行分析研究,但其主要是用于监测在肿瘤治疗或手术后辅助治疗中已经确诊的癌症患者;研究者Galon等人开发的免疫评分技术就能通过测定肿瘤位点的宿主免疫反应来确定早期结肠癌患者的疾病复发风险。 为了理解利用微生物DNA对癌症患者效益的潜在临床意义,研究者就需要将研究结果置于当前癌症诊断和临床随访方法的背景下进行;从这个角度来讲,研究人员发现了一些非常有趣的结果,首先,他们能够识别出早期癌症患者,并未对基因组变异进行监测,而基于ctDNA的分析就能够得出证据;其次,在某些情况下,研究者能够正确地将癌症患者分类到特定的阶段,这优于其它液体活检方法,相关研究发现就表明,mbDNA监测方法能帮助识别早期(仍可治愈)癌症患者,并能作为一种快速的癌症筛查工具。 尽管这些发现具有非常明显的临床意义,但科学家们仍然有一些问题需要解决,比如,是否能利用微生物组的特征来预测癌症的发生及进展;未来的研究也需要提供明确的证据来证实这种潜在强大工具的有效性,另一个有趣的问题就是,这些微生物组的特征是否真的能够改变患者的治疗情况,在这种情况下,其就能作为一种指示患者预后和监测的生物标志物。很显然,这种方法还需要进一步测试和验证,因此后期研究者可能还需要一段时间,直到相关的测试通过了监管部门的评估和临床实践的应用,后期研究者还将继续在更大的人群队列和不同类型的癌症患者中进行后续研究。(生物谷Bioon.com) 参考资料: Adlung, L., Elinav, E., Greten, T.F. et al. Microbiome genomics for cancer prediction. Nat Cancer 1, 379–381 (2020).doi:10.1038/s43018-020-0059-x 原文链接:http://news.bioon.com/article/6756374.html