《计算机模拟揭露 HIV 病毒体内传播细节,有望为治疗提供新途径》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2017-12-13
  • 艾滋病毒(HIV)是通过“出芽”的方式,在人体未感知的情况下感染细胞。根据美国健康与人类服务部的信息,“HIV 感染细胞包括七个过程,出芽是其中的最后一环”。

    近日,芝加哥大学的科学家们揭露了 HIV 出芽的秘密,为战胜可怕的艾滋病提供了新途径。论文发表在《美国国家科学院学报》(PANS)上。

    HIV 病毒侵入宿主细胞后,会促使宿主细胞形成一个病毒膜囊。最终,膜囊以出芽的方式从被感染的宿主细胞中释放出来,并到处“游走”。一旦与其他细胞接触,膜囊即可通过细胞质膜侵入细胞,并迅速地破裂,感染细胞,然后再形成新的膜囊。通过这样的过程,HIV 在人体内感染细胞,并破坏细胞。

    一直以来,人们只知道在出芽过程中起着关键作用的组分是一种名为“Gag”的蛋白质复合体。但是,人们尚不清楚出芽过程的具体细节,也一直无法成功获取 Gag 的分子结构图像,因此也不清楚它的准确结构。芝加哥大学的 Voth 团队利用计算机建模的方式模拟了活动的 Gag,并由此推断它的性能和结构,揭露 HIV 出芽过程的细节。

    首先,他们利用 Gag 的已知部分建立了模型。然后,模拟了该模型在细胞中的互动及反应。为了与细胞的基础结构相匹配,研究团队不断调整模型,并由此获取最匹配的蛋白质结构及其参与的过程。之后,他们又与美国国立卫生研究院以及霍华德休斯医学研究所的科学家合作,在实验室成功验证了他们的发现。

    该项研究有助于一系列新疗法的发展,并最终会产生一种有效抵抗 HIV 的新疗法。同时,这项研究证明了计算机模拟在模拟病毒方面的作用,也为未来病毒机理研究提供了新颖的方式。尤其是在直接观察分子过程无效的情况下,计算机模拟可提供有力的帮助。

    Voth 表示,“一旦找到薄弱环节,就可以研制出新药物,例如通过阻止 Gag 累积,进而阻止病毒的传播”。Voth 团队下一步计划,研究出芽过程之后形成的 HIV 膜囊中的 Gag。

  • 原文来源:https://www.zmescience.com/science/hiv-gag-protein-simulation/
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    • 编译者:hujm
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    • 在一项新的研究中,来自美国洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究人员证实计算机模拟能够准确地预测HIV在人群中的传播,这可能有助于预防这种病毒感染。这些模拟结果与从洛斯阿拉莫斯国家实验室开发和维持的一个全球公共HIV数据库中获得的实际DNA数据相一致。这个数据库含有84多万个已发布的用于科学研究的HIV序列。相关研究结果于2018年7月30日在线发表在Nature Microbiology期刊上,论文标题为“Phylogenetic patterns recover known HIV epidemiological relationships and reveal common transmission of multiple variants”。 论文第一作者、洛斯阿拉莫斯国家实验室计算生物学家Thomas Leitner说,“我们寻找了我们在这些模拟结果中观察到的特殊遗传模式,而且我们能够证实这些模式也适用于涵盖整个HIV流行病的真实数据。” Leitner指出,以这种方式研究HIV是特别有意义的,这是因为这种病毒在每个受感染的人体内快速地且不断地发生变异。它的遗传密码中不断变化的“遗传特征(genetic signature)”为人们确定HIV感染的起源和时间框架提供了一条路径,而且如今经证实这种计算机模拟成功地追踪和预测这种病毒在人群中的迁移。 HIV的快速突变能力对流行病学调查是有用的,但这也是很难用疫苗加以治疗的特征之一。 Leitner和论文共同作者、洛斯阿拉莫斯国家实验室理论生物学家Ethan Romero-Severson利用系统发育方法研究HIV遗传密码中的进化关系,以评估这种病毒的传播途径。他们发现某些系统发育“谱系树”模式与来自955对人的DNA数据存在关联,其中在这955对人中,这种病毒的传播者和受害者是已知的。 这两名作者写道,“根据诸如伴侣研究、母婴传播、通过接触追踪确定的HIV感染者和受害者以及刑事案件之类的流行病学信息,这些HIV传播存在着已知的关联性。” 这些研究人员计划开发公共卫生计算工具来帮助各个卫生机构跟踪这种疾病并为有针对性的预防活动分配资源。Leitner说,“我们希望这些工具将有助于阻止未来的新感染。” (生物谷 Bioon.com) Leitner说,这些最先进的建模工具也可用于预测其他快速发展的传染病的模式。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:huangcui
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    • 一直以来,科学家都在寻找寨卡病毒疫情暴发的罪魁祸首。3月22日,清华大学医学院教授程功及北京师范大学全球变化与地球系统科学研究院研究员田怀玉等人在《自然—通讯》发表研究,发现在病毒污染水体中孵化的蚊子,可直接感染寨卡病毒。 “这一途径让病毒传播周期大大缩短,可导致寨卡病毒在自然界中快速流行。”程功对《中国科学报》表示。 异常迅速的病毒扩散 世界卫生组织数据显示,目前全球已有86个国家和地区暴发寨卡疫情。对大部分成年人而言,感染寨卡病毒后可能会出现发热、头痛、肌无力等情况;但孕妇感染寨卡病毒后,可能会造成新生儿小头畸形。 而且,这种病毒目前“无药可解”——有效的抗病毒药物及疫苗尚未被研发。 寨卡病毒经由埃及伊蚊和白纹伊蚊传播。2015年,寨卡病毒在南美洲暴发,并迅速蔓延至全球数十个国家和地区。2016年寨卡病毒疫情上升为全球紧急公共卫生事件。 从前默默无闻的寨卡病毒何以在短期内迅速扩散? 程功告诉《中国科学报》,寨卡病毒的暴发流行可能由多种因素导致,比如病毒位点发生突变导致病毒感染能力增强等。 不过,按经典的病毒传播路径,人体感染病毒大约需要一到两周时间,在这一窗口期若有蚊子叮咬,蚊子感染并拥有传播病毒的能力,也至少需要两周。整个病毒传播和循环的周期较长且复杂。 流行病学调查显示,感染者血液中会含有一定的寨卡病毒,但单位血液中活病毒颗粒数含量较低,约为102-103pfu/ml。如果通过叮咬途径,仅有少量蚊虫能从感染者获取病毒,因此经典途径难于在短时间内让疫情急剧扩散。病毒扩散异常迅速可能另有原因。 水中滚雪球 研究者将目光转移到了病毒携带者的尿液上。先前研究表明,寨卡病毒可随尿液排出体外,病毒颗粒数量约为10-20 pfu/ml,和血液中的病毒量相比更低,但威力也更大。 会飞之前,蚊子从卵到幼虫再到蛹的几个成长阶段都发生在水中。程功等人通过实验发现,即便寨卡病毒携带者的尿液中仅存在少量病毒颗粒,也可以成功让蚊子的幼虫被感染。 这导致寨卡病毒的传播效率大大提高——从人体血液中感染病毒的过程被省略,蚊子可在幼虫时期从被污染的水体中获取病毒,并在成年后通过叮咬继续传播。 而这一过程中,“水体污染不是一次性的,带有病毒的尿液会持续性地排放到水中。”程功表示。按每2-3小时排放一次、一日1-2升的排放量计算,水体中病毒活性一直存在,蚊子幼虫感染病毒的几率大大提升。 如此一来,新的传播途径让病毒感染的“雪球”越滚越大。寨卡病毒在某区域集中暴发,集中水体被感染者尿液持续污染,即便水体中仅有少部分蚊子感染,病毒的扩散周期也会被迅速缩小。 中国疾控中心病毒病预防控制所脑炎室主任王环宇告诉《中国科学报》:“以往研究认为,伊蚊更多地是在相对清洁的小水体中进行繁衍。但是越来越多证据表明,伊蚊已经进化出在污水中的生存能力,程功等人的研究发现让人们有了新的认识。” 防控新思路 研究还发现,随尿液排出体外的寨卡病毒,活性可维持几小时至十余小时不等。是什么因素决定了病毒的稳定性? 答案是酸碱性。若感染者排出尿液的pH值低于6.5,病毒就会丧失活性。因此通过控制水体的酸碱程度,就能有效遏制病毒感染蚊子幼虫。 “缺乏污水处理的公共卫生环境会对蚊虫滋生及寨卡病毒的传播创造条件。为避免寨卡病毒及其他蚊媒病毒暴发,我们建议,除了疫苗、杀虫剂等防护措施,还应建立有效的污水处理系统。”程功指出。 此外,对于未发生大规模疫情暴发的地区,研究建议,当发现有个别外来感染者出现时,就可以采取相应措施进行预防。“比如在污水中加入盐酸,降低污水pH值,防止蚊虫在水中感染。”程功表示。 王环宇指出,这样的防控方式通过调整水体酸碱程度,在不大量使用化学试剂、不污染环境的情况下,就能达到消灭病原体的效果。“可操作性非常强”。 “这项研究具有关键的公共卫生意义”,首都医科大学传染病学研究所教授曾辉告诉《中国科学报》,“今后针对寨卡病毒进行防控时,可以通过加强污水处理等方式,达到更好的防控效果。” 曾辉还表示,寨卡病毒出现新的传播路径可能不是孤立现象。“我们近期针对黄热病及裂谷热等蚊媒疾病的研究,在感染者尿液中也检测到了活性蚊媒病毒。我们今后可以在此基础上展开合作,进一步探明蚊媒病毒的传染机制,提供更好的公共卫生防控策略”。曾辉说。